Der Kanton Zürich unternahm den Versuch, das Verhältnis zwischen Kirche und Staat im Sinn einer Entflechtung und einer Anerkennung zusätzlicher Glaubensgemeinschaften grundsätzlich neu zu regeln. Diese Vorlage war im Kampf gegen die letzte Volksinitiative zur Trennung von Kirche und Staat in Aussicht gestellt worden, die 1995 mit zwei Drittel Nein-Stimmen verworfen worden war. Zentraler Streitpunkt in den Debatten war die staatliche Anerkennung ausserchristlicher Religionsgemeinschaftensowie die (eng damit zusammenhängende) Autonomie aller anerkannter Gruppen, auch ausländischen Mitgliedern das Stimm- und Wahlrecht zuzubilligen. Die Hürden für die Anerkennung neuer Glaubensgemeinschaften wären hoch gelegen: 30 Jahre Wirken in der Schweiz, mehr als 3000 Mitglieder im Kanton Zürich, Anerkennung der Grundwerte der Schweizer Rechtsordnung, Bejahen des Religionsfriedens, Pflege einer inneren Demokratie und Offenlegung der Finanzen, weshalb eine baldige Anerkennung des Islam wohl kaum in Frage gekommen wäre. Für die Anerkennung weiterer religiöser Gemeinschaften votierten im Kantonsrat SP, Grüne, CVP und eine Mehrheit der FDP; die SVP und eine Mehrheit der EVP stellten sich wegen einer möglichen Offizialisierung des Islam dagegen. Dem Souverän wurden drei zusammenhängende Vorlagen unterbreitet: eine Verfassungsänderung (Grundsatz der Anerkennung weiterer Glaubengemeinschaften und Ausländerstimmrecht) sowie zwei Gesetzesrevisionen (Verhältnis zwischen dem Kanton und den bereits anerkannten Kirchen sowie Verfahren der Anerkennung neuer Religionsgemeinschaften). EVP, EDU und vor allem SVP bekämpften die Vorlage auch im Abstimmungskampf mit dem Slogan «Kein Geld für Koranschulen» aufs heftigste. Unterstützung erhielten sie von einem Teil der FDP, der eine völlige Trennung von Kirche und Staat anstrebt. Vor diesem Hintergrund hatten die Vorlagen keine Chance an der Urne: Die Verfassungsänderung scheiterte mit 55 Prozent Nein-Stimmen, das Kirchengesetz mit knapp 54 Prozent und das Anerkennungsgesetz mit 64 Prozent.

Ein an der Universität Luzern erstelltes Rechtsgutachten erachtete die Forderung der Föderation Islamischer Dachorganisationen Schweiz (FIDS) und der Koordination Islamischer Organisationen nach öffentlich-rechtlicher Anerkennung des Islams als Landeskirche als legitim; eine grundsätzliche Verweigerung der Anerkennung bestimmter Religionsgemeinschaften würde gegen das Gleichheitsprinzip verstossen. Hisham Maizar, Präsident der islamischen Dachorganisationen, sähe in der Anerkennung ein positives Zeichen für die Integration der Muslime in der Schweiz. Ferner böte die Anerkennung auch finanzielle Vorteile, da es Landeskirchen erlaubt ist, von ihren Mitgliedern Steuern einzuziehen. Für eine öffentlich-rechtliche Anerkennung muss eine Religionsgemeinschaft gemäss Gutachten vier weitere Kriterien erfüllen: Sie muss dauerhaft angelegt sein, über eine gewisse Mindestzahl an Mitgliedern verfügen, demokratische Strukturen aufweisen und die Prinzipien des schweizerischen Rechtsstaats beachten. Die Autoren der Studie erachten einen Grossteil der Erfordernisse durch die islamischen Gemeinschaften in der Schweiz bereits als erfüllt. Die Kriterien verlangen somit auch das Mitspracherecht für Frauen. Maizar bestätigte, dass bisher nur wenige Frauen in Verbänden und Vereinen aktiv tätig seien, dass man ihnen jedoch offen gegenüber stehe. Der Weg bis zur Anerkennung dürfte jedoch noch lang und steinig werden: Die Gutachter schätzten die aktuellen Chancen der Forderung an der Urne als gering ein. Die islamische Gemeinschaft plant eine schrittweise Anerkennung, die zu Beginn nur im Kanton Basel angestrebt werden soll. Der Stadtkanton übernahm in dieser Angelegenheit bereits 2012 eine Vorreiterrolle, als er mit der aus dem Islam hervorgegangenen alevitischen Religionsgemeinschaft als erster Schweizer Kanton eine nicht-christliche und nicht-jüdische Religionsgemeinschaft privatrechtlich anerkannte. Im Gegensatz dazu beendete der Luzerner Kantonsrat die Bestrebungen zur Schaffung eines Gesetzes über die Anerkennung weiterer Religionsgemeinschaften: Die grossmehrheitliche Unterstützung der Luzerner CVP sowie einer FDP-Minderheit verhalf der geschlossen auftretenden kantonalen SVP-Fraktion zum knappen Sieg.

Nach den Anschlägen in Paris haben die Schweizer Muslime ihre Forderung nach der Anerkennung des Islams als Landeskirche erneut aufgegriffen. Ihr designiertes Ziel hierbei sei es, Muslime besser in die hiesige Gesellschaft integrieren zu können und zugleich aufkommenden Radikalisierungstendenzen Einhalt bieten zu können. Erste Gesuche hierfür seien bereits in Vorbereitung und würden zunächst im Pilotkanton Basel-Stadt und zu einem späteren Zeitpunkt dann auch in der Waadt eingereicht. Für den Vorstoss verantwortlich zeigen sich die beiden nationalen Muslim-Verbände KIOS und FIDS. Die Organisationen erarbeiten zur Zeit gemeinsam ein Musterstatut für islamische Gesellschaften, welches den kantonalen Verfassungen entspreche, um somit eine solide Grundlage für das staatliche Akzeptanzsiegel zu schaffen. Das Gesuch selbst soll sodann von offiziellen Muslimvertreterinnen und -vertretern, welche mittels Testwahlen von Basler Muslimen bestimmt werden, an offizieller Stelle eingereicht werden. Farhad Afshar, Präsident der KIOS, betonte, dass den Frauen für die Wahlen das gleiche aktive und passive Wahlrecht zugesprochen werde wie den Männern. Zudem soll zur Offenlegung der geforderten demokratischen Organisation und Transparenz eine unabhängige Rekurskommission geschaffen werden. Somit greift das Musterstatut relevante Eckpfeiler des juristischen Gutachtens auf, welches im Jahr zuvor an der Universität Luzern in Auftrag gegeben worden war. Dass nebst dem Kanton Basel-Stadt auch die Waadt in den Fokus der beiden Verbände gerückt war, kam nicht von ungefähr: Im November des vergangenen Jahres hatte der Waadtländer Staatsrat Anpassungen im Reglement für die Anerkennung weiterer, auch nicht christlicher Religionsgemeinschaften vorgenommen. Beide Muslimverbände erhoffen sich durch den Vorstoss zunächst die "kleine Anerkennung" – welche in Basel schon länger möglich ist – zu erlangen, um danach die volle staatliche Anerkennung zu erreichen. Der Kirchenstatus würde es der Gemeinschaft ermöglichen, eine adäquate islamisch-religiöse Infrastruktur aufzugleisen und hätte zugleich auch eine starke Signalwirkung an die anderen Kantone.
In der Schweizer Parteienlandschaft sind aber nicht alle von diesem Vorstoss angetan. Die SVP-Spitze beispielsweise stellte zwar klar, dass sie die Kultusfreiheit zu keinem Zeitpunkt in Frage stelle, die Anerkennung des Islams als integralen Bestandteil der Landeskirche jedoch explizit ablehne. Mit einer verfassungsrechtlichen Anerkennung seien diverse Privilegien verbunden, deren Fürsprache aber – zur Wahrung des religiösen Friedens – der Mitsprache der kantonalen Bürger bedürfe. Zudem seien die Muslime in keiner Organisation zusammengefasst, welche alle Glaubensangehörigen vertrete. Christoph Neuhaus (BE, svp), Berner Kirchendirektor und Regierungsrat, schlägt als eine mögliche Alternative zur staatlichen Anerkennung eine Anerkennung der muslimischen Gemeinschaften als gemeinnützige Vereine vor. Dadurch könne man die nötige Transparenz schaffen und hätte noch einen gewissen Einfluss auf die Vereinstätigkeit. Christian Levrat (sp, FR) betrachtet die Diskussion jedoch aus einer ganz anderen Perspektive: Die SVP schüre mit ihrer Haltung lediglich den Hass gegen die Muslime und würde sich somit zugleich auch gegen jegliche Integrationsmassnahmen wehren. Die Schweiz müsse aber viel entschiedener gegen die Islamophobie vorgehen und sich vermehrt für die Integration einsetzen, wobei genau diese Anerkennung als eine passende Massnahme zu verstehen sei. Dieser Meinung schloss sich auch Regula Rytz (gp, BE) an und betonte, dass durch eine solche Anerkennung zugleich auch die Rechte und Pflichten klar geregelt werden könnten. Christophe Darbellay (cvp, VS) hielt sich indes etwas mehr zurück: Zur Religionsfreiheit gebe es definitiv ein Ja, nicht aber zur Anerkennung, schliesslich sei die Schweiz ein christlich-abendländisch geprägtes Land und, wie Erfahrungen mit anderen Glaubensgemeinschaften zeigten, sei eine staatliche Anerkennung für eine gelungene Integration nicht vonnöten. Philipp Müller (fdp, AG) hingegen stellte klar, dass die staatliche Anerkennung den Kantonen obliege, wobei für ihn persönlich die kulturelle Verwurzelung einer Glaubensgemeinschaft innerhalb eines Kantons im Fokus stehe. Zudem verwies er auf die viel diskutierte Trennung von Staat und Kirche, welche zwischenzeitlich sogar Anklang in der Kirche selbst finde.
So befindet selbst der Churer Generalvikar Martin Grichting, dass das heutige System nicht mehr mit der Religionsvielfalt in der Schweiz vereinbar sei. Anstelle der Volkskirche könne er sich eine kleinere Glaubensgemeinschaft mit einer treuen Gefolgschaft vorstellen. Gerade in der heutigen Zeit, in der so viele Personen aus der Kirche austreten würden und sehr wahrscheinlich irgendwann mehr als die Hälfte der Steuerzahlenden konfessionslos sein werde, stelle sich unweigerlich die Frage nach der Legitimationsgrundlage für die staatlich unterstützte Erhebung der Kirchensteuer – in diesem Sinne hätten die Landeskirchen also ausgedient.