Im September legte der Bundesrat dem Parlament seine Botschaft über die Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die neue schweizerische Strafprozessordnung vor. Die wichtigste Neuerung besteht darin, dass gemäss den Vorgaben der neuen Ordnung das eidgenössische Untersuchungsrichteramt aufgehoben wird und das Vorverfahren vollständig in den Händen der Bundesanwaltschaft liegt. Politisch am brisantesten war der Vorschlag des Bundesrates über die Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft. Trotz der im Vorjahr von den Parteien in der Vernehmlassung vorgebrachten Einwände hielt er daran fest, dass der Bundesanwalt allein der Exekutive unterstellt sein soll. Diese soll nicht nur die Tätigkeit der Bundesanwaltschaft überwachen, sondern dieser auch allgemeine Weisungen über die Aufgabenerfüllung erteilen dürfen. Um die Unabhängigkeit der Strafverfolgungsbehörden zu garantieren sind hingegen konkrete Anweisungen in Einzelfällen explizit untersagt. Dieses Interventionsverbot betrifft sowohl die Einleitung, die Durchführung und den Abschluss eines Verfahrens als auch die Art und Weise der Vertretung der Anklage vor Gericht und das Ergreifen von Rechtsmitteln.

Der Ständerat behandelte in der Sommersession die im Vorjahr vom Bundesrat vorgeschlagene Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die neue schweizerische Strafprozessordnung. Er stellte sich dabei gegen die von der Regierung angestrebte Wahl und Überwachung der Bundesanwaltschaft durch den Bundesrat. Damit dieser Bundesanwalt über eine unabhängige Stellung verfügt, sollen er und seine Ersatzleute vom Parlament gewählt und von einer Fachaufsichtskommission überwacht werden. Dieses Aufsichtsgremium soll sich aus je einem Richter des Bundesgerichts und des Bundesstrafgerichts, zwei praktizierenden Anwälten und drei Fachleuten, die weder Richter noch Anwälte sind, zusammensetzen. Die Rechtskommission des Nationalrats übernahm diese Regelung. Sie scheiterte in der Wintersession im Plenum aber am Widerstand der SVP, der CVP und der BDP, welche dagegen ins Feld führten, dass durch die Parlamentswahl des Bundesanwalts diese Funktion zu sehr von der Politik abhängig werde, und dass die Rolle und Stellung des Aufsichtsgremiums unklar sei. Der Nationalrat beschloss ferner die Schaffung einer vollwertigen Rekursinstanz für Urteile des Bundesstrafgerichts. Zuständig für diese nicht bloss formale, sondern auch materielle Überprüfung soll das Bundesgericht sein.

Bei der Organisation der Strafbehörden des Bundes beharrte der Ständerat auf seinem Vorschlag betreffend Aufsicht der Bundesanwaltschaft: der Bundesanwalt sei vom Parlament zu wählen. Ein ebenfalls vom Parlament zu wählendes Gremium, bestehend aus je einem Richter des Bundesgerichts und des Bundesstrafgerichts, zwei praktizierenden Anwälten und drei Fachpersonen, die weder Richter noch Anwälte sind, soll die Bundesanwaltschaft beaufsichtigen. Nachdem sich ein Minderheitsantrag im Nationalrat 2009 noch erfolgreich gegen diesen Vorschlag durchgesetzt hatte und die Aufsicht beim Bundesrat belassen wollte, übernahm die grosse Kammer den ständerätlichen Vorschlag in der zweiten Lesung knapp mit 88 zu 81 Stimmen. Auch die zweite Differenz wurde im Sinn des Ständerats ausgeräumt. Eine Minderheit im Nationalrat monierte, dass die Existenz nur einer Rechtsmittelinstanz nicht genüge. Die Mehrheit der grossen Kammer stellte sich jedoch hinter die Meinung des Ständerats, dass ein Beschwerderecht genüge und ein Berufungsrecht nicht nötig sei. Der Auftrag zur Präzisierung dieses Beschwerderechtes wurde dem Bundesrat noch im Berichtsjahr von einer Motion Janiak (sp, BL) (10.3138) erteilt. Der entsprechende Beschluss fiel im Ständerat einstimmig. Im Nationalrat stimmte ihm nur die SVP-Fraktion nicht zu.

Im Rahmen des Strafbehördenorganisationsgesetzes befand das Parlament zudem über zwei Verordnungen, die das Arbeitsverhältnis und die Besoldung des Bundesanwalts und der Stellvertreter (10.441) sowie die Einzelheiten der Organisation und Aufgaben der Aufsichtsbehörde (10.442) regeln sollten. Der Vorschlag der zuständigen Kommission für Rechtsfragen des Ständerats wurde praktisch diskussionslos von beiden Kammern übernommen. Für die Bundesanwaltschaft seien hinsichtlich Arbeitsverhältnis und Besoldung die gleichen Regelungen anzuwenden wie für Bundesrichter.

Die Rechtskommission des Ständerates (RK-SR) stimmte im Berichtsjahr einer parlamentarischen Initiative ihrer Schwesterkommission zu, mit der auf Begehren des Bundesstrafgerichtes das Strafbehördenorganisationsgesetz geändert werden soll. Neu soll das Bundesstrafgericht Vizepräsidien einrichten und über wichtige Fälle mit drei Richterinnen und Richtern urteilen können. Der geplante Revisionsentwurf lag im Berichtjahr noch nicht vor.

Nachdem der Bundesrat Mitte 2016 seine Zusatzbotschaft zur Revision des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vorgelegt hatte, mit der unter anderem auch Vizepräsidien für alle Kammern des Bundesstrafgerichtes eingerichtet werden sollen, wurde die parlamentarische Initiative Anfang Februar 2017 zurückgezogen. Die RK-NR pochte allerdings in ihrer Medienmitteilung darauf, dass das Anliegen auch wirklich aufgenommen wird.

Erst 2010 hatte das Parlament im Rahmen der Revision des Strafbehördenorganisationsgesetzes beschlossen, dass die Bundesanwaltschaft ein Justizorgan darstelle, das von der Exekutive unabhängig sein müsse. Deshalb bestimmt seither die Legislative nicht nur den Bundesanwalt, sondern auch das Aufsichtsgremium der Bundesanwaltschaft (AB-BA). Dies sei ein Fehlschlag gewesen, argumentierte Alfred Heer (svp, ZH) bei der Erläuterung seiner parlamentarischen Initiative, die verlangte, dass die Bundesanwaltschaft wieder dem EJPD unterstellt und der Verwaltung angegliedert werde. Strafverfolgung sei keine judikative, sondern eine exekutive Aufgabe. Als unabhängiger Akteur könne die Bundesanwaltschaft nicht über die Bundespolizei verfügen und werde durch die AB-BA auch nur unzureichend kontrolliert.
In ihrer Medienmitteilung machte die RK-NR deutlich, dass sie diese Auffassung nicht teile. Die Bundesanwaltschaft müsse von der Regierung getrennt bleiben. Ihre Unabhängigkeit müsse im Gegenteil noch gestärkt werden, weshalb die Kommission einer parlamentarischen Initiative Sommaruga (sp, GE; Pa.Iv. 16.487) Folge gab, die den Ausbau der Leitung der Bundesanwaltschaft von einer auf drei Personen forderte.

Zu Beginn der Sommersession hatte der Nationalrat über die parlamentarische Initiative Heer (svp, ZH) zu befinden, mit welcher die Bundesanwaltschaft wieder in die Bundesverwaltung integriert werden sollte. Die Mehrheit der RK-NR hatte empfohlen, der Initiative keine Folge zu geben.
Die Bundesanwaltschaft geniesse seit 2011 die gleiche organisatorische Unabhängigkeit wie die Gerichte, führte Karl Vogler (csp, OW) für die Kommission während der Debatte aus. Dies müsse so bleiben, damit sichergestellt sei, dass kein politischer Akteur Einfluss nehmen könne. Genau dieser Gefahr wäre die Bundesanwaltschaft allerdings ausgesetzt, wenn sie wieder – wie bereits vor 2011 – im EJPD angesiedelt würde. Alleine der Vermutung, dass sich das Departement etwa bei heiklen Untersuchungen gegen die Verwaltung oder die Regierung einmischen könnte, müsse entgegengetreten werden. Die Unabhängigkeit sei ein Gebot der Rechtsstaatlichkeit.
Dies sahen eine Minderheit der Kommission und der Initiant selber anders. Alfred Heer sprach von einer «Scheinverselbstständigung» und einer «Scheinunabhängigkeit». Die Bundesanwaltschaft – als ein Akteur, der irgendwo zwischen den drei Gewalten angesiedelt werden könne, so die Ausführung des Minderheitensprechers Pirmin Schwander (svp, SZ) – sei in vielen Fällen abhängig von anderen Akteuren oder habe keine Verfügungsmacht, wie er am Beispiel der Bundespolizei aufzeigte. Das Argument von Vogler, dass eine hundertprozentige Unabhängigkeit auch nicht möglich sei, es aber hier eigentlich nicht um die kritisierten Mittel für eine Untersuchung gehe, sondern vor allem primär gewährleistet bleiben müsse, dass die Bundesanwaltschaft unabhängig entscheiden könne, wann ein Verfahren eröffnet werde, schien im Rat zu verfangen. Der Initiative wurde nämlich mit 66 zu 122 Stimmen keine Folge gegeben. Die 66 Stimmen stammten ausnahmslos von den Fraktionskolleginnen und -kollegen des Initianten.

Nachdem die RK-NR der parlamentarischen Initiative Sommaruga (sp, GE) zum Ausbau der Leitung der Bundesanwaltschaft noch mit 15 zu 8 Stimmen Folge gegeben hatte, lehnte ihre Schwesterkommission diese Idee einstimmig (mit 12 zu 0 Stimmen bei einer Enthaltung) ab. Eine solche Änderung sei nicht gerechtfertigt, gab die RK-SR zu Protokoll. Der Genfer SP-Nationalrat wollte mit seinem Vorstoss die Bundesanwaltschaft stärken. Die heutige Situation mit nur einer Person an deren Spitze sei deshalb problematisch, weil die Kritik an dieser Person – unabhängig ob sie sachlich berechtigt sei oder nicht – jeweils die Bundesanwaltschaft als Ganzes treffe. Wenn hingegen ein Kollegium leitend wäre – Sommaruga schlug ein Dreiergremium mit alternierendem Vorsitz vor – so würde bei kritischem Gegenwind nicht gleich das ganze Gremium in Frage gestellt werden. Das sei ähnlich wie beim Bundesrat: Auch dort würde nicht gleich die gesamte Regierung hinterfragt, wenn ein Mitglied aufgrund eines Dossiers oder einer Aussage in die Kritik gerate. Nach der Absage der RK-SR wird das Geschäft nun ins Parlament kommen.

Nach dem deutlichen Nein ihrer Schwesterkommission beschloss die RK-NR auf ihren Beschluss, der parlamentarischen Initiative von Carlo Sommaruga (sp, GE) Folge zu geben, zurückzukommen. Der Genfer SP-Vertreter hatte bereits nach dem Verdikt der ständerätlichen Kommission angekündigt, auf seine Idee für einen Ausbau der Leitung der Bundesanwaltschaft zu verzichten, was er in der Folge durch das Zurückziehen seiner Initiative in die Tat umsetzte.