Bei den Gesamterneuerungswahlen in fünf Kantonen (AR, BL, LU, TI, ZH) kam es parteipolitisch in Appenzell Ausserrhoden, in Zürich und in Luzern zu Sitzverschiebungen: Während Jakob Frei (svp) in der Ostschweiz den Sitz des zurückgetretenen Werner Niederer (sp) eroberte, setzte sich die SVP in den Kantonen Tessin und Luzern trotz Erfolgen bei den Parlamentswahlen nicht durch. Der CVP hingegen gelang es, ungeachtet der Verkleinerung der Luzerner Regierung von sieben auf fünf Mitglieder, ihre absolute Mehrheit zu verteidigen. Dafür musste sie in Zürich den Sitz des zurückgetretenen Ernst Buschor der Sozialdemokratin Regine Aeppli überlassen. Die SP verteidigte in Luzern ihr einziges Mandat erfolgreich; Yvonne Schärli folgte auf Paul Huber. In Basel-Land und im Tessin hingegen blieb die parteipolitische Zusammensetzung der Regierung unverändert; im Tessin wurde damit die bisherige Regierung erstmals seit 1951 ohne personellen Wechsel bestätigt.
Bei den Ersatzwahlen war die Linke besonders erfolgreich: In Genf wurde Charles Beer (sp) Nachfolger von Micheline Calmy-Rey (sp), die in den Bundesrat gewählt worden war. Er profitierte von der Uneinigkeit der bürgerlichen Parteien, die sich nicht auf einen Kandidaten festlegen konnten. Den Solothurner Sozialdemokraten gelang es mit Roberto Zanetti, ihren 1985 an die CVP verlorenen zweiten Regierungssitz zurück zu erobern.
In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen ein zusätzliches Regierungsmandat hinzugewinnen: In Zürich trat Regine Aeppli (sp) die Nachfolge von Ernst Buschor (cvp) an, in Basel-Land folgte Sabine Pegoraro (fdp) auf Andreas Koellreuter (fdp). Für die zurücktretende Marianne Kleiner (fdp) hingegen wählten die Appenzell Ausserrhoder Wahlberechtigten einen Mann in die Regierung; in der von sieben auf fünf Mitglieder reduzierten Luzerner Regierung ist mit Yvonne Schärli (sp) weiterhin nur eine Frau vertreten, die Christlichdemokratin Margrit Fischer musste auf eine Kandidatur für den zweiten Wahlgang verzichten, weil sie im ersten Wahlgang von den vier offiziellen CVP-Bewerbern das schlechteste Resultat erzielt hatte. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2003 34 von 158 Regierungssitzen (21,5%; 2002: 21,3%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (7) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (42,9%), gefolgt von der SP mit 36,7% (11 von 30 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 27,9% (12 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 8,5% (4 von 47 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 17,6% (3 von 17 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden sechs Kantone (AI, AG, SH, SZ, TG, VS).