Cependant, c'est dans le canton de Vaud que la situation de la CEDRA fut la plus inconfortable puisque, suite à l'opposition de la commune d'Ollon et du Cado (Comité anti-déchets Ollon), elle ne put entreprendre ses travaux préliminaires. Un compromis intervint néanmoins en janvier entre les opposants et le Conseil d'Etat vaudois, selon lequel la CEDRA fut autorisée à effectuer, sans entrave, ses premières mesures. En échange, le gouvernement cantonal fit part à l'exécutif fédéral de «ses doutes quant au principe d'un dépôt définitif non contrôlé des déchets radioactifs».

Dans un communiqué commun, l'ensemble des mouvements suisses d'opposition au stockage des déchets nucléaires – soutenus par Greenpeace, le WWF et les écologistes – sollicita la dissolution de la CEDRA, l'abandon des sondages précités ainsi que la mise au point d'un nouveau concept d'entreposage des déchets radioactifs (Ces mouvements sont: le Cado (VD), le mouvement d'opposition au dépôt de déchets radioactifs d'Aigle (VD), le Gruppo Piz Pian Grand Misox (GR), le comité Hiä Niä Uri, I'Arbeitsgruppe kritischer Wolfenschiessen et le comité MNA «pour une participation de la population de Nidwald aux décisions concernant le nucléaire»). Une telle innovation fut présentée par les conseillers nationaux Petitpierre (prd, GE) (Ip. 89.754) et Carobbio (ps, TI) (Mo. 90.415) qui, par le biais respectivement d'une interpellation et d'une motion, proposèrent d'entreposer les déchets incriminés dans l'enceinte même des centrales nucléaires en activité. Dans sa réponse au texte Petitpierre, le gouvernement fédéral rejeta cette possibilité, expliquant qu'un stockage dans un dépôt final souterrain était plus sûr et plus pratique qu'un entreposage à long terme dans un dépôt intermédiaire. Par ailleurs, à l'interrogation contenue dans le postulat de la députée Bär (gps, BE) (Po. 90.488) quant à l'interdiction de l'exportation de déchets dangereux vers les pays en développement, le Conseil fédéral mit en évidence une norme concernant celle des rebus radioactifs, inclue dans la nouvelle loi sur la radioprotection.

Dans le cadre du stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a exigé, en réponse à la requête de la CEDRA de 1988, la simultanéité des travaux sur les trois sites (Oberbauenstock (UR), Ollon (VD) et Piz Pian Grand (GR)) initialement envisagés (Le site du Wellenberg (NW) fut envisagé, par la CEDRA, par la suite). Dans ce contexte, les gouvernements uranais et grison s'élevèrent contre la proposition de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) recommandant la construction d'une galerie de sondage sur le seul lieu de l'Oberbauenstock. Sur trois des quatre sites, les travaux préparatoires sont terminés (Piz Pian Grand, Oberbauenstock) ou le seront dans deux ans (Wellenberg, NW). Le gouvernement recommanda donc à la CEDRA de centrer ses efforts sur la réalisation de recherches concrètes au Bois de la Glaive (Ollon, VD). Toujours dans le cadre de cette réponse, le Conseil fédéral chargea le DFTCE d'élaborer un protocole d'accord avec les cantons directemement concernés par la procédure susmentionnée.

Les déchets nucléaires constituent un des problèmes les plus épineux de la politique énergétique. En ce qui concerne le stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, quatre sites, Oberbauenstock (Uri), Ollon (VD), Piz Pian Grand (GR) et Wellenberg (NW) sont encore envisagés pour y construire un dépôt final. Suite aux oppositions de la commune d'Ollon et du CADO (comité anti-déchets Ollon), les travaux de forage de la CEDRA (Coopérative pour l'entreposage des déchets radioactifs) ont pris beaucoup de retard. Afin de conserver une certaine simultanéité des recherches sur les quatre sites, la CEDRA avait suspendu ses travaux à Oberbauenstock, Piz Pian Grand et Wellenberg jusqu'à ce que le retard soit comblé. Afin d'y parvenir, le Conseil fédéral, saisi par la CEDRA en décembre 1990, a autorisé au printemps cette dernière à entamer des procédures d'expropriation sur les communes d'Ollon et d'Aigle, pour mener à terme ses travaux de sondage. Par ailleurs, le Conseil fédéral avait mis en consultation un «protocole d'accord» dans les quatre cantons concernés. En acceptant ce document, les cantons s'engageraient à permettre la réalisation des travaux autorisés par le Conseil fédéral sur leur territoire. Toutefois, l'écho est resté négatif dans les cantons d'Uri et des Grisons, tandis que Nidwald prévoit de faire voter ses citoyens. A côté de ces procédures, l'Agneb (groupe de travail de la Confédération pour la gestion des déchets nucléaires) a publié son rapport annuel, dans lequel il s'oppose à la poursuite des forages dans les quatre sites envisagés et propose, pour des raisons financières et de temps, de concentrer les efforts sur un seul endroit.

Durant l'année 1992, la CEDRA a poursuivi ses travaux de sondage pour l'entreposage de déchets faiblement et moyennement radioactifs sur les sites d'Ollon (VD) et de Wellenberg (NW) (Les deux autres sites envisagés se trouvent à Oberbauenstock (Uri) et à Piz Pian Grand (GR), où les travaux sont déjà terminés). Elle a annoncé qu'elle prendrait une décision définitive dans le courant de l'année 1993. Certains observateurs ont laissé entendre que les préférences de la CEDRA iraient en faveur du site de Wellenberg.

La recherche d'un site pour construire un dépôt de stockage pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs, a été marquée par plusieurs décisions importantes. Après plus de 10 ans de procédures et de travaux exploratoires qui se sont terminés au début de l'année à Wellenberg (NW) et à Ollon (VD), la CEDRA; comme l'avaient laissé supposer certains médias en 1992, a proposé au Conseil fédéral le site de Wellenberg pour la construction d'un tel dépôt. La principale raison de ce choix réside, selon la CEDRA, dans la sécurité géologique du site nidwaldien; les importantes couches de marne argileuse sur l'emplacement prévu garantissent une plus grande étanchéité pour les constructions souterraines d'un entrepôt. De plus, Wellenberg dispose d'une bonne liaison par le rail et la route. Les trois autres sites restent cependant des solutions de réserve. Selon le calendrier prévu, la CEDRA transmettra une demande d'autorisation générale au Conseil fédéral en 1994. En 1996, le gouvernement se prononcera et l'année suivante, ce sont les Chambres fédérales qui décideront si elles acceptent l'autorisation générale.