La validité de l'arrêté fédéral de 1978 concernant la loi sur l'énergie atomique (AF/LEA) était fixée jusqu'à l'entrée en vigueur d'une nouvelle loi sur l'énergie atomique, limitée au plus tard en fin de l'année 2000. Elle aurait dû être mise en vigueur avant cette échéance, mais diverses circonstances (initiatives populaires, Tchernobyl) ont causé des retards répétés dans son élaboration. Devant cette échéance et celle de l'expiration en septembre du moratoire nucléaire inscrit dans la Constitution fédérale, le Conseil fédéral a approuvé l'avant-projet de loi sur l'énergie nucléaire (LENu) et a ouvert sa consultation au printemps. Il entendait soumettre son message, une fois approuvé, au parlement au printemps 2001, en même temps que celui sur les deux initiatives populaires "Sortir du nucléaire" et "Moratoire plus", déposées en 1999. L'avant-projet de loi sur l'énergie nucléaire a laissé ouvert la question de la durée d'exploitation des centrales nucléaires existantes (période à durée limitée ou illimitée). Le Conseil fédéral proposait aussi l'interdiction de retraitement des assemblages combustibles usés et du transport par voie aérienne de matières nucléaires contenant du plutonium. Il voulait de plus soumettre l'autorisation de nouvelles installations nucléaires au référendum facultatif.
Comme le débat parlementaire sur la LENu et celui sur les initiatives risquaient de prendre du temps, le Conseil fédéral a demandé au parlement de reprendre et prolonger une nouvelle fois de 10 ans sans changement de contenu la validité de l'AF/LEA, soit jusqu'à la fin 2010. Cette proposition a été acceptée par le parlement. La question d'une limitation de la durée d'exploitation des centrales a été la plus controversée. Les partis bourgeois (PRD, PDC, UDC, PL), 16 cantons, ainsi que les pro atomiques et le lobby de l'électricité s'y sont opposés. Le PS, les Verts et les associations écologiques se sont exprimés en faveur d'une durée d'exploitation limitée avec des délais allant de 30 à 60 ans. D'autres milieux ont préconisé une limitation avec prolongation possible de l'autorisation d'exploiter et référendum facultatif, une proposition de compromis lancée dans le débat par le chef du DETEC. La proposition d'interdire le retraitement a été rejetée par les partisans de l'atome et les partis bourgeois. La solution de couvrir les coûts de la désaffectation et de la gestion des déchets par des versements complémentaires obligatoires (sorte de responsabilité solidaire des sociétés exploitantes pour assumer les coûts) a été acceptée majoritairement. Au sujet du modèle d'évacuation des déchets (modèle du dépôt géologique en profondeur et pendant une longue durée récupérable), il a été approuvé majoritairement. Ce modèle avait été proposé par un groupe d'experts. Concernant la proposition d'autorisation générale d'exploitation du nucléaire assortie de la possibilité d'un référendum facultatif, elle a été approuvée majoritairement.