Sur les 46 sièges de la Chambre haute, 40 étaient à repourvoir en automne 2003. Si l’élu d’Obwald avait été reconduit tacitement par manque de concurrence, celui d’Appenzell Rhodes-Intérieurs et ceux de Zoug et des Grisons avaient déjà été attribués selon les procédures cantonales respectives. Alors que lors des dernières élections fédérales 17 sénateurs sortant ne s’étaient plus présentés, ils n’étaient cette fois plus que six (3 radicaux, 2 pdc et 1 socialiste) à renoncer volontairement à leur mandat. Deux sortants n’ont plus été réélus (les radicaux Michèle Berger-Wildhaber à Neuchâtel et Jean-Claude Cornu à Fribourg). Le renouvellement des élus avait été nettement plus important en 1999 avec 20 nouveaux membres. Sur les 19 conseillers nationaux désireux de poursuivre leur activité parlementaire dans la chambre des cantons, trois y sont parvenus : la bernoise Simonetta Sommaruga (ps), la zurichoise Trix Heberlein (prd), ainsi que la bâloise Anita Fetz (ps). Le seul canton à envoyer deux femmes est demeuré celui de Genève. Après le premier tour, les rapports de force politique n’avaient que peu changé. La principale surprise est venue du canton de Berne où le parti radical, dont la sortante Christine Beerli ne se représentait plus, a dû abandonner son siège à la conseillère nationale socialiste Simonetta Sommaruga. Des deuxièmes tours ont eu lieu dans six cantons avec 8 sièges à repourvoir (deux au Tessin et dans le canton de Vaud et un dans les cantons de Neuchâtel, du Valais, de Fribourg et Schwyz). Le grand perdant de ce deuxième tour a incontestablement été le PRD qui a perdu trois sièges. Dans le canton de Schwyz, les radicaux ne sont pas parvenus à placer un nouvel élu après le départ de leur représentant sortant. Dans les cantons de Neuchâtel et de Fribourg, ce sont les sortants, respectivement Michèle Berger-Wildhaber et Jean-Claude Cornu, qui n’ont pas été reconduits dans leur fonction. Pour expliquer les pertes à Schwyz et à Fribourg, la raison la plus souvent invoquée a été le manque de soutien des démocrates-chrétiens. Il est probable que les discussions au niveau fédéral aient eu une influence sur la mobilisation des électeurs du PDC. Les élus radicaux se sont retrouvés dans l’inconfortable situation d’avoir besoin des voix PDC, alors que leur parti national acceptait l’idée du sacrifice d’un siège PDC au Conseil fédéral au profit de l’UDC. Alors qu’en Suisse centrale c’est l’UDC qui en a bénéficié, en terre fribourgeoise ce sont les socialistes qui ont hérité du siège. A Neuchâtel, c’est une droite divisée par la présence de l’UDC au second tour qui a permis à la gauche de remporter la mise, faisant de ce canton le premier à envoyer une délégation entièrement socialiste à Berne. Dans les cantons de Vaud et du Tessin les tickets sortants, respectivement socialiste/radical et démocrate-chrétien/radical, ont été reconduits alors que le deuxième démocrate-chrétien valaisan a été confirmé. Pour la deuxième législature consécutive, seuls les partis gouvernementaux sont représentés au Conseil des Etats.
C’est incontestablement le Parti radical, en passant de 18 à 14 élus, qui a été le grand perdant de ces élections à la Chambre haute. D’une part, il cède trois sièges au PS, qui dispose maintenant de neuf élus et égalise ainsi son meilleur résultat de 1979. Les socialistes dépassent ainsi les démocrates du centre, qui avec un siège supplémentaire (8 élus), réalisent toutefois leur meilleure performance. D’autre part, après douze ans de domination, le PRD cède la première place au PDC (15 élus). La cause la plus souvent invoquée pour expliquer cette débâcle radicale a été l’attitude du parti national.