L’Allemagne n’a pas tardé à réagir en mettant en place des mesures unilatérales. La première étape – le 17 avril, l’interdiction de survol du territoire allemand a été prolongée d’une heure le matin (de 6 à 7 heures) et avancé d’une heure le soir (de 21 à 22 heures). Les altitudes minimales des vols au-dessus du territoire allemand ont été rehaussées de 600 mètres (3'600 mètres). L’ordonnance allemande a aussi plafonné les mouvements au-dessus de son territoire: la première année, la limite sera de 110'000, puis l’année suivante (2004), elle sera abaissée à 80'000. Ces chiffres pourraient toutefois être revus selon l’activité de l’aéroport. La deuxième étape – le 10 juillet – prévoyait que les dérogations admises aux interdictions de vol seraient fortement restreintes. Seules les dérogations motivées par des conditions météorologiques seraient désormais autorisées (visibilité inférieure à 1'800 mètres), celles fondées sur des raisons d’ordre technique ne le seraient plus. Par ailleurs, elles devraient être approuvées par le service allemand du contrôle aérien. Comme ces mesures prétéritaient une trentaine d’atterrissages par jour, l’aéroport de Zurich a déposé une demande de modification du règlement d’exploitation (autorisation d’approches par le sud et l’est) auprès de l’Office fédéral de l’aviation civil (OFAC). Unique a également demandé l’autorisation d’installer des instruments d’aide à l’atterrissage (ILS) pour la piste sud (piste 34). Pour éviter la fermeture de l’aéroport pendant ces deux heures, l’OFAC a rapidement pris la mesure provisionnelle d’autoriser les avions à atterrir par l’est (piste 28) de 6 à 7 heures et 21 à 22 heures. La mesure était provisionnelle car les personnes concernées pouvaient faire recours auprès de la commission de recours du DETEC. Auparavant, l’OFAC a consulté le canton de Zurich et les quatre cantons voisins (AG, SG, SH et TG). Ces derniers ont exprimé leurs critiques vis-à-vis de la requête de l’aéroport.

Alors que la Confédération décidait de ne pas se joindre à la nouvelle action juridique de Swiss et Unique devant le Tribunal de Mannheim, le Conseil fédéral a joué la carte judiciaire en portant plainte auprès de la Commission européenne contre les restrictions de vol au-dessus du sud de l’Allemagne (pourvoi en nullité). Pour le gouvernement, celles-ci restreignaient de manière disproportionnée le trafic aérien sur l’aéroport de Kloten et violaient par conséquent l’accord bilatéral, avec à la clé des dommages importants pour la place économique suisse. Après avoir pris le pouls des cantons (AG, AR, AI, BL, BS, GL, LU, NW, SG, SH, SZ, TG, ZG et ZH) et des entreprises (Unique, Skyguide et Swiss) concernés, le DETEC a accepté que les vols d’approche puissent se faire par le sud à partir de l’automne. Pour arriver à cette autorisation, le Conseil d’Etat zurichois a dû briser « un tabou » en cédant sur les approches par le sud. Les différents acteurs concédaient qu’il n’y avait pas d’autres possibilités d’exploiter l’aéroport. Il faut toutefois noter que la ville de Zurich continuait de refuser ces approches par le sud. Le délai à l’automne émanait d’une requête de la société de contrôle aérien Skyguide qui avait besoin d’une période d’adaptation. L’OFAC a interdit les atterrissages par le sud avant 6 heures, car l’étude d’impact sur l’environnement a montré que, si ceux-ci étaient autorisés, des régions trop étendues seraient exposées à des nuisances supérieures aux valeurs limites et autorisées. Ces restrictions ont également été appliquées dès l’automne aux approches sur la piste est. L’OFAC a approuvé l’autre requête d’Unique, à savoir les plans pour l’installation de l’ILS et le balisage d’approche sur la piste sud.

Peu avant l’échéance de la deuxième étape des mesures unilatérales allemandes, Moritz Leuenberger a réussi à convaincre Manfred Stolpe de les reporter et d’accorder des délais. Le régime restrictif des dérogations aurait empêché l’atterrissage jusqu’à une trentaine d’avions par jour en cas de pluie et ceux-ci auraient dû être détournés vers d’autres aéroports, avec un important coût économique à supporter. Les approches avec le radiophare omnidirectionnel (VOR/DME) requièrent une visibilité d’au moins 4'500 mètres. Or, les approches par le nord ne sont autorisées pendant les périodes d’interdiction que si la visibilité est inférieure à 1'800 mètres. Ainsi, en cas de visibilité intermédiaire (moins de 4'500 mètres et plus de 1'800 mètres), les avions auraient donc dû être détournés vers d’autres aéroports (Bâle, Genève); la piste par le sud n’étant disponible que pour l’automne. La Suisse s’est engagée à garantir dès l’automne la possibilité d’atterrir par le sud. Allant de pair, elle a fixé le calendrier pour l’installation des équipements ad hoc: au 30 octobre 2003 pour le radiophare omnidirectionnel (VOR/DME), au 30 avril 2004 pour le radiophare d’alignement (LLZ/DME) et au 31 octobre 2004 pour le système d’atterrissage aux instruments (ILS). L’Allemagne a différé au 30 octobre l’application des nouvelles restrictions du régime des dérogations et l’a échelonnée selon le calendrier précité, de manière à ne pas empêcher certains atterrissages. En contrepartie du délai offert par l’Allemagne, la Suisse a accepté la suppression de zones d’attente EKRIT et SAFFA au-dessus du sol allemand. La Suisse a jusqu’en février 2005 pour trouver des aires d’attente situées au-dessus de son territoire. Deux éléments ont favorisé l’adoption de cette solution: l’acceptation par le Conseil d’Etat zurichois des approches par le sud et la présentation par la Suisse d’un calendrier précis pour l’application des procédures nécessaires à ces approches. Malgré ce nouveau calendrier, le Conseil fédéral a maintenu sa plainte devant la Commission européenne.

Le Tribunal administratif de Mannheim a débouté pour la seconde fois Swiss et Unique. Il a rejeté les arguments des plaignants (réduction de capacité d’un tiers de l’aéroport et retards en cascade) et confirmé les nouvelles restrictions de vols. Malgré cet échec, l’aéroport de Kloten restait convaincu de la viabilité des mouvements par le nord. Il plaidait pour une approche coudée au nord en bordure de la frontière. La ville de Zurich, le parlement et le gouvernement du Canton de Zurich militaient aussi dans ce sens. Suite aux réticences des adversaires des approches par le sud, Moritz Leuenberger a exigé leur réexamen. L’Office fédéral a levé les craintes en concluant (L’OFAC a approuvé en juin les procédures d’approches sur la base d’une première analyse. L’examen de sécurité effectué par Skyguide était en cours), à l’image des autres études réalisées par l’aéroport, le DETEC et Skyguide, que celles-ci étaient sûres. Répondant à un mandat donné par Markus Mohler, le délégué à la sécurité auprès du DETEC, une entreprise anglaise spécialisée a procédé à une analyse, fin septembre, pour s’assurer que les examens de sécurité s’étaient déroulés en parfaite conformité avec les normes déterminantes de l’aviation civile internationale. L’OFAC et Skyguide ont édicté certaines mesures d’accompagnement à cet effet. Quelques jours après l’annonce de l’OFAC, la réussite de l’ultime contrôle de sécurité effectué par Skyguide a définitivement avalisé les approches par le sud. A partir du 30 octobre, les approches ont été faites par le sud le matin, entre 6 et 7 heures les jours ouvrables, et entre 6 et 9 heures les week-ends et jours fériés. Les avions ont atterri depuis l’est le soir dès 21 heures les jours ouvrables et dès 20 heures les week-ends et jours fériés. En cas de conditions météorologiques normales, cela représente 20 à 60 approches par le sud (respectivement les jours ouvrables et les week-ends) et de 6 à 28 approches par l’est.

L’Allemagne et la Suisse se sont mises d’accord sur la surveillance de l’espace aérien du sud de l’Allemagne. Skyguide continuera d’exercer son contrôle, mais avec l’aide d’experts allemands. Cet élément devait permettre d’éviter que des points de règlement ne soient interprétés de manière unilatérale. Le samedi suivant l’entrée en vigueur des approches par le sud a été marqué par des conditions météorologiques instables. Elles ont obligé l'aéroport à procéder à plusieurs changements de la stratégie d’approche, ce qui a créé une situation d'exploitation difficile. Afin d’éviter la répétition d’une telle situation, les experts allemands et suisses ont précisé la clause dérogatoire de l’ordonnance allemande. Désormais, les approches pouvaient se faire également par le nord pendant les heures d’interdiction, alors que la visibilité serait suffisante pour les approches par le sud et l’est, mais que des résidus nuageux subsistaient dans le secteur de l’approche finale (4-5 derniers kilomètres). Skyguide pouvait également recourir à la clause dérogatoire si les conditions météorologiques changent rapidement. Cela devait permettre d’éviter, surtout les week-ends, de modifier trop souvent et pour peu de temps la stratégie d’approche de l’aéroport.

La Commission européenne a rejeté la plainte du Conseil fédéral contre les restrictions de vol allemandes. D’après elle, l’ordonnance allemande ne violait pas le principe de proportionnalité, ni ne discriminait la compagnie Swiss. Les mesures allemandes étaient justifiées et leurs effets limités ne pouvaient être atteints par d’autres moyens. Il n’y avait non plus pas de discrimination directe ou indirecte à ses yeux, car les transporteurs suisses et communautaires étaient pareillement soumis aux nouvelles règles. Le fait que Swiss soit plus touché que d’autres transporteurs avec de faibles parts de marché n’était pas suffisant pour établir une discrimination indirecte. Par ailleurs, Bruxelles était d’avis que l’accord bilatéral sur le trafic aérien constituait un échange de droits de trafic entre la Suisse et l’UE, mais que la Suisse ne participait pas pour autant au marché aérien intérieur européen comme elle croyait. N’adhérant pas aux conclusions de la Commission européenne, le Conseil fédéral a décidé de faire recours contre cette décision auprès de la Cour de justice des Communautés européennes. Il ne partageait pas l’appréciation de la Commission en ce qui concernait les répercussions effectives des restrictions, ni celle des bases juridiques. Selon lui, les restrictions étaient discriminatoires pour Swiss, parce que la compagnie, principale utilisatrice de l’aéroport de Kloten et ayant son centre opérationnel à Zurich, était la plus touchée. Par rapport à ses concurrents, elle était désavantagée dans son accès à l’espace aérien européen, ce qui constitue une discrimination indirecte. Quant à l’accord bilatéral, dont la Commission européenne l’a réduit à un seul échange de droits de trafic, le Conseil fédéral le concevait comme servant à ouvrir progressivement le marché du transport aérien à la Suisse. Les autorités fédérales tenaient donc à garantir que la Suisse puisse bénéficier des droits que lui confère l’accord.

Dans la « bataille » juridique contre les restrictions allemandes de survol du sud de l’Allemagne, Unique et Swiss ont obtenu du Tribunal administratif de Leipzig l’autorisation de faire recours contre le jugement en première instance qui leur était défavorable. Comme annoncé en fin d’année 2003, le Conseil fédéral a déposé un recours auprès de la Cour européenne de justice contre les restrictions d’approche de l’aéroport de Zurich décidées par l’Allemagne. Le recours est dirigé contre la décision de la Commission européenne qui avait reconnu la légalité des mesures allemandes.

Le Tribunal administratif allemand de Leipzig a décidé de reporter son verdict sur les restrictions allemandes de survol du sud de l’Allemagne (approche de Zurich), jusqu’à ce que la Cour de justice européenne ait créé une jurisprudence dans ce domaine.