Im August kündigte Ruedi Baumann seinen Rücktritt als Parteipräsident auf Ende Oktober an, weil er in Frankreich einen Bio-Landwirtschaftsbetrieb übernahm. Sein Nationalratsmandat wollte er jedoch behalten. Im Vordergrund für seine Nachfolge stand ein Mitglied der Fraktion. Weil die GP eine Ämterkumulation von Fraktionsvorsitz und Parteipräsidium ablehnte, kam eine Kandidatur von Cécile Bühlmann (LU) nicht in Frage. Als Favoriten galten die Mitglieder des Nationalrats Ruth Genner (ZH) und Patrice Mugny (GE). Kurzfristig war nicht klar, ob auch der Berner Grossrat und ehemalige Parteisekretär Bernhard Pulver sich bewerben und die Partei zu einem Richtungsentscheid zwingen würde, da er als liberaler gilt als die beiden Favoriten. An der Delegiertenversammlung vom Oktober wählten die Grünen auf Antrag der Parteileitung ein Kopräsidium mit Patrice Mugny und Ruth Genner; damit wurden sie der Tatsache gerecht, dass die Partei in letzter Zeit in der Romandie hatte Erfolge verbuchen können. Mugny, früherer Chefredaktor beim linkskatholischen Le Courrier, ist politischer Sekretär der Genfer Grünen und Westschweizer Koordinator der Alpen-Initiative. Er hat den Ruf, Themen rasch zu erkennen und zu analysieren und Provokation auch gezielt einzusetzen. In jüngster Zeit setzte er sich vor allem für die Antiglobalisierung und die „Sans-papiers“ ein. Genner, als Lebensmittel-Ingenieurin tätig, war zehn Jahre Zürcher Kantonsrätin und präsidierte die VCS-Sektion. Sie gilt als stille Schafferin mit viel Sachkompetenz.

Nach seiner Wahl in die Genfer Stadtregierung gab der Co-Präsident der Grünen, Patrice Mugny (GE), bekannt, er werde sein Nationalratsmandat nach der Sondersession abgeben und Ende Jahr das Co-Präsidium der Partei. Im November liess Co-Präsidentin Ruth Genner (ZH) durchblicken, sie würde das Präsidium gerne im Vollamt übernehmen. Als Vizepräsidenten wünsche sie sich einen welschen Fraktionskollegen. Die Delegiertenversammlung der Grünen entscheidet im Januar 2004 über die Neuerungen an der Parteispitze.

Nach den für die Grünen sehr erfolgreich verlaufenen Wahlen (7 Sitzgewinne im Nationalrat und 2,2 Prozentpunkte mehr Wähleranteil als 2003) trat Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) aufgrund der Amtszeitbeschränkung zurück. Genner war seit 2001 in der Parteileitung gewesen, zunächst als Co-Präsidentin, dann als alleinige Präsidentin. Der Vizepräsident der Grünen, Ueli Leuenberger (GE), zeigte Interesse an Genners Nachfolge. Als weitere mögliche Kandidatinnen galten Franziska Teuscher (BE) und Maya Graf (BL). Genner sprach sich für ein Co-Präsidium mit einem Mann und einer Frau aus, während Leuenberger ein System mit Präsidium und Vizepräsidium favorisierte.

Nach Ruth Genners Rücktritt als Parteipräsidentin stand zu Beginn des Jahres die Regelung der Nachfolge für das Präsidium an. Ueli Leuenberger (NR GE), Vizepräsident der Grünen, meldete sein Interesse an. Er wollte sich allerdings nur als alleiniger Präsident und nicht für ein Ko-Präsidium zur Verfügung stellen. Konkurrenz erwuchs ihm durch Franziska Teuscher (NR BE), die umgekehrt nur für ein Ko-Präsidium kandidierte. Die abtretende Genner hatte sich explizit ein Ko-Präsidium mit einer Frau und einem Mann gewünscht. In der Grünen Partei, welche die Frauenvertretung in der Parteileitung stets als wichtiges Anliegen gesehen hatte, wurde heiss diskutiert, ob ein Mann als alleiniger Präsident denkbar sei. Leuenberger konnte sich letztlich durchsetzen, die Findungskommission empfahl ihn als neuen Präsidenten und der Vorstand der Grünen schloss sich dieser Meinung an. Teuscher zog ihre Kandidatur zurück und stellte sich als Vizepräsidentin zur Verfügung.

An der Delegiertenversammlung Ende April in Yverdon (VD) wurde Ueli Leuenberger einstimmig zum neuen Parteipräsidenten gewählt. Der aus dem Kanton Bern stammende, aber seit fast 40 Jahren in Genf lebende Leuenberger wurde vor allem durch seinen Einsatz im Bereich Migrationspolitik bekannt. Als seine Ziele nannte Leuenberger eine zentralisiertere Organisation und eine bessere Koordination mit den Kantonalparteien sowie eine Erhöhung der Initiativ- und Referendumsfähigkeit der Partei. Zudem sollen die Fachleute für verschiedene Themen innerhalb der Partei besser vernetzt werden. Die Partei solle mittelfristig 15% Wähleranteil erreichen und in der Landesregierung Einsitz nehmen. Franziska Teuscher und Aline Trede (als Vertreterin der Jungen Grünen) wurden zu Vizepräsidentinnen der Partei gewählt. Die abtretende Präsidentin Ruth Genner zog eine positive Bilanz ihrer sechsjährigen Amtszeit. Hauptthema der Delegiertenversammlung war das weltweite Hungerproblem. Genner kritisierte in diesem Zusammenhang den Anbau von Pflanzen zur Produktion von Treibstoff. Die Grünen verabschiedeten zudem drei Resolutionen: Erstens forderten sie den Verzicht auf den Bau neuer Atomkraftwerke und eine Abschaltung der bestehenden Werke. Zweitens verlangten sie, die Finanzierung für die Bahn-2000-Projekte der zweiten Etappe müsse bereitgestellt werden. Drittens forderten die Grünen, der Bundesrat solle das repressive Vorgehen Chinas gegen die Tibeter verurteilen. Die Delegierten lehnten weiter die drei Abstimmungsvorlagen Gesundheitsartikel, Einbürgerungsinitiative und Initiative „gegen Behördenpropaganda“ ab. Zudem wurde die „Grüne Bewegung Uri“ nach 14 Jahren im Beobachterstatus als Vollmitglied der GPS aufgenommen.

Nach den Erfolgen der Grünliberalen wurden innerhalb der GP Stimmen laut, die eine Abkehr vom linken Stil forderten. Man müsse wegkommen von dogmatischer Politik und sich in Richtung Mitte bewegen. Kritik wurde auch an Präsident Ueli Leuenberger geübt. Obschon Umweltthemen im Trend seien, würde die Partei nicht genügend davon profitieren. So habe etwa die GP noch keine griffige Initiative mit einem ökologischen Thema in Vorbereitung, während die GLP ihr geplantes Begehren zur Energiesteuer bereits öffentlich gemacht habe und die SP das Thema mit ihrer bereits lancierten Cleantech-Initiative besetze. Trotz Kritik wurde Leuenberger an der Delegiertenversammlung Anfang Mai in Freiburg einstimmig bestätigt. Zudem wurde ein Aktionsprogramm zur Energiepolitik verabschiedet, in welchem bekannte Anliegen wie die Förderung alternativer Energien und von Energieeffizienz, die Beschränkung der AKW-Laufzeiten und das Verbot von Endlagern (falls nicht gleichzeitig alle AKWs abgeschaltet werden) festgehalten wurden. Man sei sich jedoch bewusst, so Vizepräsidentin Franziska Teuscher, dass die Menschen heute wahrscheinlich nicht mehr so kritisch gegen Atomstrom eingestellt seien wie noch vor 20 Jahren. Sie forderte eine neue Atomdebatte, welche die Grünen anführen müssten.

Die Niederlage bei den nationalen Wahlen führte zu parteiinternen Diskussionen über eine mögliche Neuausrichtung der Partei. Man könne sich freuen, dass langjährige grüne Forderungen mehrheitsfähig geworden seien, was ja eigentlich das Ziel der GP sei, die nicht einfach zum Selbstzweck bestehe. Die Meinungen über das künftige Parteiprogramm, die anvisierten Wählersegmente und die personelle Zusammensetzung einer zukunftsfähigen Parteiführung gingen auseinander. Auf der einen Seite wurde davor gewarnt, von den bewährten Positionen abzurücken. Vielmehr müssten neue Wählersegmente, insbesondere junge Frauen, angesprochen werden. Auf der anderen Seite wurde eine Neuausrichtung Richtung Mitte, eine Profilierung in Nicht-Umweltschutzthemen und sogar eine Annäherung an die GLP verlangt. Gefordert wurde auch eine neue Generation an der Spitze der Partei. Der per April 2012 zurücktretende Präsident Leuenberger solle durch eine junge Frau aus der Deutschschweiz ersetzt werden.

Am 21. April besetzten die Grünen in Carouge ihr Präsidium neu. Ueli Leuenberger (GE) – seit 2008 im Amt – hatte bereits früher seinen Rücktritt angekündigt. Nach den nationalen Wahlen 2011, die für die GP mit fünf Sitzverlusten zu einem eigentlichen Debakel geworden waren, wurde eine Neuausrichtung gefordert, die auch dank einer Verjüngung des Präsidiums und mit einer Frau an der Spitze erfolgen und zu alter Stärke zurückführen sollte. Verschiedene Szenarien wurden in Erwägung gezogen: ein Einerpräsidium mit einem mehrköpfigen Vizepräsidium oder ein Co-Präsidium aus einer Frau und einem Mann bzw. mit je einer Person aus der französisch- und deutschsprachigen Schweiz. Mit einer Statutenänderung wurde zudem die Möglichkeit geschaffen, mehr als zwei Vizepräsidien zu schaffen. Ende Januar hatten nicht weniger als 10 Personen ihre Ambitionen angemeldet: Als mögliche Nachfolgerinnen Leuenbergers wurden früh die Nationalrätinnen Adèle Thorens (VD) und Regula Rytz (BE) gehandelt. Vizepräsidentin Franziska Teuscher (BE), welche mit einem Sitz in der Berner Stadtregierung liebäugelte, sagte hingegen früh ab. Ihr Interesse an einer Mitarbeit im Präsidium kündigten hingegen die Nationalräte Bastien Girod (ZH) und Geri Müller (AG) an. Auch die frühere Baselbieter Landrätin Esther Maag reichte ihre Bewerbung für das Präsidium ein. Ausschliesslich für ein Vizepräsidium kandidierten Markus Kunz (ZH), ehemaliger Kantonalpräsident der Grünen des Kantons Zürich, Ständerat Robert Cramer (GE), der ehemalige Nationalrat Jo Lang (ZG) sowie Claudio Zanini (TI). Auch Aline Trede (BE) anerbot sich, im Präsidium mitzuhelfen, allerdings nur, wenn sie in den Nationalrat nachrutsche, also bei einer allfälligen Wahl Franziska Teuschers in die Berner Stadtregierung. Der scheidende Präsident Leuenberger warnte an der Delegiertenversammlung im Januar in Kriens vor einer Annäherung an die Mitte und einem Co-Präsidium. Die in den Medien dem rechten grünen Flügel zugeordneten Girod und Thorens würden den Richtungsstreit innerhalb der Partei nicht beenden und ein Co-Präsidium – Leuenberger hatte sich bei seiner Wahl dezidiert gegen ein solches zusammen mit Franziska Teuscher ausgesprochen – würde verhindern, dass die Partei mit einer Stimme spreche. Die Ende April in Carouge anwesenden Delegierten waren jedoch anderer Meinung und wählten mit Adèle Thorens und Regula Rytz zwei Frauen in ein Co-Präsidium. Bereits im ersten Wahlgang setzten sich die beiden mit 183 (Thorens) bzw. 127 Stimmen (Rytz) durch. Der drittplatzierte Girod erhielt 68 Stimmen. Mit Thorens und Rytz seien sowohl der junge, pragmatische wie auch der linke, etatistische Flügel der Partei abgedeckt, so die Einschätzung der Presse. Das Vizepräsidium wurde – um die Sprachregionen und die Geschlechter adäquat zu vertreten – neu mit Bastien Girod (ZH), Jo Lang (ZG), Robert Cramer (GE) und der Jungen Grünen Irène Kälin (AG) besetzt. Die Delegierten hatten zuvor entschieden, dass die Jungpartei ebenfalls im Vizepräsidium vertreten sein soll und wählten Kälin in stiller Wahl.