Nach vierzehn Jahren Regierungstätigkeit erklärte Erziehungsdirektor Rudolf Gisler (cvp) seinen Rücktritt. Die CVP wollte ihren Sitz verteidigen, um sich im Hinblick auf die Gesamterneuerungswahlen 2006, bei denen die Exekutive von sieben auf fünf Mitglieder verkleinert werden soll, günstig zu positionieren. Sie nominierte ihren Fraktionschef im Landrat, Rolf Widmer. Gleichentags schickte die SVP ebenfalls ihren Fraktionschef, Martin Landolt, ins Rennen, um den vor zwei Jahren verlorenen Regierungssitz zurückzuerobern. Nur einen Tag später bestimmten die Grünen Landrat Martin Staub zu ihrem Kandidaten; dieser wurde auch von der SP unterstützt. Damit bewarben sich für den frei gewordenen Sitz drei nach Einschätzung aller Beobachter fähige Personen. Anfang Februar erreichte keiner der Bewerber das absolute Mehr. Der CVP-Vertreter Rolf Widmer lag mit 3718 Stimmen nur knapp vor Martin Landolt (svp) mit 3606, Martin Staub (gp) erreichte 2774. Im zweiten Wahlgang von Ende Februar, zu dem Staub nicht mehr angetreten war, konnte sich Rolf Widmer (cvp) mit 420 Stimmen Vorsprung auf Martin Landolt durchsetzen und damit den Sitz der CVP verteidigen. Somit bleibt die parteipolitische Verteilung in der Glarner Regierung mit 3 FDP, 2 SP, 1 CVP und 1 SVP bestehen.

Bei den Regierungsratswahlen vom März trat Finanzdirektor Christoph Stüssi von der SVP nicht mehr an. Um seinen Sitz kämpften ein offizieller und zwei "wilde" Kandidaten der SVP sowie ein Bewerber aus der SP. Die sechs bisherigen Regierungsräte wurden in ihrem Amt bestätigt. Das beste Ergebnis erzielte Pankraz Freitag (fdp), auf ihn folgten Robert Marti (svp), Jakob Kamm (sp), Willy Kamm (svp), Rudolf Gisler (cvp) und Marianne Dürst (fdp). Unter dem absoluten Mehr blieben Franz Schiesser (sp), die beiden wild kandidierenden SVP-Mitglieder Hans Schnyder und Jakob Trümpi und der offizielle Kandidat der SVP, Hanspeter Gisler. Obschon wilde Kandidaturen in Glarus Tradition haben, drohte SVP-Kantonalpräsident This Jenny den wilden Kandidaten mit dem Parteiausschluss; er konnte jedoch keinen der Kontrahenten zu einem Verzicht bewegen. Im zweiten Wahlgang setzte sich SP-Landrat Franz Schiesser deutlich gegen die drei SVP-Bewerber durch und eroberte den 1998 an die FDP verlorenen zweiten Sitz zurück.

In den Glarner Regierungsratswahlen vom 15. März waren zwei Sitze neu zu besetzen. Grosse Wahlgewinnerin war die FDP, die auf Kosten der SP einen dritten Sitz hinzu gewann. Damit setzt sich die Glarner Regierung neu aus drei Mitgliedern der FDP, zwei der SVP und je einem der SP und CVP zusammen. Nebst dem bisherigen Regierungsrat Willy Kamm wurde die zweite offizielle Kandidatin der FDP, die Rechtsanwältin Marianne Dürst-Kundert als erste Glarner Regierungsrätin mit einem Glanzresultat gewählt. Sie ersetzte damit den profilierten, nicht aber unumstrittenen Baudirektor Kaspar Rhyner (fdp). In den letzten zwanzig Jahren hatten insgesamt sechs Frauen erfolglos eine Wahl in die Exekutive versucht. Trotz schwieriger Ausgangslage schaffte auch der dritte, "wild” angetretene, Freisinnige, Pankraz Freitag, den Sprung in die Regierung, zum grossen Ärger der SP, die den Sitz ihres zurückgetretenen Volkswirtschaftsdirektors Werner Marti (sp) nicht verteidigen konnte. Kandidaturen ohne Parteiunterstützung haben im Glarnerland Tradition; so wurden in den letzten 25 Jahren vier sogenannt wilde, d.h. nicht von ihrer eigenen Partei nominierte Kandidaten in die Regierung gewählt. Während der bisherige sozialdemokratische Regierungsrat Jakob Kamm mit dem zweitbesten Resultat wiedergewählt wurde, scheiterte der zweite Kandidat der SP, Kaspar Marti, abgeschlagen auf dem zweitletzten Platz. Ebenso klar scheiterte der Versuch der CVP, ihren 1994 an die SP verlorenen Sitz zurückzuholen. Nebst der Wiederwahl des bisherigen Regierungsrates Rudolf Gisler landete der zweite CVP-Kandidat Georg Müller noch hinter Kaspar Marti auf dem letzten Platz. Bei der SVP wurden die beiden bisherigen Röbi Marti und Christoph Stüssi wiedergewählt, wobei Röbi Marti am meisten Stimmen aller Kandidierenden erzielte. Die Stimmbeteiligung lag bei 47,1%.

Bei den Glarner Regierungsratswahlen, welche immer vor den Landratswahlen und vor der Landsgemeinde stattfinden, wurden bei einer Stimmbeteiligung von 51% für die zurückgetretenen Emil Fischli (cvp) und Martin Brunner (sp) die Kandidaten Rudolf Gisler (cvp) und Werner Marti (sp) gewählt. Ein zweiter sozialdemokratischer Kandidat erreichte zwar ebenfalls das absolute Mehr, schied aber als überzählig aus der Wahl. Zwei parteilose Kandidaten erlangten das absolute Mehr nicht. Die bisherigen Regierungsräte wurden alle bestätigt.