Im September 2018 verabschiedete der Bundesrat seine Botschaft zum Bundesbeschluss über die Verpflichtungskredite ab 2019 für die Beiträge an Massnahmen im Rahmen der dritten Generation des Programms Agglomerationsverkehr. Bis Ende 2016 waren beim Bundesamt für Raumentwicklung 37 Agglomerationsprogramme zur Prüfung eingereicht worden. Neben 34 überarbeiteten Programmen aus den beiden vorangegangenen Programmgenerationen wurden auch drei neue Agglomerationsprogramme vorgelegt. Insgesamt wurde um die Mitfinanzierung von Verkehrsmassnahmen durch den Bund mit einem Investitionsvolumen von rund CHF 6 Mrd. ersucht. Priorisiert wurden Massnahmen und Programme, die das beste Kosten-Nutzen-Verhältnis aufweisen und zur Lösung der grössten Verkehrsprobleme beitragen. Zudem wurde neu auch die Kohärenz der Projekte mit Massnahmen der vergangenen Programmgenerationen sowie der Stand der Umsetzung der Vorgängerprojekte beurteilt. In der Botschaft beantragte der Bundesrat die Freigabe der Mittel für die Mitfinanzierung von Projekten der dritten Generation in der Höhe von CHF 1.35 Mrd.
Im März 2019 nahm der Nationalrat die Behandlung des Geschäfts auf. Der Rat folgte seiner Kommission und nahm vier weitere Projekte in die dritte Generation der Agglomerationsprogramme auf: Es handelt sich um die Projekte Aargau-Ost, Delémont und Luganese, sowie um die Umfahrung Oberburg (BE). Für die Programme in Grand Genève und Bulle erhöhte der Nationalrat den Beitragssatz des Bundes. Damit erhöhte die grosse Kammer den Bundesbeitrag für den Agglomerationsverkehr um CHF 145 Mio. auf Total CHF 1.49 Mrd. Zwar war insbesondere die Aufnahme der Umfahrung Oberburg umstritten, doch schliesslich nahm der Nationalrat das ergänzte Geschäft mit 185 Stimmen einstimmig (bei 6 Enthaltungen) an.

Im Juni 2019 beriet die kleine Kammer als Zweitrat über die Verpflichtungskredite ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Umstritten war nur das vom Nationalrat in der ersten Debatte aufgenommene Projekt zur Umfahrung Oberburg bei Burgdorf BE. Weil dieses die Anforderungen zur Aufnahme in die Agglomerationsprojekte am Stichtag nicht erfüllt hatte, war es vom Bundesrat nicht in die Vorlage aufgenommen worden. Aus diesem Grund hatte die KVF-SR ihrem Rat beantragt, das Projekt wieder aus der Vorlage zu streichen. Ständerat Stöckli (sp, BE) verteidigte die Umfahrung Oberburg in der kleinen Kammer, worauf Ständerat Graber (cvp, LU) einen Ordnungsantrag stellte, um das Geschäft an die Kommission zurückzugeben: Die Kommission solle das Projekt im Lichte von Stöcklis Ausführungen nochmals prüfen. Die Mehrheit der Ständeratsmitglieder lehnte den Ordnungsantrag jedoch ab, folgte mit 35 zu 9 Stimmen dem Antrag der Kommission und strich die Umfahrung Oberburg aus der Vorlage. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat das Geschäft einstimmig mit 44 Stimmen (keine Enthaltungen) an.

Eine Woche nach der Streichung der Umfahrung Oberburg aus der Vorlage durch den Ständerat beriet der Nationalrat in der Sommersession 2019 diese Differenz bei den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, an der Umfahrung festzuhalten, Nationalrätin Pieren (svp, BE) betonte im Plenum die Dringlichkeit des Projekts und Nationalrat Grunder (bdp, BE) bat um Unterstützung für dieses «gute, ausgereifte Projekt». Bundesrätin Sommaruga wies darauf hin, dass die ganze Schweiz auf Oberburg warten müsse, wenn das Parlament entscheide, das Projekt selber noch vertiefter zu prüfen. Genau dies – die vertiefte Prüfung der Umfahrung Oberburg durch die KVF-SR – schlug Thierry Burkart (fdp, AG) im Namen der Kommissionsmehrheit vor: Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, am Projekt Oberburg festzuhalten und damit die Differenz aufrechtzuerhalten, damit die KVF-SR das Projekt nochmals prüfen könne. Der Nationalrat folgte seiner Kommission und hielt an seiner Version mit 132 gegen 55 Stimmen (keine Enthaltungen) fest. Damit ging das Geschäft wieder an den Ständerat.

Dem Abschluss der Verhandlungen zu den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr stand nur noch eine Differenz im Weg: Die Umfahrung Oberburg bei Burgdorf im Emmental. Die KVF-SR hatte sich von der Bundesverwaltung noch einmal über das Projekt informieren lassen und stimmte mit 6 zu 3 Stimmen für Festhalten, also für das Streichen der Umfahrung Oberburg aus den vorliegenden Verpflichtungskrediten zum Agglomerationsverkehr. Am 10. September 2019 kam das Geschäft wieder in den Ständerat. Ein Einzelantrag Hösli (svp, GL) auf Zustimmung zum Nationalrat wurde vom Antragsteller mit einem Besuch begründet, bei welchem er sich das Projekt vor Ort habe erklären lassen und wo er zur Überzeugung gekommen sei, dass es ein notwendiges und reifes Projekt sei. Höslis Votum wurde sekundiert von den Ständeräten Wicki (fdp, NW) und Luginbühl (bdp, BE). Bundesrätin Sommaruga zeigte sich über die Diskussion zur Umfahrung Oberburg genervt – «mir ist es jetzt dann langsam auch egal» – und verwies erneut auf die Gleichbehandlung der Regionen und Agglomerationen und darauf, dass es gegenüber diesen ungerecht und inkorrekt sei, auf Antrag im Rat einfach ein Projekt vorzuziehen, das vom Amt als noch nicht reif eingeschätzt worden war. Sie betonte zudem, dass in der Agglomeration Burgdorf sowieso erst die Ortsdurchfahrt Burgdorf saniert werde und der Bau der Umfahrung Oberburg nicht vor Ende 2022 begonnen werde – auch wenn der Ständerat die Umfahrung jetzt aufnähme.
So weit kam es dann doch nicht: Die kleine Kammer hielt mit 25 zu 15 Stimmen (1 Enthaltung) an ihrem bisherigen Entscheid fest. Die Differenz blieb damit bestehen und das Geschäft ging zurück an den Nationalrat.

Zwei Tage nach dem Ständerat verhandelte auch der Nationalrat erneut über die Verpflichtungskredite ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Nachdem der Ständerat an der Differenz festgehalten hatte, beantragte auch die Kommissionsmehrheit der KVF-NR Festhalten: Die umstrittene Umfahrung Oberburg war ursprünglich im Nationalrat auf Antrag der KVF-NR ins Programm aufgenommen worden und die Kommissionsmehrheit sah keinen Grund, von ihrer Haltung abzurücken. Ein Minderheitsantrag Hadorn (sp, SO) verlangte die Zustimmung zum Ständerat und damit das Fallenlassen der Umfahrung Oberburg. Gestritten wurde im Plenum hauptsächlich über den Baubeginn in Oberburg: Während Bundesrätin Sommaruga betonte, dass der Bau auch bei Aufnahme ins Programm nicht vor 2022/2023 beginne, vertrat Nationalrat Grunder (bdp, BE) die Ansicht, bei diesem Termin handle es sich um die sichtbaren Bauarbeiten, die Vorarbeiten inklusive dem Bau der Tunnelbohrmaschine würden sofort beginnen, weshalb eine Nicht-Aufnahme ins Agglomerationsprogramm eben doch zu Verzögerungen führen würde.
Obschon die Verkehrsministerin wie in bisher jeder Debatte zum Geschäft erneut die Wichtigkeit der Gleichbehandlung aller Regionen beschwor und bei der Umfahrung Oberburg eine Bevorzugung gegenüber Projekten in Schwyz, St. Gallen, Basel Stadt und Genf ausmachte, stimmte der Nationalrat mit 131 gegen 56 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auch dieses Mal für Festhalten.

Um die Differenz bei den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr möglichst noch in der Herbstsession zu bereinigen, war das Geschäft eine Woche nach der Behandlung im Nationalrat erneut im Ständerat traktandiert. Die Verkehrskommission schlug der kleinen Kammer einen Kompromiss vor: Die Umfahrung Oberburg sollte als integraler Bestandteil des Agglomerationsprogramms für Burgdorf anerkannt werden und für Mittel, die bei anderen Agglomerationsprogrammen übrig blieben, könnte vom Parlament zugunsten der Umfahrung Oberburg eine «Umwidmung» beschlossen werden, falls das Projekt weit fortgeschritten sei und die weiteren Projektphasen aufgrund fehlender Mittel behindert würden.
Ein Minderheitsantrag Luginbühl (bdp, BE) bat doch um Zustimmung zur Version des Nationalrates. Antragsführer Luginbühl begründete dies damit, dass der Kompromissvorschlag der Kommission insofern nicht tauge, als das Projekt bereits fertig entwickelt sei und die weiteren Projektphasen tatsächlich behindert würden, wenn nur übriggebliebene Mittel umgewidmet würden. Er warb für die bedingungslose Aufnahme des Projekts, wie der Nationalrat dies beschlossen hatte.
Der Rat folgte jedoch erneut seiner Kommission und nahm den Kommissionsvorschlag mit 25 zu 19 Stimmen (keine Enthaltungen) an.

Nach der Annahme eines Kompromisses zur letzten Differenz bei den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr im Ständerat konnte sich dieser Kompromiss auch in der Einigungskonferenz durchsetzen. Verändert wurde der Vorschlag aus der kleinen Kammer noch dahingehend, dass nicht nur übriggebliebene Mittel aus dem Programm 2019 für die Umfahrung Oberburg eingesetzt werden können, sondern auch nichtausgeschöpfte Mittel der beiden vorangegangenen Programme von 2010 und 2014. Bundesrätin Sommaruga sicherte im Plenum des Nationalrats am 24. September 2019 zu, dass damit die Finanzierung des Bundesanteils am Projekt gewährleistet sei. Der Antrag der Einigungskonferenz wurde von der grossen Kammer einstimmig mit 181 Stimmen (1 Enthaltung) angenommen.
Am Folgetag stimmte auch der Ständerat dem Antrag der Einigungskonferenz einstimmig zu, mit 38 Stimmen und ohne Enthaltungen.