Erstmals in der Schweiz verneinte ein Gericht in der Schweiz die Frage, ob Scientology eine Religion sei. Gegenüber einem Scientology-Anhänger, der sich wegen seiner Zugehörigkeit zu dieser Gruppierung im Sinn des Antirassismus-Gesetzes diskriminiert fühlte, vertrat die St. Galler Anklagekammer die Ansicht, aufgrund ihrer Selbstdarstellung müsse Scientology als religiöse Philosophie und nicht als Religion bezeichnet werden. Das Bundesgericht wies die Klage des Scientology-Anhängers ebenfalls ab, da dieser nicht in der Lage war, eine zivilrechtliche Schadenersatzforderung zu begründen.

Gemäss der Auffassung der Konsultativen Staaatsschutzkommission soll Scientology in der Schweiz vorerst nicht überwacht werden. Die innere Sicherheit des Landes werde durch diese Gruppierung nicht unmittelbar gefährdet. In Deutschland hatten die Innenminister der Länder entschieden, die Organisation künftig vom Verfassungsschutz beobachten zu lassen. Die Staatsschutzkommission erklärte, ihre Einschätzung unterscheide sich von jener anderer Staaten, weil in der Schweiz extreme und totalitäre Ansichten nur überwacht werden dürften, wenn sie mit Straftaten gegen den Staat oder mit Gewalt verbunden seien. Für Tätigkeiten, wie sie Scientology betreibt, seien zudem zumeist die Kantone zuständig.

Als erster Schweizer Kanton bereitete der Kanton Basel-Stadt einen Gesetzesentwurf vor, der die vielfach als Belästigung empfundene Strassenmission von Scientology einschränken will.

Die gegen die Aktivitäten von «Scientology» zielende, 1998 erlassene neue Regelung im Übertretungsstrafrecht des Kantons Basel-Stadt, wonach es auf öffentlichem Grund verboten ist, Passanten unlauter anzuwerben, hielt vor Bundesgericht stand. Ob «Scientology» als Religionsgemeinschaft zu betrachten ist, wurde von den Lausanner Richtern allerdings nicht abschliessend beurteilt.

Anders als im Vorjahr Basel-Stadt, erreichte die Stadt Zürich im Kampf gegen die als unlauter eingestuften Werbemethoden von «Scientology» vor Bundesgericht nur einen Teilerfolg. Im Gegensatz zum Basler Fall, wo sich die Scientologen auf die Religionsfreiheit berufen hatten, machten sie nun die Gewerbefreiheit geltend, um weiterhin in der Öffentlichkeit Propagandamaterial für ihre Kurse verteilen zu dürfen. Die Lausanner Richter befanden, Zürich könne die Verteilung von Werbeprospekten zwar gewissen Bedingungen unterstellen, nicht aber generell verbieten. Im Gegensatz zu Deutschland und Frankreich, wo die Aktivitäten von «Scientology» wegen nachweislicher Unterwanderung von Behörden und Gesellschaft seit mehreren Jahren vom Staatsschutz eng überwacht werden, kam das Bundesamt für Polizei zum zweiten Mal nach 1998 zum Schluss, es dränge sich keine besondere Beobachtung im Hinblick auf die innere Sicherheit des Staates auf.
Überraschend erteilte der Zürcher Bildungsrat der Scientology-Privatschule Ziel (Zentrum für individuelles und effektives Lernen) eine generelle Bewilligung zum Führen einer Schule für Kinder und Jugendliche, obgleich das Bundesgericht 1997 die aus Scientologen zusammengesetzte Trägerschaft als nicht vertrauenswürdig bezeichnet hatte.