Bei den Ersatzwahlen für den freigewordenen Sitz des zurückgetretenen Hans-Peter Lenherr (fdp) traten Reto Dubach (fdp) und als Herausforderer Kantonsratspräsident Matthias Freivogel (sp) an. Die SP hatte ihren zweiten Sitz in der Regierung im Jahr 2000 verloren und wollte diesen zurückerobern. Freivogel (sp) trat als klarer Gegner neuer Atomkraftwerke und eines Atommülllagers in Benken (ZH) auf und präsentierte sich als frische Kraft für den Kanton. Dubach (fdp) war vor der Kandidatur für den Regierungsrat bereits als Staatsschreiber in der Kantonsverwaltung tätig gewesen. SVP und EDU empfahlen Dubach (fdp) zur Wahl, die JSVP mochte dagegen keinen der beiden Kandidaten unterstützen, da sie sich einen jüngeren Regierungsrat mit guten Kontakten zur Privatwirtschaft wünschte. Bei der Wahl im September war Reto Dubach (fdp) erfolgreich. Er wurde mit ungefähr 2000 Stimmen Vorsprung auf Matthias Freivogel (sp) gewählt. Die Zusammensetzung der fünfköpfigen Regierung (2 SVP, 2 FDP, 1 SP) blieb damit gleich. Eine geringe Stimmbeteiligung und eine hohe Anzahl an Leerstimmen liessen auf Unzufriedenheit über beide Kandidaten bei einem Teil der Bevölkerung schliessen.

Die Ausgangslage nach dem Rücktritt von Finanzdirektor Hermann Keller (sp) gestaltete sich spannend: Die SVP als wählerstärkste Partei erhob Anspruch auf einen zweiten Sitz in der 5-köpfigen Regierung und schickte neben Volkswirtschaftsdirektor Erhard Meister die ehemalige SVP-Kantonalpräsidentin Rosmarie Widmer Gysel ins Rennen. Die FDP, als drittstärkste Partei mit zwei Sitzen übervertreten, versuchte ihre Vertretung mit Erziehungsdirektor Heinz Albicker und Baudirektor Hans-Peter Lenherr zu halten. Die SP, die ursprünglich beabsichtigt hatte, neben der Verteidigung ihres bisherigen Sitzes das zweite Mandat, das sie vor vier Jahren verloren hatte, zurückzugewinnen, entschied sich für eine Einerkandidatur mit Kantonsrätin Ursula Hafner. Diese hatte sich im Nominationsverfahren gegen mehrere Bewerber durchgesetzt, auch gegen den ehemaligen Schwingerkönig und heutigen Direktor des Berufsbildungszentrums, Kantonsrat Ernst Schläpfer, welcher den Entscheid jedoch nicht akzeptierte und wild kandidierte, unterstützt von einem breiten Komitee, das von Gewerkschaftern bis zu SVP-Mitgliedern reichte.

Bei den Wahlen Ende August erreichte Erhard Meister (svp) das beste Resultat, gefolgt von den beiden Freisinnigen Hans-Peter Lenherr und Heinz Albicker. Die Sozialdemokratin Ursula Hafner erzielte ihre Stimmen vor allem dank der grossen Unterstützung in den städtischen Gebieten, während die SVP-Vertreterin Rosmarie Widmer Gysel auf dem Land besser abschnitt. Der grüne Regierungsrat Herbert Bühl erreichte ebenfalls das absolute Mehr, schied aber als überzählig aus. Die Abwahl Bühls, der die Wiederwahl vor vier Jahren mit dem besten Resultat geschafft hatte, war von niemandem erwartet worden. Gemäss Presseberichten konnten auch die Spannungen zwischen dem Gesundheitsdirektor und dem Chefarzt des Kantonsspitals, die im Wahlkampf zutage getreten waren, das Ergebnis nicht erklären, insbesondere, da Bühls Leistungsausweis beachtlich war. Zum Verhängnis geworden sein dürfte ihm vielmehr seine schwache Parteibasis im Zusammenhang mit der Tatsache, dass Bürgerliche und Sozialdemokraten sich deutlicher als bei früheren Wahlen auf ihre eigenen Kandidaten konzentriert hatten. Damit stellt die SVP erstmals seit 1968 wieder zwei Regierungsräte, und zum ersten Mal sind in der Schaffhauser Regierung, die sich aus zwei Freisinnigen, zwei SVP-Vertretern und einer Sozialdemokratin zusammensetzt, gleich zwei Frauen vertreten.