En mars 2020 lors de l'élection complémentaire, la socialiste Rosalie Beuret Siess privait le PDC de son second siège à l'exécutif jurassien. Pour le reconquérir à l'élection générale à l'automne, le parti a présenté Stéphane Babey aux côtés du ministre sortant Martial Courtet. Les autres conseillers d'Etat – David Eray (pcsi) et Jacques Gerber (plr) – ont fait cavaliers seuls. Le PS a présenté Nathalie Barthoulot et Rosalie Beuret Siess. D'autres partis convoitaient l'un des cinq sièges au gouvernement cantonal: l'UDC avec Brigitte Favre et Didier Spies, les Verts avec Céline Robert-Charrue Linder et Vincent Schmitt, les Vert'libéraux avec Emilie Moreau et Alain Beuret, le CS-POP et Gauche en mouvement avec Francisco Pires. Sur les 13 candidat.e.s, quatre provenaient du district de Porrentruy, quatre des Franches-Montagnes et cinq du district de Delémont. En pleine crise sanitaire liée au Covid-19, les candidat.e.s ont dû trouver des alternatives aux traditionnelles manifestations pour rencontrer et convaincre l'électorat. Le PS comptait profiter de la mise en évidence par la crise de plusieurs de ses thèmes centraux (assurances sociales, solidarité, etc.) pour assurer ses deux sièges au gouvernement. Tant la récente section cantonale des Vert'libéraux, que les Verts espéraient percer dans le Jura après la vague verte lors des dernières élections fédérales.
Avec une participation de 47.5 pourcent au premier tour, personne n'a atteint la majorité absolue. Martial Courtet est arrivé en tête avec 11'416 voix, suivi par par Nathalie Barthoulot (11'401 voix), Rosalie Beuret Siess (11'135), Jacques Gerber (11'008), Stéphane Babey (7'721), David Eray (6'987), Céline Robert-Charrue Linder (3'662), Vincent Schmitt (3'152), Didier Spies (2'898), Brigitte Favre (2'711), Emilie Moreau (2'705), Francisco Pires (2'232) et Alain Beuret (1'977).

Critiqué pour sa gestion de dossiers et devancé par le PDC Stéphane Babey, David Eray a insisté, entre les deux tours, sur l'appartenance régionale pour essayer de sauver son siège – comme le district des Franches-Montagnes risquait de ne plus être représenté au gouvernement. Le PS et les Verts ont mutuellement soutenu leurs candidates pour le second tour – les deux conseillères d'Etat socialistes et la verte Céline Robert-Charrue Linder. Au vu du score de Stéphane Babey au premier tour et du nombre de sièges obtenus au Parlement cantonal, le PDC a maintenu le double ticket; pour le PLR, Jacques Gerber restait en course. Lors du deuxième tour, c'est l'ensemble du collège sortant qui a été réélu avec une participation de 45.7%. Jacques Gerber a devancé de 10 voix Martial Courtet qui a récolté 12'805 suffrages, viennent-ensuite les socialistes Nathalie Barthoulot (11'851voix) et Rosalie Beuret Siess (11'647). David Eray pourra briguer un mandat supplémentaire avec ses 10'413 suffrages. Le PDC n'a donc pas réussi à récupérer le siège autrefois occupé par Charles Juillard, les 9'584 voix de Stéphane Babey n'ayant pas suffi. Céline Robert-Charrue Linder a, quant à elle, enregistré un score de 6'076 voix.

Election gouvernement jurassien 2020
Dossier: Kantonale Wahlen - Jura
Dossier: Kantonale Regierungswahlen 2020