Im Ständerat, der die Revision als Erstrat behandelte, gab eigentlich nur der Leistungsauftrag zu reden. Die kleine Kammer stimmte dem Antrag ihrer WBK zu, dass der Leistungsauftrag nicht nur von den zuständigen Parlamentskommissionen, sondern vom jeweiligen Plenum zu genehmigen sei. Der Antrag wurde damit begründet, dass die ETH nicht ein FLAG-Amt sei, weshalb auch andere gesetzliche Regelungen anzuwenden seien. Bundesrätin Dreifuss warnte, die Verlängerung des Verfahrens durch die erforderliche Vorlage ans Parlament könne auf Kosten der Qualität und der raschen Umsetzung gehen. Um ihren Bedenken entgegen zu kommen, schlug Stadler (cvp, UR) eine Ergänzung vor, wonach der Bundesrat (wie bei der SBB) aus wichtigen, nicht vorhersehbaren Gründen den Leistungsauftrag während der Geltungsdauer soll ändern können. Der Antrag der Kommission wurde oppositionslos, jener von Stadler mit 29 zu 6 Stimmen angenommen. Einstimmig wurde von beiden Kammern das Bauprogramm 2003 der Sparte ETH-Bereich verabschiedet, das einen Verpflichtungskredit in der Form eines Sammelkredits von 78,22 Mio Fr. umfasst.

Für das Bauprogramm 2004 der Sparte ETH-Bereich beantragte der Bundesrat dem Parlament einen Sammelkredit von 313 Mio Fr. Darin waren sowohl die Finanzierung diverser Massnahmen zur Werterhaltung und -vermehrung an bestehenden Liegenschaften als auch die Finanzierung mehrerer neuer grosser Projekte enthalten. Für das geplante „E-Learning Lab“ in „Science City“ waren 69 Mio Fr. vorgesehen, für hauptsächlich teuerungsbedingte Mehrkosten der dritten Bauetappe auf dem Hönggerberg 30 Mio Fr., für die Erweiterung des Gebäudes, in welchem die Laboratorien der Fakultät für Lebenswissenschaften an der ETH Lausanne untergebracht werden sollten, 37 Mio Fr. und schliesslich 83 Mio Fr. für die beiden Forschungsanstalten Empa und Eawag, welche unter anderem mit einem Neubau und verdichteter Nutzung ein gemeinsames Arealkonzept zu realisieren hoffen. Das Bauprogramm wurde von beiden parlamentarischen Kammern gutgeheissen.