Au mois de novembre 2018, le Conseil fédéral soumettait au Parlement le projet d'arrêté fédéral portant approbation et mise en œuvre des échanges de notes entre la Suisse et l’UE concernant la reprise des bases juridiques en vue de la création et de l’utilisation du système d’entrée et de sortie (EES), ainsi que des modifications législatives nécessaires s’y rapportant. Le Parlement européen a en effet adopté, puis notifié à la Suisse les règlements (UE) 2017/2226 et (UE) 2017/2225, afférents respectivement à la création du système d'entrée et de sortie et à son utilisation.Tel que précisé par le message de l'exécutif national, c'est dès lors aux chambres fédérales que revient «la compétence pour la reprise et l'approbation de ces développements de l'acquis de Schengen et pour leur transposition dans la LEI».
Au mois de mars 2019, le Conseil des Etats a reconnu la nécessité d'une amélioration des contrôles aux frontières extérieures de l'espace Schengen et approuvé à l'unanimité le projet du Conseil fédéral à propos du système EES ainsi que les modifications de la LEI y relatives.

Au début du mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour prononcé sur le projet d'arrêté fédéral relatif à la reprise des bases juridiques en vue de la création et de l’utilisation du système d’entrée et de sortie (EES).
La minorité Glättli (verts, ZH) optait pour une non entrée en matière, en raison d'une trop faible protection des données. «Ce système conduit au fichage de millions de personnes qui n'ont rien à se reprocher», a notamment déclaré le conseiller national vert zurichois à la tribune. L'argument n'a néanmoins pas convaincu la chambre basse, qui s'est exprimée favorablement à l'entrée en matière par 159 voix contre 17 et 0 abstention.
La conseillère fédérale en charge du dossier Karin Keller-Sutter a quant à elle une nouvelle fois plaidé en faveur d'un accroissement de la sécurité de l'espace Schengen et d'une amélioration de la qualité des contrôles aux frontières, notamment grâce à l'automatisation de nombreux processus prévue par les nouveaux développements de l'acquis de Schengen.
Le Conseil national a finalement confirmé la décision de la chambre haute et accepté le projet du Conseil fédéral sur le système EES et les modifications de la LEI s'y rapportant (respectivement 160 voix pour, 20 contre, 0 abstention et 160 voix pour, 21 contre, 0 abstention). L'arrêté fédéral a définitivement été adopté à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.