Innerhalb von nur einem Jahr besetzten alle vier Bundesratsparteien und die Grünen die meisten Spitzenämter neu. Es fand eine Verlagerung vom Berg ins Tal, vom Land in die Stadt und teilweise von der Zentral- in die Ostschweiz statt: Nachdem im Oktober 2000 die SP Christiane Brunner zur Präsidentin gewählt hatte, folgte im April 2001 die FDP, als Franz Steinegger nach über zwölf Jahren Gerold Bührer das Amt übergab. Einen Monat später wählte die CVP Philipp Stähelin zum Nachfolger von Adalbert Durrer. Im Oktober schliesslich bestimmten die Grünen ein Kopräsidium mit Ruth Genner und Patrice Mugny, das Ruedi Baumann ablöste. In den Generalsekretariaten übernahmen überwiegend Junge die Leitung oder das Amt des Pressesprechers: Im Vorjahr hatten bei der FDP Guido Schommer Johannes Matyassy und bei der SP Reto Gamma Jean-François Steiert als Generalsekretär ersetzt. Im Berichtsjahr folgte bei der SVP Gregor Rutz auf Jean-Blaise Defago und bei der CVP Reto Nause auf Hilmar Gernet. Auch die Parteisprecher wechselten: Bei der FDP ist neu die 32-jährige Barbara Perriard, bei der SVP der 29-jährige Yves Bichsel, bei der CVP die 25-jährige Béatrice Wertli und bei der SP Jean-Philippe Jeannerat (47) zuständig für die Öffentlichkeitsarbeit.

Im Februar gab Jean-Blaise Defago seinen Rücktritt als Generalsekretär bekannt. Zu seinem Nachfolger bestimmte der leitende Parteiausschuss den 28-jährigen Zürcher Gregor Rutz. Rutz hatte sich prononciert gegen das Antirassismus-Gesetz engagiert und war 1998 von der FDP zur SVP übergetreten. Um Widerstand gegen den Zürcher „Putsch“ zu vermeiden, war der Berner Hermann Weyeneth in die Suche nach einem Nachfolger eingebunden worden. Der 29-jährige Berner Yves Bichsel, seit Januar 2000 als wissenschaftlicher Mitarbeiter im Generalsekretariat tätig, übernahm das Amt des Pressesprechers.

Da nach wie vor unklar ist, wie viel Politikerinnen und Politiker für ihren Wahlkampf ausgeben und wer die Abstimmungskampagnen finanziert, schlug der Staatsrechtler und Politikwissenschafter Tiziano Balmelli vor, die Wahlkampfbudgets nach oben zu beschränken, um die Chancengleichheit zu vergrössern und die Gefahr von Bestechung zu verringern. Konkret sollte für jeden Wahlkreis ein Höchstbetrag sowohl für die Kandidierenden als auch für die Parteien im Verhältnis zur Zahl der Stimmberechtigten festgelegt werden. Strenge Sanktionen, z.B. hohe Bussen, der Verlust des politischen Mandats oder der zeitweilige Entzug passiver politischer Rechte sollten Missbräuche verhindern. Weiter forderte Balmelli von den Parteien, ihre Abrechnungen offen zu legen – einzig die Kantone Genf und Tessin kennen gesetzliche Vorschriften, die mehr Transparenz ermöglichen sollen. Öffentliche Mittel als Ersatz für private Spenden seien keine Lösung, sondern würden als Ergänzung gebraucht, wie ein Blick ins Ausland zeige. Die Parteien lehnten diese Vorschläge ab: Ob jemand gewählt werde, hänge nicht in erster Linie vom Budget ab, betonte CVP-Sprecher Paul Felber. SVP-Generalsekretär Jean-Blaise Defago wollte lieber den Markt spielen lassen, während Guido Schommer von der FDP grosse Umsetzungsprobleme sah. SP-Generalsekretär Reto Gamma genügte es, offen zu legen, woher das Geld stamme; damit könnte die Wählerschaft selber entscheiden, ob sie diese Person wählen wolle.

Am Parteitag in Genf beantragte der Zentralvorstand die Ablehnung der Volksinitiative zur Plafonierung des Ausländerbestandes (18%-Initiative). Die Delegierten entschieden sich aber mit 159 zu 109 Stimmen für ein Ja. Die Parteileitung zeigte sich enttäuscht. Generalsekretär Jean-Blaise Defago dachte sogar laut über seinen Rücktritt nach.

Ende August gab Generalsekretär Baltisser seinen Rücktritt auf Ende Jahr bekannt. Der Rückzug sei nicht politisch motiviert, versicherten der 30jährige Volkswirtschaftler und Parteipräsident Maurer einhellig. Er wolle sich beruflich neu orientieren und habe bereits bei Amtsantritt bekundet, dass er das Amt nur für eine gewisse Zeit ausüben wolle. Einen Monat später wurde der neue Generalsekretär vorgestellt: Jean-Blaise Defago, bisher Pressechef der SVP. Im November wurde schliesslich Irène Schellenberg zur neuen Pressesprecherin ernannt.

Nachdem Parteipräsident Maurer in der Asylpolitik wenig Kompromissbereitschaft gezeigt hatte, mit den drei anderen Regierungsparteien eine «Koalition der Vernunft» einzugehen, kritisierten die beiden SVP-Funktionäre Baltisser (Generalsekretär) und Defago (Pressechef) mit Unterstützung von Fraktionschef Schmid öffentlich die harte Oppositionspolitik des »Zürcher Flügels» und forderten eine parteiinterne Grundsatzdiskussion über die Position der Partei über kurzfristige Wahlerfolge hinaus.
Nicht zum ersten Mal gerieten sich dabei auch Bundesrat Ogi und Blocher in die Haare: Ogi warnte einmal mehr vor dem Neinsager-Kurs der Partei und sah in der parteipolitischen Ausrichtung auf Unzufriedene längerfristig keine Erfolgsaussichten. In einem Zeitungsinterview attackierte Blocher seinen eigenen Bundesrat ungemein scharf und warf diesem die Verachtung des Volkes vor. Ein paar Tage später wurde das Interview von einem «Komitee pro Mittelstand», welchem der Zürcher Nationalrat Hans Fehr beratend zur Seite stand, in rund 20 Zeitungen als ganzseitiges Inserat aufgegeben. In einem parteiinternen Rundschreiben forderte Parteipräsident Maurer alle Mitglieder auf, den öffentlichen Auseinandersetzungen ein Ende zu setzen und kündigte eine Grundsatzdiskussion über die zukünftige Ausrichtung der Partei im Rahmen der angelaufenen Programmdiskussion an.
Nachdem die beiden Parteifunktionäre Baltisser und Defago ihren Rücktritt angedroht hatten, wurde das Arbeitsverhältnis nach einer Aussprache mit Parteipräsident Maurer in gegenseitigem Einvernehmen fortgesetzt