Zu den Gesamterneuerungswahlen traten drei von sieben Regierungsmitgliedern nicht mehr an: Gebi Bischof, Marianne Kleiner (beide fdp) und Werner Niederer (sp). Nach einem intensiven Wahlkampf bestätigten die Ausserrhoder Wahlberechtigten im Februar die vier bisherigen Regierungsmitglieder Alice Scherrer (fdp), welche auch für das Landamannamt (Präsidium) kandidiert hatte, Jakob Brunnschweiler (fdp), Hans Altherr (fdp) und Hans Diem (svp). Kantonsratspräsident Rolf Degen eroberte einen der vakanten Sitze für die Freisinnigen. Die übrigen sechs Kandidaten erreichten das absolute Mehr nicht; das beste Resultat erzielte Jürg Wernli (fdp), gefolgt von Köbi Frei (svp) und Martin Brülhart (sp). Für den zweiten Wahlgang zogen sich die drei Letztplatzierten – ein Christlichdemokrat, ein wild kandidierender Freisinniger sowie ein Parteiloser – zurück. Während CVP und SP im ersten Wahlgang noch koaliert hatten, um den kleineren Parteien einen Regierungssitz zu sichern, blieb die Unterstützung der Christlichdemokraten im zweiten Wahlgang aus; die FDP setzte auf ihren Kandidaten und verzichtete zur Enttäuschung der SP auf weitere Wahlempfehlungen. Im zweiten Wahlgang eroberten der Freisinnige Jürg Wernli und der Kandidat der SVP, Köbi Frei, der seinen Vorsprung auf den Sozialdemokraten Martin Brülhart noch ausbauen konnte, die verbleibenden Regierungssitze. Damit ist die SP seit 1913 erstmals nicht mehr in der Appenzell Ausserrhoder Exekutive vertreten. Gemäss der Presse rächte es sich für die SP, dass sie keine Frau aufgebaut hatte, und dass sie, anders als die im Kanton erst seit einigen Jahren aktive SVP, die konsequent Ortsparteien gründete, nur in den grösseren Orten organisiert ist.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in fünf Kantonen (AR, BL, LU, TI, ZH) kam es parteipolitisch in Appenzell Ausserrhoden, in Zürich und in Luzern zu Sitzverschiebungen: Während Jakob Frei (svp) in der Ostschweiz den Sitz des zurückgetretenen Werner Niederer (sp) eroberte, setzte sich die SVP in den Kantonen Tessin und Luzern trotz Erfolgen bei den Parlamentswahlen nicht durch. Der CVP hingegen gelang es, ungeachtet der Verkleinerung der Luzerner Regierung von sieben auf fünf Mitglieder, ihre absolute Mehrheit zu verteidigen. Dafür musste sie in Zürich den Sitz des zurückgetretenen Ernst Buschor der Sozialdemokratin Regine Aeppli überlassen. Die SP verteidigte in Luzern ihr einziges Mandat erfolgreich; Yvonne Schärli folgte auf Paul Huber. In Basel-Land und im Tessin hingegen blieb die parteipolitische Zusammensetzung der Regierung unverändert; im Tessin wurde damit die bisherige Regierung erstmals seit 1951 ohne personellen Wechsel bestätigt.

Bei den Ersatzwahlen war die Linke besonders erfolgreich: In Genf wurde Charles Beer (sp) Nachfolger von Micheline Calmy-Rey (sp), die in den Bundesrat gewählt worden war. Er profitierte von der Uneinigkeit der bürgerlichen Parteien, die sich nicht auf einen Kandidaten festlegen konnten. Den Solothurner Sozialdemokraten gelang es mit Roberto Zanetti, ihren 1985 an die CVP verlorenen zweiten Regierungssitz zurück zu erobern.

In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen ein zusätzliches Regierungsmandat hinzugewinnen: In Zürich trat Regine Aeppli (sp) die Nachfolge von Ernst Buschor (cvp) an, in Basel-Land folgte Sabine Pegoraro (fdp) auf Andreas Koellreuter (fdp). Für die zurücktretende Marianne Kleiner (fdp) hingegen wählten die Appenzell Ausserrhoder Wahlberechtigten einen Mann in die Regierung; in der von sieben auf fünf Mitglieder reduzierten Luzerner Regierung ist mit Yvonne Schärli (sp) weiterhin nur eine Frau vertreten, die Christlichdemokratin Margrit Fischer musste auf eine Kandidatur für den zweiten Wahlgang verzichten, weil sie im ersten Wahlgang von den vier offiziellen CVP-Bewerbern das schlechteste Resultat erzielt hatte. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2003 34 von 158 Regierungssitzen (21,5%; 2002: 21,3%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (7) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (42,9%), gefolgt von der SP mit 36,7% (11 von 30 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 27,9% (12 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 8,5% (4 von 47 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 17,6% (3 von 17 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden sechs Kantone (AI, AG, SH, SZ, TG, VS).

Anfangs Februar kam es in Appenzell-Ausserrhoden zu Gesamterneuerungswahlen der Regierung. Dabei blieb alles beim alten. Die sieben Bisherigen – vier Freisinnige, ein Parteiloser und je eine SP- und eine SVP-Vertretung – wurden im Amt bestätigt. Drei der sieben Regierungsmitgliedern amtierten erst seit dem Juni des vergangenen Jahres, ein vierter Sitz wurde vor zwei Jahren neu besetzt. Die Parteien verzichteten aus diesem Grund auf Kampfkandidaturen. Am meisten Stimmen holte Werner Niederer (sp); mit geringen Abständen folgten Hans Altherr (fdp), Alice Scherrer (fdp), Marianne Kleiner (fdp) und Jakob Brunnschweiler (fdp). Mit grösserem Abstand kam Gebi Bischof (fdp) auf den sechsten und Hans Diem (svp) auf den siebten Rang. Unbestritten war auch die Bestätigung von Marianne Kleiner im Amt als Frau Landammann.

Am 3. Mai fanden im Kanton Appenzell Ausserrhoden die Regierungsratswahlen statt, die nach der Abschaffung der Landsgemeinde erstmals an der Urne durchgeführt wurden. Die FDP entschied sich nach eingehender Diskussion für eine klare Vorwärtsstrategie, nachdem sie beim Abschaffungsentscheid der Landsgemeinde von 1997 auf der Verliererseite gestanden hatte, und beanspruchte nach dem Rücktritt dreier Regierungsräte aus ihren Reihen auch weiterhin fünf der sieben Sitze für sich. Sie stieg nach einigen Wirren um Nominationen und Rückzüge von Kandidaten im Vorfeld der Wahlen sowie nach dem Debakel um die Ausserrhoder Kantonalbank geschwächt ins Rennen. Die SP und die SVP andererseits, die sich mit ihrer übereinstimmenden Abschaffungsparole vor einem Jahr vom Volk bestätigt fühlten, wollten an ihren Erfolg anknüpfen und schickten einen zweiten (sp) bzw. ihren ersten Vertreter (svp) in den Wahlkampf. Ihr Kalkül, dass sie als Oppositionsparteien an der Urne über bessere Wahlchancen verfügten als an der Landsgemeinde, traf nicht ein. Alle vier Bisherigen schafften die Wiederwahl im ersten Wahlgang: Werner Niederer (sp) lag vor den freisinnigen Frauen Alice Scherrer und Marianne Kleiner, gefolgt vom Parteilosen Gebi Bischof. Der einzige neue Kandidat, der das absolute Mehr erreichte, war Hans Altherr (fdp). Die beiden Herausforderer Hans Diem (svp) und Paul Vuilleumier (sp) lagen noch hinter den beiden weiteren freisinnigen Kandidaten auf Platz acht und neun. Im zweiten Wahlgang schaffte die SVP, die sich in Appenzell klar als Oppositionspartei positioniert hatte, zum ersten Mal den Sprung in die Regierung. Landwirt und Bauernverbandspräsident Diem wurde als siebter hinter Jakob Brunnschweiler (fdp) gewählt. Die neue Ausserrhodner Regierung setzt sich somit aus 4 FDP, 1 SP, 1 SVP sowie einem dem Freisinn nahestehenden Parteilosen zusammen; die Anzahl Frauen beträgt weiterhin zwei. Die Beteiligung lag im ersten Wahlgang bei 44%, im zweiten bei 40%.

Die Stiftung «Zukunft für Schweizer Fahrende» nahm ihre Arbeit auf. Sie soll als Forum dienen, mit dem Fahrende, Bund, Kantone und Gemeinden gemeinsam versuchen, Lösungen für die unbefriedigende Platz-, Arbeits- und Schulsituation für die rund 5'000 Jenischen in der Schweiz zu finden. Die auf einem Bundesgesetz basierende Stiftung wird vom Ausserrhoder Regierungsrat Werner Niederer (sp) präsidiert. Dem Stiftungsrat gehören fünf Vertreter der Fahrenden und je zwei Vertreter von Bund, Kantonen und Gemeinden an. Für den Betrieb der Stiftung stellte der Bund CHF 750'000 für fünf Jahre zur Verfügung.