Bei den Regierungsratswahlen in Basel-Stadt kandidierten die Bisherigen Guy Morin (gp), Christoph Eymann (lp), Hanspeter Gass (fdp), Carlo Conti (cvp) und Eva Herzog (sp) erneut. Ralph Lewin und Barbara Schneider (beide sp und seit 1997 in der Regierung) traten dagegen nicht mehr an. Die SP hatte damit zwei vakante Sitze zu verteidigen. Sie nominierte Christoph Brutschin und Hans-Peter Wessels, die beide als eher wirtschaftsfreundliche Sozialdemokraten gelten. Die Doppelvakanz der SP hätte eine Gelegenheit für die bürgerlichen Parteien geboten, die links-grüne Mehrheit im Regierungsrat anzugreifen. Die bürgerliche Allianz war jedoch zu brüchig, um eine gemeinsame Viererliste von FDP, CVP, LP und SVP zu ermöglichen. Die SVP, die aufgrund ihres Wähleranteils von 14% einen Anspruch auf Regierungsvertretung geltend machte, nominierte ohne Absprache mit CVP, LP und FDP den Grossrat Patrick Hafner für die Wahl. Die anderen bürgerlichen Parteien betrachteten diese Kandidatur als zu wenig chancenreich. Es wurde diskutiert, ob eine der drei traditionellen bürgerlichen Parteien mit Unterstützung der anderen beiden eine Doppelvertretung in der Regierung anstreben sollte. CVP, FDP und LP verwarfen aber letztlich diese Option. Überraschenderweise präsentierten auch EVP und DSP mit den Grossräten Stephan Maurer (dsp) und Heinrich Ueberwasser (evp) Kandidaten für die Regierung. Die SD nominierten Patrik Cattin. Die Zersplitterung der bürgerlichen Parteien und die hohe Akzeptanz der SP-Kandidaten selbst im bürgerlichen Lager sorgten dafür, dass die links-grüne Mehrheit in der Regierung ungefährdet blieb. Alle bisherigen Regierungsräte ausser Hanspeter Gass (fdp) wurden im ersten Wahlgang bestätigt und die neuen SP-Kandidaten Wessels und Brutschin erreichten das absolute Mehr auf Anhieb. Das beste Ergebnis erzielte Eva Herzog (sp). Polizeidirektor Gass (fdp), der das absolute Mehr verfehlte, war im Wahlkampf aufgrund von umstrittenen Polizeieinsätzen in der Kritik gestanden. Er wurde, da die verbleibenden Kandidierenden nicht zu einem zweiten Wahlgang antraten, schliesslich in stiller Wahl bestätigt. Für das neu geschaffene Amt des Regierungspräsidenten stellte sich nur Guy Morin (gp) zur Verfügung. Er wurde in stiller Wahl gewählt.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in sieben Kantonen (AG, BS, SG, SH, SZ, TG, UR) kam es zu keinen wesentlichen Verschiebungen der Machtverhältnisse zwischen den Parteien. Veränderungen in der parteipolitischen Zusammensetzung der Regierung gab es in den Kantonen Aargau, St. Gallen und Schwyz. Im Kanton Aargau konnten die Grünen einen Sitz auf Kosten der CVP erringen und sind damit erstmals in der Regierung vertreten. Im Kanton St. Gallen schaffte die SVP, nach mehreren vergeblichen Versuchen in den vorhergegangenen Jahren, den Einzug in die Exekutive. Die FDP musste einen Sitz abgeben. Im Kanton Schwyz konnte die SVP ihre Sitzzahl in der Regierung von 1 auf 2 erhöhen, dies ebenfalls auf Kosten der FDP. Im Kanton Basel-Stadt konnte die Linke ihre Mehrheit in der Regierung verteidigen, zwei neue SP-Vertreter wurden nach einem Doppelrücktritt problemlos gewählt. In den Kantonen Schaffhausen und Uri traten nur die bisherigen Regierungsmitglieder zu den Wahlen an und wurden bestätigt. Im Kanton Thurgau wurde eine neue SVP-Vertreterin, Monika Knill, mit Unterstützung aller Regierungsparteien gewählt.

Die SVP konnte in St. Gallen endlich in die Regierung einziehen. Im Kanton Schwyz gelang es ihr, einen zweiten Vertreter in der Regierung zu platzieren. Im Kanton Nidwalden konnte sie in einer Ersatzwahl erstmals in der Regierung Einsitz nehmen. Die FDP verlor bei den kantonalen Regierungsratswahlen zwei Sitze, einen im Kanton St. Gallen und einen im Kanton Schwyz, beide Male zugunsten der SVP. Die CVP musste einen Sitz im Kanton Aargau und einen im Kanton Nidwalden abgeben. Die SP konnte im Kanton Aargau in die Regierung zurückkehren. Ansonsten blieb die Vertretung der SP in den kantonalen Regierungen unverändert. Ein Erfolg für die SP war die problemlose Verteidigung ihrer zwei Regierungssitze in Basel-Stadt trotz einer Doppelvakanz. Den Grünen gelang mit der Wahl von Susanne Hochuli im Kanton Aargau ein Überraschungserfolg.

In den Kantonen Aargau und Thurgau zogen Frauen in Regierungen ein, die zuvor reine Männergremien gewesen waren: Im Aargau Susanne Hochuli (gp), im Thurgau Monika Knill (svp). In beiden Kantonen war es erst das zweite Mal, dass eine Frau in der Exekutive Einsitz nahm. Im Kanton Basel-Stadt befindet sich mit Eva Herzog (sp) nur noch eine Frau in der Regierung, da die zurücktretende Barbara Schneider (sp) durch einen Mann ersetzt wurde. In den Kantonen St. Gallen und Schaffhausen konnten die Frauen ihre gute Vertretung (drei von sieben respektive zwei von fünf Regierungsmitgliedern) halten. Die Regierung des Kantons Schwyz blieb ein reines Männergremium. Insgesamt hielten die Frauen Ende 2008 31 von gesamtschweizerisch 155 Sitzen in kantonalen Regierungen (20%).

Finanzdirektor Ueli Vischer (lp) trat nicht mehr zur Wiederwahl an. Die Bürgerlichen präsentierten ein Viererticket mit ihren Regierungsräten Christoph Eymann (lp), Carlo Conti (cvp), Jörg Schild (fdp) und dem Generalsekretär der Finanz- und Kirchendirektion Basel-Land, Mike Bammatter (fdp). Auf der rot-grünen Viererliste kandidierten die Regierungsräte der SP, Ralph Lewin und Barbara Schneider, sowie die SP-Fraktionschefin im Basler Grossen Rat, Eva Herzog, und der ehemalige Grossrat Guy Morin (gp). Justizdirektor Hans Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei (dsp) trat im Alleingang an. Des weiteren kandidierten neben der SVP-Kantonalpräsidentin Angelika Zanolari ein Vertreter der SD und vier Personen auf einer Liste „gegen Armut und Ausgrenzung“.

Im ersten Wahlgang von Ende Oktober wurden fünf Regierungsmitglieder bestätigt: Erziehungsdirektor Christoph Eymann (lp) erzielte das beste Resultat, gefolgt von Polizei- und Militärdirektor Jörg Schild (fdp), Wirtschaftsdirektor Ralph Lewin (sp), Sanitätsdirektor Carlo Conti (cvp) und Baudirektorin Barbara Schneider (sp). Die übrigen Kandidaten verfehlten das absolute Mehr: Eva Herzog (sp) und Guy Morin (gp) schnitten am besten ab; Regierungsrat Hans Martin Tschudi (dsp) landete auf dem achten, Mike Bammatter (fdp) auf dem neunten und Angelika Zanolari (svp) auf dem zehnten Platz; sie erzielte weniger als die Hälfte der Stimmen von Bammatter. Für seine Partei überraschend liess Tschudi (dsp) den Termin für die Anmeldung zum zweiten Wahlgang ungenutzt verstreichen. Damit endete die Beteiligung der Demokratisch-Sozialen Partei an der Basler Regierung nach 22 Jahren; die Partei war entstanden, als sich der damalige SP-Polizeidirektor Karl Schnyder mit seiner Partei überwarf. Für den zweiten Wahlgang traten nur noch Eva Herzog (sp), Guy Morin (gp) und Mike Bammatter (fdp) an – bereits vor dem Entscheid von Angelika Zanolari (svp), nicht für den zweiten Wahlgang zu kandidieren, hatten die anderen bürgerlichen Parteien ein Zusammengehen mit der SVP ausgeschlossen. Ende November wählten Baslerinnen und Basler die beiden Kandidaten der Linken in den Regierungsrat. Damit erhielt Basel nach 1935 und 1950 wieder eine rot-grüne Mehrheit.

Bei den Gesamterneuerungswahlen für den Regierungsrat im Kanton Basel-Stadt versuchte ein bürgerliches Quartett die 1996 verlorene absolute Mehrheit zurückzuerobern. Ein halbes Jahr nach der Ersatzwahl für den zurückgetretenen Stefan Cornaz (fdp) kam es daher erneut zu einer Kampfwahl: Das Wahlbündnis aus FDP, LP und CVP trat mit einem Vierer-Ticket an. Zu den drei Bisherigen Schild (fdp), Vischer (ldp) und Conti (cvp) portierte es Nationalrat Christoph Eymann (lp). FDP-Frau Andrea Frost-Hirschi zog sich krankheitshalber von ihrer anfänglichen Kandidatur zurück. Die SVP, die bei den Nationalratswahlen vom vergangenen Herbst wählerstärkste bürgerliche Partei in Basel, nominierte VBS-Mitarbeiter Thomas Bucheli. Die SP wollte ihren Besitzstand wahren und portierte ihre drei Bisherigen, Schaller, Schneider und Lewin. Die DSP verteidigte ihren Sitz mit dem Bisherigen Tschudi. Im Wahlkarussell hatten noch vier weitere Kandidierende Platz genommen: Martina Bernasconi (Frauenliste), Urs Müller (Basta) und Jürg Stöcklin (gp) stellten sich auf einer gemeinsamen Liste der Wahl. Dazu kam noch der vor vier Jahren mit dem schlechtesten Resultat bedachte SD-Kantonalpräsident Markus Borner.

Der erste Wahlgang ergab einen grossen Erfolg für die vereinte bürgerliche Liste. Die drei Bisherigen und Christoph Eymann erreichten das absolute Mehr. Von der SP hat lediglich Wirtschafts- und Sozialminister Ralph Lewin die Hürde im ersten Anlauf genommen. Baudirektorin Schneider und die Erziehungsverantwortliche Schaller musste wie Tschudi in den zweiten Wahlgang. Durch die Wahl von Eymann stand aber fest, dass mindestens eines der im zweiten Wahlgang antretenden bisherigen Regierungsmitglieder abgewählt werden würde. Das Rennen machte bei einer Wahlbeteiligung von 52% schliesslich Tschudi.