Zu grossen Auseinanderstzungen kam es im Nationalrat zwischen der SVP und den übrigen Parteien beim Antrag der Mehrheit der Rechtskommission, die Immunität des SVP-Nationalrats Brunner (SG) aufzuheben. Gegen den SVP-Präsidenten bestand der Verdacht, als Mitglied der GPK das Amtsgeheimnis verletzt zu haben. Der ausserordentliche Staatsanwalt Pierre Cornu beantragte beim Parlament die Aufhebung der Immunität, um diese Verdachtsmomente abklären zu können. Konkret soll Brunner dem Generalsekretär des damals noch von Christoph Blocher (svp) geleiteten EJPD vorzeitig den Bericht der Subkommission der GPK über die Vorkommnisse beim Rücktritt von Bundesanwalt Roschacher übergeben haben. Gegen den heftigen Widerstand der SVP, welche von einer rein politisch motivierten Kampagne gegen ihren Präsidenten sprach, trat der Nationalrat auf das Geschäft ein und hob die parlamentarische Immunität von Brunner auf. Der Ständerat stellte sich auf Antrag seiner Rechtskommission gegen diesen Entscheid und hob die Immunität Brunners nicht auf. Die Kommission begründete ihren Antrag damit, dass das Verhalten Brunners – das Blocher und auch er selbst nicht abstritten – zwar nicht akzeptabel sei; es solle aber nicht strafrechtlich, sondern im Rahmen des parlamentarischen Disziplinarrechts geahndet werden. Berücksichtigt hat der Ständerat auch die Tatsache, dass die damalige Auseinandersetzung in einer emotional sehr aufgeladenen Atmosphäre stattfand und sich auch andere Kommissionsmitglieder nicht immer einwandfrei verhalten hätten.

Die Untersuchung der GPK und einer ihrer Subkommissionen über die Hintergründe der Entlassung von Bundesanwalt Roschacher beschäftigte das Parlament weiterhin. Konkret ging es um die Aufhebung der strafrechtlichen Immunität von Parlamentsmitgliedern. Auf Antrag seiner Rechtskommission hielt der Nationalrat mit 96 zu 75 Stimmen daran fest, die Immunität des SVP-Nationalrats Brunner (SG) aufzuheben. Gemäss der Kommissionsmehrheit handelte es sich bei der Tat Brunners um einen derart schweren Fall der Verletzung der Kommissionsvertraulichkeit, dass sie nicht nur disziplinarisch, sondern auch strafrechtlich geahndet werden soll. Die kleine Kammer bestätigte aber ihren Entscheid aus dem Vorjahr, Brunners Immunität nicht aufzuheben und legte damit das Geschäft ad acta. Alt-Bundesrat Blocher (svp, ZH) und Nationalrat Mörgeli (svp, ZH) ihrerseits hatten Strafanzeige gegen die damaligen Sprecher der Subkommission der GPK, die Nationalräte Lucrezia Meier-Schatz (cvp, SG) und Glasson (fdp, FR) und Angestellte der Bundesanwaltschaft eingereicht (09.010). Die Mehrheit der Rechtskommission des Nationalrats gelangte zum Schluss, dass kein Fall von Amtsgeheimnisverletzung vorliege und die Immunität nicht aufzuheben sei. Nach einer sehr animierten Diskussion, in welcher die SVP ihre Vorwürfe wiederholte, GPK-Mitglieder hätten zusammen mit Angestellten der Bundesanwaltschaft gegen Blocher komplottiert, trat das Plenum auf das Gesuch um Immunitätsaufhebung nicht ein; nach der Abstimmung verliess die SVP-Fraktion unter Protest den Saal. Im Ständerat hatte die Mehrheit der Rechtskommission beantragt, auf das Gesuch einzutreten und die Immunität nicht aufzuheben. Der Rat selbst folgte aber einem Minderheitsantrag Marty (fdp, TI), auf das Gesuch gar nicht einzutreten, weil auch eine an einer Medienorientierung im Auftrag einer Parlamentskommission gemachte Äusserung unter die absolute Immunität fallen müsse. Die im Parlamentsgesetz in diesem Zusammenhang enthaltene Bezeichnung „in den Räten und deren Organen“ gemachte Aussagen, sei deshalb sinngemäss und nicht wortwörtlich auszulegen. Die Klagen gegen die Mitarbeiter der Bundesanwaltschaft wurden vom zuständigen Staatsanwalt nicht weiter verfolgt und eine Beschwerde Blochers gegen diesen Einstellungsentscheid vom Bundesstrafgericht abgelehnt.