Après une année particulière en 2012, le Conseil fédéral a repris un rythme quadriennal avec son message relatif à l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation (FRI) 2013-2016. Le gouvernement, convaincu de la priorité politique de ces domaines, a proposé de leur affecter 23’878 millions de francs. Cette enveloppe budgétaire correspond à une croissance annuelle nominale des crédits de 3,7% en moyenne. Ce message, composé de 11 arrêtés financiers, vise le maintien de la position de la Suisse à la pointe de l’échiquier international. Il concerne plus précisément la formation professionnelle, les hautes écoles et universités, telles que EPF, HES ou encore Hautes Ecoles Cantonales, la recherche, à travers la Commission pour la Technologie et l’Innovation (CTI) et le Fonds National Suisse (FNS). Recommandé par les Commissions de la science, de l’éducation et de la culture des deux chambres (CSCE), ce texte a cependant suscité le débat. La Commission du Conseil des Etats a proposé un budget de 29,22 milliards de francs, ainsi qu’un rehaussement du plafond des dépenses de certaines institutions, alors que la Commission du Conseil national a proposé un budget allant jusqu’à 30,09 milliards de francs. En outre, toutes les deux ont plaidé pour un lissage du budget, mettant en exergue les dangers d’un financement irrégulier. Aux yeux des parlementaires, ce sont les modalités d’application qui ont alimenté le débat. Tout d’abord, l’enveloppe de 23,878 milliards de francs a été jugée insuffisante au vu de la concurrence internationale accrue, ainsi que du nombre croissant d’étudiants. Mais surtout, c’est la proposition de financement progressif sur quatre ans du Conseil fédéral qui a posé problème. Beaucoup ont estimé que le caractère irrégulier du financement risquait de mettre en difficulté les programmes de recherche, de limiter les emplois académiques et de réduire le niveau très élevé de la formation. Ils ont ainsi proposé un lissage du budget à la place du système de stop and go.