Im Dezember 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Botschaft zum Rechtshilfeabkommen in Strafsachen mit Indonesien, welches im Februar des gleichen Jahres unterzeichnet worden war. Gemäss Bundesrat schaffe der Vertrag die völkerrechtliche Grundlage für eine bilaterale Kooperation der beiden Staaten bei der Aufdeckung und Verfolgung strafbarer Handlungen, insbesondere von Wirtschaftsdelikten, Geldwäscherei und Korruption. Wie auch frühere Rechtshilfeverträge übernehme es die wichtigsten Grundsätze des schweizerischen Rechtshilfegesetzes und des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen. Das Abkommen vereinfache die Zusammenarbeit, indem es in beiden Staaten je eine zuständige Zentralbehörde definiere, welche Anforderungen und Voraussetzungen von Rechtshilfegesuchen kläre und Ablehnungsgründe benenne.

In der Wintersession 2020 befasste sich der Nationalrat mit dem Rechtshilfeabkommen in Strafsachen mit Indonesien, welches bei einem Teil der SVP-Fraktion auf Widerstand stiess. Eine Minderheit Reimann (svp, SG) wollte nicht auf das Geschäft eintreten, weil man sich damit zum «Handlanger von Menschenrechtsverletzungen» mache. Nationalrat Reimann befürchtete auch einen Missbrauch der Rechtshilfe durch die indonesischen Behörden und schlug stattdessen vor, dass man Indonesien in seiner Entwicklung helfe, indem man die Menschenrechte und die Religionsfreiheit stärke. Die Bedenken der Minderheit stiessen bei den anderen Fraktionen zwar auf Gehör, vermochten diese aber nicht zur Ablehnung des Abkommens zu bewegen. Min Li Marti (sp, ZH) und Nicolas Walder (gp, GE) argumentierten, dass die Schweiz bei Anzeichen von Menschenrechtsverstössen gemäss Abkommen sowieso keine Rechtshilfe leisten dürfe. Laut Sidney Kamerzin (cvp, VD) würde man den Kampf gegen das Verbrechen in Indonesien mit dem Rechtshilfeabkommen gar stärken. Und auch die FDP sprach sich für die Annahme des Abkommens aus. Wenn man Freihandel mit Indonesien haben könne, dann könne man auch Rechtshilfe mit klaren Rechtsmitteln unterhalten, so Christian Lüscher (fdp, GE). Bundesrätin Karin Keller-Sutter fügte an, dass neben reinen Sicherheitsbedenken auch weitere Gründe für das Abkommen sprächen. So solle die internationale Staatengemeinschaft nicht als Hort für illegale ausländische Gelder dienen, deren Rückgabe im Vertrag vorgesehen seien. Die Abstimmung über den Nichteintretensantrag fiel entsprechend deutlich aus: Er wurde mit 153 zu 32 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) abgelehnt. Das Rechtshilfeabkommen selber wurde dann vom Nationalrat mit 150 zu 32 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) verabschiedet.

Das Rechtshilfeabkommen in Strafsachen mit Indonesien kam in der Frühjahrssession 2021 in den Ständerat und verursachte keinen grossen Diskussionsbedarf. Die RK-SR beantrage einstimmig die Annahme des Staatsvertrags, teilte ihr Sprecher Beat Rieder (mitte, VS) dem Rat mit. Mit dem Rechtshilfevertrag, der inhaltlich auf einer Linie mit den bisherigen Rechtshilfeverträgen liege, schaffe die Schweiz die völkerrechtliche Grundlage, damit die Justizbehörden in einer zunehmend globalisierten Welt zusammenarbeiten können, so der Kommissionssprecher. Der Vertrag enthalte Massnahmen, die zur Unterstützung eines Strafverfahrens im anderen Land ergriffen werden können. Darüber hinaus nenne er Voraussetzungen für die Leistung der Rechtshilfe, regle die Modalitäten der Durchführung und lege Situationen fest, in denen die Rechtshilfe abgelehnt werden kann. Im Gegensatz zu bestehenden Rechtshilfeverträgen enthalte er auch eine Bestimmung zum Datenschutz. Laut Rieder beruht der Vertrag auf den Grundsätzen des schweizerischen Rechtshilferechts und enthalte detailliert formulierte Bestimmungen, weshalb keine gesetzgeberische Umsetzung notwendig sei. Rieder machte klar, dass mit den ausgebauten wirtschaftlichen Beziehungen zu Indonesien auch der Bekämpfung von Wirtschaftsdelikten, Geldwäscherei und Korruption eine zunehmende Bedeutung zukomme. Die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter erklärte, dass der Vertrag mit Indonesien ein «konkretes Bedürfnis» der Schweizer Strafverfolgungsbehörden bediene. Der Vertrag enthalte ausserdem Garantien, dass die Schweiz nur dann Rechtshilfe leiste, wenn keine konkreten Hinweisen auf die Verletzung von Menschenrechten durch Indonesien im Anschluss an ein Rechtshilfeverfahren vorlägen. Damit erfülle die Schweiz ihr innerstaatliches Recht, sowie ihre internationale Verpflichtung. Der Ständerat nahm den Entwurf mit 43 Stimmen (bei 1 Enthaltung) einstimmig an.
In der Schlussabstimmung bestätigte der Ständerat seinen Beschluss mit 44 Stimmen einstimmig und auch der Nationalrat nahm das Abkommen mit 186 zu 7 Stimmen (bei 1 Enthaltung) mit überwältigender Mehrheit an.