Elisabeth Baume-Schneider (ps), Michel Probst (plr) et Philippe Receveur (pdc) libéraient leur siège à l'exécutif jurassien, alors que Charles Juillard (pdc) et Michel Thentz (ps) espéraient exercer encore leurs fonctions lors de la prochaine législature. Comme colistières et colistiers, le PS a présenté Nathalie Barthoulot et Christophe Berdat. Du côté du PDC, Martial Courtet, Gabriel Willemin, Eric Dobler et Françoise Chaignat-Arnoux ont accompagné la candidature du ministre sortant. Eric Dobler a annoncé sa candidature au dernier moment, une demi-heure avant l'heure butoir. Le PLR a proposé Jacques Gerber pour remplacer son représentant. Le PCSI, l'UDC, les Verts et le CS-POP ont chacun lancé un prétendant dans la course, à savoir David Eray (pcsi), Damien Lachat (udc), Anselme Voirol (verts) et Rémy Meury (cs-pop). Enfin, Pascal Prince, David Herdener, Aloïs Boillat, Yannick Erard et Vincent Della Ducata ont également pris part à l'élection comme membres du mouvement intitulé «Rauraque du Nord». Rassemblés pour défendre la cause de Moutier dans le canton du Jura, ils avaient «auto-boulot-dodo-impôt, plus d'apéros et rococo» comme slogan. Ils souhaitaient que le canton se dote d'une maison de la musique et de bus de nuit jusqu'à six heures du matin.
Différentes stratégies ont été mobilisées afin de récolter des voix et financer les campagnes. Nathalie Barthoulot et Martial Courtet ont lancé un site internet. David Eray a alimenté un blog historique où étaient répertoriées ses interventions et prises de position au parlement cantonal. Il a décidé de se passer de sponsor. Jacques Gerber et Charles Juillard ont notamment communiqué sur Twitter. Le premier prévoyait de débourser 10'000 francs de sa poche et d'organiser une recherche de fonds pour son parti. Gabriel Willemin a pu s'appuyer sur une petite association de soutien à son nom. Eric Dobler a déboursé 1'000 francs, alors qu'Anselme Voirol projetait de mettre entre 4'000 et 5'000 francs. Le mouvement Rauraque du Nord, avec quelques milliers de francs à disposition, a profité de la tribune gratuite offerte par les médias aux candidats. Enfin, le CS-POP a attendu après la campagne pour solliciter des dons privés auprès de 200 donatrices et donateurs habituels.
Lors du principal débat, il n'y a pas eu de véritable affrontement. Tout le monde était d'accord pour accueillir la ville de Moutier dans le canton. S'agissant de la composition du gouvernement, Martial Courtet a assuré que son parti ne visait pas de prendre la majorité. Les discussions ont également porté sur les investissements du canton, le développement économique et démographique, la diversification du tissu économique, l'attractivité du canton, le développement des transports et des connexions vers l'extérieur.
Avec une participation de 54.1%, Charles Juillard a recolté 12'325 voix. Il était suivi par Nathalie Barthoulot (10'159 suffrages) qui dévançait le ministre sortant Michel Thentz figurant à la sixième place (8'283). Jacques Gerber est arrivé en troisième position (8'714), avant Martial Courtet (8'626). Gabriel Willemin occupait la cinquième place (8'300). David Eray se plaçait en septième position (7'404), suivi par Christophe Berdat (5'117), Françoise Chaignat-Arnoux (4'886), Damien Lachat (4'587), Eric Dobler (4'260), Rémy Meury (3'322), Anselme Voirol (2'660), Pascal Prince (743), David Herdener (623), Aloïs Boillat (601), Yannick Erard (362) et Vincent Della Ducata (340).
Occupant les cinq dernières places du classement, la Rauraque du Nord a renoncé à prendre part au second tour. Les Verts et le CS-POP, abandonnant la course, ont affiché leur soutien aux socialistes. La population jurassienne devait choisir entre Charles Juillard, Nathalie Barthoulot, Jacques Gerber, Martial Courtet, Michel Thentz et David Eray. Michel Thentz sera finalement évincé du gouvernement avec son score de 8'576 voix. Le PCSI David Eray a créé la surprise en arrivant en troisième position (11'736 voix), juste derrière Charles Juillard (12'351) et Nathalie Barthoulot (12'017). Il a bénéficié, indirectement, du soutien de l'UDC, qui prônait la représentation des trois districts à l'exécutif cantonal. Jacques Gerber, totalisant 11'159 voix, a devancé Martial Courtet (10'531 soutiens). Ainsi, le PCSI a récupéré son siège perdu en 2010. Occupé par quatre novices, le gouvernement a glissé un peu plus à droite, comme le nouveau parlement cantonal, avec 2 PDC, 1 PLR, 1 PS et 1 PCSI.