Im September 2020 reichte Ruedi Noser (fdp, ZH) eine Motion ein, mit der er die Anforderungen an die Steuerbefreiung juristischer Personen wegen Gemeinnützigkeit für jene Organisationen durch die ESTV prüfen lassen wollte, die politisch tätig sind. Konkret erwähnte er «Organisationen im Bereich Tier- und Umweltschutz», die das Referendum gegen das neue Jagdgesetz ergriffen hatten, und «Hilfswerke, Frauen-, Menschenrechts- und Umweltorganisationen sowie weitere NGOs und kirchliche Organisationen», welche hinter der Konzernverantwortungsinitiative standen. Eine Steuerbefreiung für juristische Personen sei bei Nichteinhaltung der Anforderungen für Gemeinnützigkeit, die in einem Kreisschreiben von 1994 geregelt seien, zu widerrufen, forderte Noser. Die zentrale Anforderung für Gemeinnützigkeit sei die Verfolgung eines «Allgemeininteresses», das sich «gemäss Kreisschreiben nach der jeweils massgebenden Volksauffassung» richte. Eine massgebende Volksauffassung existiere jedoch vor einer umstrittenen Abstimmung nicht oder sei nicht bekannt, weshalb die entsprechenden Organisationen «ein Thema aus Eigeninteresse ins Gespräch [...] bringen» würden, nicht aus Allgemeininteresse. Zukünftig solle die ESTV deshalb die von den Kantonen gesprochenen Steuerbefreiungen dank Gemeinnützigkeit prüfen und widerrufen, falls die Anforderungen nicht erfüllt seien. Allenfalls solle die ESTV die Steuerbefreiung juristischer Personen auch für weitere Kreisen öffnen, forderte der Motionär.
Der Bundesrat zeigte sich mit dieser Forderung nicht einverstanden. Er erachtete den «Steuerbefreiungstatbestand der Gemeinnützigkeit» thematisch als breit und auch bei politischen Themen als möglich. Er unterschied politische Tätigkeiten, bei denen in erster Linie die Interessen der Mitglieder einer Organisation im Mittelpunkt stünden, von gemeinnützigen Tätigkeiten, die politische Mittel zur «Erreichung eines gemeinnützigen Zweckes» einsetzten. Der Unterschied zwischen den zwei Arten von Tätigkeiten liege im Zweck der Organisation, wobei er Tätigkeiten zum Zweck der Willensbildung der Öffentlichkeit oder im Allgemeininteresse der Öffentlichkeit als gemeinnützig verstand. Die «mögliche Beeinflussung der Öffentlichkeit» sei demnach eine Konsequenz dieses Zwecks. Folglich dürften auch gemeinnützige Organisationen Initiativen und Referenden unterstützen, solange diese Unterstützung kein zu zentrales Gewicht erhalte. Daneben sprach sich der Bundesrat auch aus föderalen Gründen gegen die Motion aus: Die Kantone seien für die Gewährung und Prüfung der Steuerbefreiung zuständig. Folglich beantragte die Regierung die Ablehnung der Motion.
In der Wintersession 2020 behandelte der Ständerat die Motion Noser, wobei dem Rat ein Ordnungsantrag Levrat (sp, FR) vorlag, der den Vorstoss der WAK-SR zur Vorberatung zuweisen wollte. Die Kommission solle die Frage ob der angeheizten Stimmung in diesem Themenbereich nicht ideologisch diskutieren – wie es für die Parlamentsdebatte zu erwarten sei –, sondern technisch, argumentierte Levrat. Nachdem Noser dem Antrag von Levrat zugestimmt hatte, nahm der Ständerat den Ordnungsantrag stillschweigend an.

Rund vier Monate nach der ständerätlichen Zuweisung des Vorstosses an die WAK-SR pflichtete diese dem Argument des Bundesrates, wonach die Steuerbefreiung im Ermessen der Kantone liege, mit 7 zu 5 Stimmen (bei 1 Enthaltung) bei. Eine Kommissionsminderheit bestand dennoch auf einer Überprüfung der Steuerbefreiung durch die ESTV.

In der Sommersession 2021 beriet der Ständerat die Motion Noser (fdp, ZH) für eine Prüfung der Einhaltung der Anforderungen an die Steuerbefreiung juristischer Personen wegen Gemeinnützigkeit. Dabei wehrte sich der Motionär gegen die Darstellung von Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR), dass seine Motion verlange, dass sich «Non-Profit-Organisationen [...] nicht mehr politisch äussern dürften». Vielmehr verlange er, dass das bestehende Recht eingehalten und diese Einhaltung überprüft werde. Dazu sei die Motion notwendig, zumal die Kantone keine Informationen zum Grund der Einstufung einer Organisation als gemeinnützig herausgäben. Dies habe sich auch gezeigt, als er in einem Experiment eine Einstufung einer Organisation verlangt habe, nachdem er dieser die Statuten und das Leitbild von Greenpeace gegeben und darin die Begriffe «Natur-, Umwelt- und Tierschutz» durch «Schutz der Freiheit der Schweizerbürger» ersetzt habe. Das zuständige Steueramt habe in der Folge eine Einstufung als gemeinnützige Organisation abgelehnt, weil die «geplante Tätigkeit [...] im Wesentlichen politischer Natur zu sein [scheine]».
Bundesrat Maurer pflichtete dem Motionär bei, dass der Begriff der Gemeinnützigkeit einen Graubereich darstelle. Es sei aber sehr schwierig, hier Grenzen zu ziehen, betonte der Finanzminister. Mit 21 zu 20 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat in der Folge für die Annahme der Motion und damit für eine entsprechende Überprüfung des Status quo aus.

Nachdem sich der Ständerat überaus knapp für eine Prüfung der Einhaltung der Anforderungen an die Steuerbefreiung juristischer Personen wegen Gemeinnützigkeit im Rahmen einer Motion Noser (fdp, ZH) ausgesprochen hatte, regte der Vorstoss den Nationalrat in der Wintersession 2021 zu einigen Diskussionen an. Zuvor hatte sich die WAK-NR mit 14 zu 10 Stimmen (bei 1 Enthaltung) für Annahme der Motion ausgesprochen, zumal Transparenz bezüglich finanzieller Mittel wichtig sei. Man müsse «gleich lange Spiesse für die gleiche Tätigkeit» schaffen und insbesondere grössere Stiftungen regelmässig überprüfen. Eine Minderheit Bertschy (glp, BE) sah jedoch keinen Grund zu vermuten, «dass die Kantone ihrer Pflicht nicht nachkommen». Sie erachtete die Motion als Verstoss gegen den Föderalismus, als unverhältnismässig und teuer. Finanzminister Maurer ergänzte die Argumente der Minderheit um die Feststellung, dass damit «Erwartungen an die Verwaltung [geweckt würden], die nicht erfüllt werden können». Die Zahl der Stiftungen sei für eine vollständige Überprüfung zu hoch und bei einer allfälligen Stichprobenziehung würde sicherlich die Auswahl der Stichproben kritisiert, befürchtete er. Zudem könne die Verwaltung die Einstufung der Stiftungen nicht ändern, da dies ein Ermessensentscheid der Kantone sei. Mit 98 zu 84 Stimmen (bei 9 Enthaltungen) lehnte der Nationalrat die Motion ab. Unterstützt wurde sie von der FDP.Liberalen-Fraktion, von der Mehrheit der SVP-Fraktion sowie von einer knappen Minderheit der Mitte-Fraktion.