Peu avant l’échéance de la deuxième étape des mesures unilatérales allemandes, Moritz Leuenberger a réussi à convaincre Manfred Stolpe de les reporter et d’accorder des délais. Le régime restrictif des dérogations aurait empêché l’atterrissage jusqu’à une trentaine d’avions par jour en cas de pluie et ceux-ci auraient dû être détournés vers d’autres aéroports, avec un important coût économique à supporter. Les approches avec le radiophare omnidirectionnel (VOR/DME) requièrent une visibilité d’au moins 4'500 mètres. Or, les approches par le nord ne sont autorisées pendant les périodes d’interdiction que si la visibilité est inférieure à 1'800 mètres. Ainsi, en cas de visibilité intermédiaire (moins de 4'500 mètres et plus de 1'800 mètres), les avions auraient donc dû être détournés vers d’autres aéroports (Bâle, Genève); la piste par le sud n’étant disponible que pour l’automne. La Suisse s’est engagée à garantir dès l’automne la possibilité d’atterrir par le sud. Allant de pair, elle a fixé le calendrier pour l’installation des équipements ad hoc: au 30 octobre 2003 pour le radiophare omnidirectionnel (VOR/DME), au 30 avril 2004 pour le radiophare d’alignement (LLZ/DME) et au 31 octobre 2004 pour le système d’atterrissage aux instruments (ILS). L’Allemagne a différé au 30 octobre l’application des nouvelles restrictions du régime des dérogations et l’a échelonnée selon le calendrier précité, de manière à ne pas empêcher certains atterrissages. En contrepartie du délai offert par l’Allemagne, la Suisse a accepté la suppression de zones d’attente EKRIT et SAFFA au-dessus du sol allemand. La Suisse a jusqu’en février 2005 pour trouver des aires d’attente situées au-dessus de son territoire. Deux éléments ont favorisé l’adoption de cette solution: l’acceptation par le Conseil d’Etat zurichois des approches par le sud et la présentation par la Suisse d’un calendrier précis pour l’application des procédures nécessaires à ces approches. Malgré ce nouveau calendrier, le Conseil fédéral a maintenu sa plainte devant la Commission européenne.

Les juges allemands du Tribunal administratif de Mannheim ont rejeté la plainte de Swiss et de l’aéroport de Zurich (Unique) à l’encontre des restrictions de survol du sud de l’Allemagne. Les plaignants y voyaient une entrave au développement de l’aéroport et de sa principale compagnie Swiss. Le Tribunal de Mannheim a expliqué que les restrictions étaient valables pour toutes les compagnies et que la liberté du trafic aérien n’était pas violée. Les entretiens exploratoires entre Moritz Leuenberger et son homologue allemand, Manfred Stolpe, n’ont pas permis de rapprocher les points de vue. L’hostilité zurichoise et la fermeté du Bade-Wurtemberg, qui n’était pas disposé à faire des concessions sur la réglementation des vols du week-end, ont eu raison des tentatives de renégociation de l’accord aérien entre la Suisse et l’Allemagne. Au plan national, la fronde d’opposition zurichoise (Unique, Swiss et les autorités cantonales zurichoises) a réussi à peser sur la CEATE-CE, puis sur le Conseil des Etats afin qu’il donne le coup de grâce à l’accord aérien. Avec 30 voix contre 13 (5 PS, 4 PRD, 3 PDC et 1 UDC), les élus bourgeois ont enterré le traité, le jugeant discriminatoire et préjudiciable à la Suisse. Les critiques bourgeoises ont porté sur le fait que l’accord reposait sur des mouvements d’avions et non sur des normes de bruit. Aucun aéroport allemand ne devait respecter des directives aussi strictes que celles prévues pour Kloten.