La validité de l'arrêté fédéral de 1978 concernant la loi sur l'énergie atomique (AF/LEA) était fixée jusqu'à l'entrée en vigueur d'une nouvelle loi sur l'énergie atomique, limitée au plus tard en fin de l'année 2000. Elle aurait dû être mise en vigueur avant cette échéance, mais diverses circonstances (initiatives populaires, Tchernobyl) ont causé des retards répétés dans son élaboration. Devant cette échéance et celle de l'expiration en septembre du moratoire nucléaire inscrit dans la Constitution fédérale, le Conseil fédéral a approuvé l'avant-projet de loi sur l'énergie nucléaire (LENu) et a ouvert sa consultation au printemps. Il entendait soumettre son message, une fois approuvé, au parlement au printemps 2001, en même temps que celui sur les deux initiatives populaires "Sortir du nucléaire" et "Moratoire plus", déposées en 1999. L'avant-projet de loi sur l'énergie nucléaire a laissé ouvert la question de la durée d'exploitation des centrales nucléaires existantes (période à durée limitée ou illimitée). Le Conseil fédéral proposait aussi l'interdiction de retraitement des assemblages combustibles usés et du transport par voie aérienne de matières nucléaires contenant du plutonium. Il voulait de plus soumettre l'autorisation de nouvelles installations nucléaires au référendum facultatif.

Comme le débat parlementaire sur la LENu et celui sur les initiatives risquaient de prendre du temps, le Conseil fédéral a demandé au parlement de reprendre et prolonger une nouvelle fois de 10 ans sans changement de contenu la validité de l'AF/LEA, soit jusqu'à la fin 2010. Cette proposition a été acceptée par le parlement. La question d'une limitation de la durée d'exploitation des centrales a été la plus controversée. Les partis bourgeois (PRD, PDC, UDC, PL), 16 cantons, ainsi que les pro atomiques et le lobby de l'électricité s'y sont opposés. Le PS, les Verts et les associations écologiques se sont exprimés en faveur d'une durée d'exploitation limitée avec des délais allant de 30 à 60 ans. D'autres milieux ont préconisé une limitation avec prolongation possible de l'autorisation d'exploiter et référendum facultatif, une proposition de compromis lancée dans le débat par le chef du DETEC. La proposition d'interdire le retraitement a été rejetée par les partisans de l'atome et les partis bourgeois. La solution de couvrir les coûts de la désaffectation et de la gestion des déchets par des versements complémentaires obligatoires (sorte de responsabilité solidaire des sociétés exploitantes pour assumer les coûts) a été acceptée majoritairement. Au sujet du modèle d'évacuation des déchets (modèle du dépôt géologique en profondeur et pendant une longue durée récupérable), il a été approuvé majoritairement. Ce modèle avait été proposé par un groupe d'experts. Concernant la proposition d'autorisation générale d'exploitation du nucléaire assortie de la possibilité d'un référendum facultatif, elle a été approuvée majoritairement.

Tirant les conclusions de la consultation de la LENu, le Conseil fédéral a pris la décision de principe que l'exploitation des centrales nucléaires suisses ne devait pas être limitée dans le temps. Les cinq centrales pourront donc continuer de fonctionner aussi longtemps que leur sécurité sera assurée selon les critères de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN). Dans sa réflexion, le gouvernement a considéré que la limitation à une durée inférieure à ce que la technique actuelle paraît autoriser entraînerait d'importantes pertes pour l'économie générale. De plus, selon lui, la décision de ne pas fixer de date contribuait à réduire la gravité du problème du CO2, donnant à la Suisse plus de chances de réaliser les mesures fixées dans le protocole de Kyoto et plus de temps pour développer les énergies de substitution. Par ailleurs, il a considéré que le refus populaires des taxes énergétiques du 24 septembre signifiait une acceptation de facto de la poursuite du nucléaire par le peuple. Les contours de la future loi atomique ont octroyé quelques concessions aux écologistes; ainsi la construction de toute nouvelle centrale atomique sera soumise au référendum facultatif. Il y aura aussi un ancrage dans la loi d'un fonds financé par les milieux atomiques pour couvrir les coûts de la gestion des déchets radioactifs. Quant aux déchets en eux-mêmes, la possibilité d'un enfouissement réversible sera introduite et le retraitement du plutonium sera interdit, néanmoins les contrats conclus avec La Hague et Sellafield seront honorés. Le message pour la loi a été prévu pour le début de l'an 2001.

Le Conseil fédéral a adopté le message à l’attention du parlement concernant la loi sur l’énergie nucléaire (LENu) et les initiatives antiatomiques. Il avait pris l’année précédente des décisions préalables à ce sujet. Le projet de loi contient des propositions relatives aux questions liées à l’énergie nucléaire. Le Conseil fédéral maintient l’option nucléaire. La poursuite de l’exploitation des centrales existantes et la construction de nouvelles centrales demeuraient admises en principe. Le projet ne contient pas de limitation de la durée des autorisations d’exploiter. Quant à la décision relative à de nouvelles installations nucléaires, elle serait soumise au référendum facultatif. Le retraitement d’éléments combustibles usés, ainsi que les exportations qui y sont liées, ne seront plus autorisés. Les contrats en cours pourront cependant être honorés dans le cadre défini juridiquement. Par ailleurs, le Conseil fédéral pourra prévoir des exceptions à des fins de recherche. Les centrales devront donc renoncer à récupérer les éléments encore fissibles restés dans les barres d’uranium après utilisation. Jusqu’ici, ils devaient être débarrassés de leur gangue à l’étranger et renvoyés en Suisse sous une forme purifiée. Dans son message, le Conseil fédéral reconnaît que le retraitement est problématique sous plusieurs aspects : sécurité, protection contre les radiations, risques lors du transport et même du point de vue de la rentabilité. Le transport par voie aérienne de matières nucléaires contenant du plutonium sera également interdit. Le concept de gestion des déchets radioactifs repose sur les recommandations du groupe d’experts pour les modèles de gestion des déchets radioactifs (EKRA). Pour le financement des coûts de désaffectation et de gestion des déchets, le projet se conforme à l’ordonnance sur le fonds de désaffectation et à l’ordonnance sur le fonds de gestion des déchets provenant des centrales nucléaires. En outre, des versements complémentaires obligatoires, sur le modèle de la responsabilité solidaire, seront imposés aux autres sociétés exploitantes, comme c’est déjà le cas pour le fonds de désaffectation. Le projet de loi précise que leur montant se limitera à ce qui est supportable économiquement ; au besoin, l’Assemblée fédérale se prononcera sur une participation de la Confédération aux coûts non couverts. Le Conseil fédéral a présenté son projet comme contre-projet indirect aux initiatives "Moratoire plus" et "Sortir du nucléaire" et proposait au parlement de recommander au peuple et aux cantons leur rejet. Selon lui, l’acceptation de l’initiative "Moratoire plus" entraverait le maintien de l’option nucléaire et celle de l’initiative "Sortir du nucléaire" influerait négativement sur le développement économique de la Suisse. En plus celles-ci compromettraient la réalisation des objectifs pour la réduction des CO2 et l’interdiction absolue d’importer le courant d’origine nucléaire ou produit à base d’énergie fossile, laquelle figure dans l’initiative "Sortir du nucléaire", serait inacceptable pour des raisons commerciales. Le Conseil fédéral estimait néanmoins que le projet de LENu avait rejoint plusieurs souhaits exprimés dans les deux initiatives.

En décembre, le Conseil des Etats s’est emparé de la LENu. Tiraillé entre l’interdiction pure et simple de la réutilisation des combustibles usés et l’autorisation de les retraiter ou de les exporter en vue de recyclage comme l’avait avancé sa Commission, il a opté pour une solution médiane : sur proposition de Inderkum (pdc, UR), il a décrété un moratoire de dix ans qui courra dès le 1er juillet 2006, date à laquelle les contrats passés entre les centrales suisses et les usines de retraitement de La Hague (F) et Sellafield (GB) arriveront à échéance. Moritz Leuenberger et une minorité de centre gauche ont plaidé en vain pour une interdiction totale du retraitement. Les sénateurs ont ainsi assoupli les prescriptions concernant le stockage de ces déchets, en précisant que le recours à des solutions à l’étranger devait demeurer possible. Ils ont aussi argumenté sur le fait que rien ne garantissait qu’il y aurait suffisamment d’uranium dans le futur. La majorité a néanmoins exigé des exploitants de centrales qu’ils apportent la preuve qu’une solution à l’évacuation de leur déchet soit trouvée dans les dix ans, voir quinze ans au plus. Au terme des dix ans, le moratoire pourra être prolongé de dix années supplémentaires par le parlement. Les Etats ont choisi cette solution par 22 voix contre 15. Sur la question du domaine d’attribution d’autorisation de nouvelles centrales, ils n’ont pas fait confiance au gouvernement et ont suivi les recommandations de leur Commission. Par 43 voix sans opposition, mais contre l’avis de Moritz Leuenberger, ils ont décidé que le parlement devra se prononcer non seulement sur les demandes acceptées, mais aussi les projets refusés par l’exécutif. Paradoxalement, la gauche a soutenu cette option, qui pourtant profite au lobby nucléaire. Elle a motivé cette décision par un souci de contre-poids envers le gouvernement. Les Chambres pourraient ainsi forcer le Conseil fédéral à accepter un projet dont il ne veut pas. Toutefois comme il a été prévu dans le projet de loi, le dernier mot revient au peuple puisque la construction de toute nouvelle centrale sera soumise au vote facultatif. En revanche, le Conseil des Etats a refusé un droit de veto aux cantons concernés par une éventuelle implantation nucléaire, à l’exception de celui de Nidwald, qui conserve son droit de regard sur l’aménagement du site d’entreposage du Wellenberg. Par 25 voix contre 8, les sénateurs n’ont pas voulu que l’autorisation de construire une centrale dépende de l’existence d’un dépôt pour les déchets fortement radioactifs. Au cours de ces délibérations, la droite a tenté de restreindre les obligations des exploitants concernant le financement de la désaffectation des centrales et de la gestion des déchets. Par 21 voix contre 16, cette proposition a été repoussée ; le Conseil des Etats a décidé qu’en cas de mise hors service d’une centrale, les autres exploitants devraient contribuer à prendre en charge les coûts si ceux-ci ne sont pas assurés. Le vote d’ensemble a approuvé la LENu par 27 voix contre 4. Les deux initiatives anti-nucléaires ont été balayées par la Chambre des cantons par 24 voix contre 4.

Le Conseil national s’est emparé de la loi sur l’énergie nucléaire (LENu) au cours des sessions d’été et d’automne. Il a suivi les propositions de sa Commission de l’énergie. En entrée, le Conseil national a rejeté les demandes de renvoi de la minorité rose-verte antinucléaire par 107 à 60. A l’image du Conseil des Etats, il a refusé de limiter la durée de vie des centrales nucléaires existantes à 40 ans ou de faire dépendre la prolongation de ce délai à l’existence d’un dépôt radioactif. Par contre à 74 contre 68, il a désavoué les Etats en renonçant à retirer le droit de veto cantonal pour la construction de "dépôts géologiques contrôlés". Il n’a pas voulu introduire un droit de référendum facultatif au niveau fédéral. Le National a également décidé que les cantons donneront leur approbation à tout sondage précédant l’installation d’un dépôt en profondeur, ainsi que pour l’utilisation du sous-sol et des droits de l’eau. Les citoyens concernés devraient pouvoir s’exprimer avant la mise en exploitation d’un tel dépôt ainsi que lors de sa fermeture définitive. Une partie de la droite s’y est opposée en arguant que la Confédération est seule compétente en matière nucléaire et que chaque scrutin à l’image du refus nidwaldien d’autoriser un sondage au Wellenberg est voué à l’échec. Le Conseil national a repoussé tout droit de veto des cantons sur l’autorisation de construction des centrales et sur l’autorisation générale d’exploitation. En revanche, si la Confédération devait accepter un nouveau réacteur, cette décision serait soumise au référendum facultatif. Par 77 voix contre 76 et deux abstentions, le National a refusé d’interdire l’exportation des déchets nucléaires suisses vers les usines de retraitement de La Hague (F) et Sellafield (GB). Il a également renoncé à exclure l’exportation définitive des résidus radioactifs. Dans la foulée, pour des questions de réciprocité, l’importation de déchets radioactifs étrangers en Suisse a été autorisée. A une courte majorité de 76 voix contre 75, les conseillers nationaux ont en outre rejeté le moratoire de dix ans proposé par les Etats sur le retraitement des déchets en France et en Angleterre. Comme le Conseil des Etats, le National n’a pas fait confiance au gouvernement dans le domaine de l’attribution pour les nouvelles centrales. Par 90 voix contre 70, il a décidé que le parlement devrait se prononcer non seulement sur les demandes acceptées, mais aussi les projets refusés par l’exécutif. Les Chambres pourraient ainsi forcer le Conseil fédéral à accepter un projet dont il ne veut pas. Moritz Leuenberger et la droite n’ont pas réussi à contester une disposition demandant la création d’une société nationale pour l’exploitation du réseau électrique destinée à assurer la sécurité de l’approvisionnement dans tout le pays. Il s’agit d’une mesure récupérée de la défunte loi sur le marché de l’électricité, destinée à garantir l’approvisionnement du pays. A nouveau, contre l’avis du Conseil fédéral et d’une partie de la droite, le Conseil national a approuvé par 77 voix contre 74 une proposition de sa Commission sur l’énergie qui prévoit une taxe sur l’atome de 3 centimes par kWh pour favoriser les énergies renouvelables. Les énergies hydraulique, éolienne ou solaire devraient ainsi être rendues meilleur marché grâce à ces recettes nouvelles. La taxe pourrait rapporter entre 60 et 70 millions de francs par an. Au vote sur l’ensemble, la LENu l’a emporté par 56 voix (18 pdc et 21 socialistes) contre 47 (19 socialistes) et 48 (radicaux et démocrates du centre) abstentions. (18 démocrates-chrétiens et 21 socialistes ont voté en faveur de la loi; 9 écologistes, 9 démocrates du centre et 19 socialistes ont voté contre; 13 radicaux et 21 démocrates du centre se sont abstenus.) Elle doit servir de contre projet aux initiatives "Sortir du nucléaire" et "Moratoire plus".

Contrairement au National, le Conseil des Etats a refusé d’accorder en deuxième lecture, par 27 voix contre 11, un droit de veto aux cantons sur la réalisation de dépôts de déchets radioactifs. Selon la majorité, ce droit empêcherait toute démarche visant à trouver un lieu d’entreposage définitif. Les Etats ont néanmoins adouci cette décision en acceptant, par 32 voix contre 1, un compromis de Pfisterer (prd, AG). Celui-ci prévoit que la Confédération procède à l’audition des représentants des cantons et les associe à la préparation d’une autorisation. Le Conseil des Etats a fait une autre concession en matière de droits populaires en acceptant tacitement d’introduire un référendum facultatif sur la réalisation de dépôts de déchets radioactifs. Il a par contre rejeté, par 23 voix contre 17, la taxe sur l’énergie atomique de 3 centimes par kWh en se basant sur l’échec des taxes sur l’énergie en votation populaire. Le dossier est retourné à au National.

Face à l'inflexibilité du Conseil des Etats, le Conseil national a abandonné par 108 voix contre 68 le droit de veto aux cantons-sites de dépôts de déchets nucléaires. Il a toutefois rendu obligatoire la consultation de toutes les collectivités des régions concernées, ainsi que des Etats voisins. La nouvelle loi sur l'énergie nucléaire (LENu) prévoit un référendum facultatif national sur les nouvelles constructions nucléaires, y compris sur les dépôts souterrains. Le Conseil national s'est également rallié par 93 voix contre 88 au compromis proposé par le Conseil des Etats sur le moratoire de dix ans frappant les exportations de combustibles usés en vue de leur retraitement. Les contrats en cours avec La Hague (F) et Sellafield (GB) seront néanmoins honorés. Le moratoire de 10 ans devrait durer de 2006 à 2016. Avec la voix décisive du président du Conseil, Yves Christen (prd, VD), le National a écarté la condition spéciale à laquelle aurait été soumise toute autorisation générale pour une installation nucléaire. Il aurait fallu prouver que la production de courant n'aurait pas pu être fournie en Suisse par des énergies renouvelables à des coûts égaux ou inférieurs. La proposition de Sommaruga (ps, BE) de rétablir un marquage de l'électricité selon sa provenance (énergie renouvelable ou non) a été écartée par 93 voix contre 84. Contre l'avis des Etats, le National a maintenu par 101 voix contre 81 la taxe d'incitation sur l'électricité d'origine nucléaire (0,3 ct par kWh). Pour compenser la suppression du droit de veto en matière de dépôt de déchets radioactifs, le Conseil des Etats s'est rallié par 40 voix contre 1 à la proposition Pfisterer (prd, AG) de faire participer le canton d'accueil à la préparation du projet. Le National ne prévoyait qu'un droit de consultation. Ce compromis était également valable pour les cantons et Etats voisins de l'emplacement prévu. La chambre des cantons a maintenu par 22 voix contre 19 son refus de taxe d'incitation sur l'énergie d'origine nucléaire. Le Conseil d’Etat a par ailleurs décidé d'attribuer au Conseil fédéral la compétence d'édicter les dispositions nécessaires pour que les consommateurs puissent connaître la provenance du courant et son type de production. Devant les divergences récurrentes, une conférence de conciliation a été organisée. Le Conseil national a finalement renoncé à introduire une taxe d'incitation sur le courant produit par les centrales nucléaires. La deuxième divergence était liée à l'indication de la provenance du courant et de son type de production. Le parlement a accepté de la rendre publique et que les contrevenants soient punis: ils seront passibles de l'emprisonnement ou d'une amende allant jusqu'à 40'000 francs. Deux ans de débats ont été nécessaires pour mettre la loi sur l'énergie nucléaire sous toit. Elle a néanmoins été combattue au Conseil national jusqu'au bout par le camp rose-vert et des évangéliques. Ses détracteurs ont en particulier dénoncé la suppression du droit de veto pour les cantons susceptibles d'accueillir un dépôt de déchets radioactifs, ainsi que l'absence d'une taxe d'incitation sur le courant produit par les centrales atomiques destinée à promouvoir les énergies renouvelables. Les conseillers nationaux ont approuvé la nouvelle loi par 102 voix contre 75. Les sénateurs en ont fait de même par 32 voix contre 6. La LENu faisait office de contre-projet indirect aux initiatives antinucléaires.

Greenpeace, la Fondation suisse de l’énergie et le WWF ont décidé de ne pas lancer, ni de soutenir un référendum contre la LENu. Ces associations estimaient que la nouvelle loi comportait des améliorations par rapport à l’ancienne. Le délai référendaire a échu en septembre sans avoir été utilisé. La LENu n’entrera toutefois en vigueur que le 1er janvier 2005, car d’importants travaux législatifs devront être accomplis avant : 1) adoption d’une nouvelle ordonnance sur l’énergie nucléaire qui précisera les diverses dispositions de la LENu et instaurera des dispositions nouvelles concernant entre autre les matériels nucléaires, l’exploitation et la désaffectation des installations et les déchets radioactifs ; 2) modification des ordonnances existantes (en particulier pour ce qui concerne la radioprotection, la protection d’urgence, les fonds de désaffectation et de gestion des déchets) ; 3) modification de l’ordonnance sur l’énergie (marquage du courant et compensation des surcoûts dus à l’injection d’électricité produite au moyen d’énergie renouvelable). La mise en œuvre de la LENu nécessitera encore d’autres ordonnances ayant trait par exemple aux qualités exigées du personnel des installations nucléaires, les récipients nucléaires sous pression et les équipements électriques et mécaniques.

Comblant les lacunes de la Loi sur l’énergie nucléaire (LENu), le Conseil fédéral a mis en consultation au mois de mai l’Ordonnance sur l’énergie nucléaire (OENu). De nature technique, le texte concerne les exigences en matière de sécurité nucléaire. Il précise les mesures de protection à prendre contre le sabotage, le vol et la dissémination de technologie atomique. L’ordonnance spécifie aussi les mesures à prendre en cas de désaffectation et introduit une nouvelle classification en trois catégories en matière de déchets : fortement radioactifs, alphatoxiques, faiblement et moyennement radioactifs. L’OENu introduit également l’obligation d’une autorisation pour le transport de déchets radioactifs en Suisse. Réagissant au texte, les organisations environnementales, les Verts et le PS ont critiqué le manque de dispositions précises et sévères pour la mise hors service d’une centrale. Le Parti écologiste a également estimé que l’ordonnance ouvrait la voie à la construction de nouvelles centrales nucléaire au lieu de résoudre les problèmes de sécurité et d’entreposage des déchets. A l’opposé, les organisations swissnuclear et swisselectric, regroupant des exploitants des centrales nucléaires et des entreprises électriques, mettaient en exergue les dispositions de mise hors service, qui pourraient entraîner, à leurs yeux, un abandon prématuré de certaines centrales nucléaires. Ils jugeaient aussi que le projet mis en consultation compliquait l’exploitation des centrales et augmentait les coûts.

Le Conseil fédéral a tenu compte des critiques et les a intégrées dans le texte de l’ordonnance, tout en conservant l’essentiel des dispositions du projet mis en consultation. Il a adopté l’OENu, qui entrera en vigueur le 1er février 2005, en même temps que la nouvelle LENu. Parmi les principales conséquences de la consultation, la disposition concernant le rééquipement des centrales nucléaires existantes a été assortie d’un renvoi à l’obligation de rééquipement figurant dans la LENu. L’OENu établit ainsi que les prescriptions de sécurité définies dans la loi s’appliquent également aux centrales nucléaires. Les critères de mise hors service temporaire et de rééquipement des centrales nucléaires ont été complétés par le critère d’intégrité de l’enceinte de sécurité du réacteur. Par contre, le critère de fréquence des dommages au cœur a été supprimé.