Die FDP bestimmte im Frühling 2024 Jonas Projer zu ihrem neuen Generalsekretär. Projer folgte auf Jon Fanzun, der nach knapp zwei Jahren den Hut nahm. In einer Medienmitteilung nannte die FDP als Erfolge Fanzuns die Neustrukturierung des Generalsekretariats sowie die Professionalisierung der digitalen Kampagnenführung und des Fundraisings der Partei. In Fanzuns Amtszeit fiel indessen auch die Niederlage der Partei bei den National- und Ständeratswahlen 2023.
In der Presse wurde die Personalie Projer weithin als Überraschung und als Wagnis für den Parteipräsidenten Thierry Burkart gewertet. Burkart, der als Treiber der Wahl dargestellt wurde, «verknüpft sein Schicksal mit dem von Projer», befand etwa die Weltwoche, und der Tages-Anzeiger schrieb von einem «Experiment Projer». Die Medien hoben hervor, dass Projer zwar aufgrund seiner Karriere als Journalist (Moderator der politischen Diskussionssendung «Arena», Leiter von «Blick TV» und Chefredaktor der «NZZ am Sonntag») zweifellos über grosse politische Kenntnisse verfüge, aber bisher keinerlei politische Funktionen ausgeübt habe. Der FDP war er 2019 beigetreten, nachdem er den öffentlich-rechtlichen Sender SRF verlassen hatte. Aufgrund von Projers journalistischem Hintergrund erwarteten die Medien von ihm insbesondere, dass er für eine prägnantere Kommunikation und eine prominentere Rolle der FDP im öffentlichen Diskurs sorgen könne. Auch Parteipräsident Burkart versprach sich in der Presse vom neuen Generalsekretär eine «klare Schärfung des freisinnigen Standpunkts», hob aber hervor, dieser qualifiziere sich auch aufgrund seiner Führungserfahrung und seiner «profunden Kenntnisse der Schweizer Politik» für die neue Aufgabe.
Parteiintern sei die Wahl Projers zunächst nicht auf einhellige Begeisterung gestossen, wusste die NZZ zu berichten. Aus mehreren Kantonalparteien und der Bundeshausfraktion sei kritisiert worden, dass Parteipräsident Burkart mit dem Wahlvorschlag bereits Tatsachen schaffe, bevor die Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen 2023 sauber analysiert sei. Letztlich war Projers Wahl aber ungefährdet, die Parteipräsidentenkonferenz (in der insbesondere die Vorsitzenden der Kantonalparteien und der nationale Parteivorstand Einsitz haben) als zuständiges Gremium wählte ihn einstimmig. Sein Amt trat Projer am 1. Juli an.