Mit der Neubesetzung von vier der insgesamt sieben Regierungsratssitze waren die Wahlen im April von Anfang an heftig umkämpft und öffneten die Möglichkeit für deutliche Gewichtsverschiebungen. Die Ausgangsposition war für die FDP besonders schwierig, da ihre beiden bisherigen Regierungsmitglieder Dora Andres und Mario Annoni nicht mehr antraten. Die SP hatte den Sitz des ausscheidenden Samuel Bhend zu verteidigen. Der vierte frei werdende Sitz gehörte Elisabeth Zölch von der SVP. Zur Verteidigung ihrer zwei Sitze schickte die FDP Eva Desarzens und Hans-Jürg Käser in den Wahlkampf. Sie waren Teil des traditionellen gemeinsamen bürgerlichen Tickets mit der SVP, die gleich 4 Kandidierende ins Rennen schickte: Neben den Bisherigen Urs Gasche und Werner Luginbühl gehörten dazu Monique Jametti Greiner und Annelise Vaucher. Ihnen gegenüber positionierte sich eine Links-Grüne Liste mit der Bisherigen Barbara Egger, den neu kandidierenden Philippe Perrenoud und Andreas Rickenbacher (alle sp) sowie dem Grünen Bernhard Pulver, der sich nach 2002 zum zweiten Mal präsentierte. Neben Annelise Vaucher (svp) und Philippe Perrenoud (sp) bewarb sich auch der bisherige Grossrat Maxime Zuber vom Parti socialiste autonome für den garantierten Sitz für den Berner Jura. Der bürgerliche Machtanspruch auf sechs von sieben Regierungssitzen und die damit verbundene Infragestellung der Formel aus 3 SVP, 2 FDP und 2 SP drückten dem Wahlkampf ihren Stempel auf. Bei einer mit 29,7% praktisch unveränderten Beteiligung sorgten die Wahlberechtigten für ein überraschendes Resultat, das die Mehrheiten im Regierungsrat auf den Kopf stellte. Das grün-linke Bündnis konnte seine 4 Kandidaten allesamt durchbringen, wobei Barbara Egger (sp) das beste Resultat aller Gewählten erzielte. Auf sie folgten mit Urs Gasche und Werner Luginbühl die beiden bisherigen SVP-Vertreter sowie in dieser Reihenfolge Bernhard Pulver (gp), Andreas Rickenbacher (sp), Hans-Jürg Käser als einzig verbleibendes Ratsmitglied der FDP, und Philippe Perrenoud (sp), der das Rennen um den Sitz für den Berner Jura für sich entscheiden konnte. Die bürgerlichen Kandidatinnen Eva Desarzens (fdp), Monique Jametti Greiner (svp) und Annelise Vaucher (svp) schieden auf den Plätzen acht bis zehn aus. Damit sank der Frauenanteil in der Berner Regierung von drei auf eine verbleibende Regierungsrätin. Der nicht erwartete deutliche Sieg der links-grünen Koalition wurde allgemein als Reaktion auf den auch in bürgerlichen Kreisen als überzogen bezeichneten Machtanspruch der SVP mit ihren vier Kandidaten gewertet.

Kantonale Regierungswahlen 2006
Kantonale Wahlen - Bern