Nach den Kantonen verlangten nun auch die Städte nach grösseren Einflussmöglichkeiten auf die Bundespolitik. Gemäss der Ansicht ihrer im Städteverband organisierten Vertreter müsste eine Rücksichtnahme auf ihre Interessen in der Verfassung zwingend verankert werden. Zudem sollten projektbezogene Konferenzen mit Beteiligung von Bund, Kantonen und Gemeinden geschaffen werden. Diese Forderungen wurden von Nationalrat Gross (sp, ZH) mit einem Postulat auch im Parlament vorgebracht. Da die Liberale Sandoz (VD) den Vorstoss bekämpfte, wurde dessen Behandlung verschoben.

Mit einer Motion (95.3311) wollte Ständerat Loretan (fdp, AG) die politische Stellung der Gemeinden und Städte aufwerten Er verlangte, im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung die eigenständige Rolle der Gemeinden neben den Kantonen und dem Bund bei der Erfüllung politischer Aufgaben verfassungsrechtlich zu verankern. Den Grundsatz, dass die Beziehungen zwischen Bund und Gemeinden über die Kantone laufen, wollte er zwar beibehalten, ihn aber flexibler gestalten und Ausnahmen zulassen. Zudem sollte die bundesstaatliche Politik in Zukunft nicht nur die Auswirkungen auf die Kantone, sondern explizit auch auf die Gemeinden berücksichtigen. Als letzter Punkt forderte die Motion eine verfassungsmässige Garantie der Gemeindeautonomie in dem von den Kantonen vorgegebenen Rahmen. Bundesrat Koller stellte in seiner Antwort fest, dass der dreistufige Aufbau des Staates (Gemeinden, Kantone, Bund) in der politischen Realität de facto anerkannt sei. Aus föderalistischen Gründen solle aber die Funktion der Gemeinden weiterhin nicht in der Verfassung des Bundes, sondern in den Kantonsverfassungen definiert werden. Im weiteren seien, v.a. bei projektbezogenen Fragestellungen, bereits heute direkte Kontakte zwischen Bundesbehörden und Gemeinden gängige Praxis. Gegen eine bundesstaatliche Garantie der Gemeindeautonomie erhob Koller föderalistische Einwände. Auf seinen Antrag wurde die Motion lediglich als Postulat überwiesen. Der Nationalrat überwies ebenfalls ein von Sandoz (lp, VD) mit staatsrechtlichen Argumenten bekämpftes Postulat Gross (sp, ZH) für die Ausarbeitung eines Berichtes über die Lage der Städte und über mögliche Massnahmen für eine Aufwertung ihrer politischen Stellung. (Zur Berücksichtigung der finanziellen Zentrumslasten der Städte siehe hier und zum Vorschlag der CVP die Funktion der Städte in der Verfassung zu verankern siehe hier.)

Im Rahmen der Debatte über die Neuausrichtung der Regionalpolitik versuchte Nationalrat Gysin (sp, BS) zu erreichen, dass mit dem Projekt "Regio plus" nicht nur ländliche Nichtbergregionen, sondern auch Kernstädte von bundesstaatlicher finanzieller Hilfe profitieren können. Er begründete dies mit den in den letzten Jahren stark angewachsenen Lasten der Städte namentlich im Sozial-, aber auch im Verkehrsbereich. Der Rat lehnte diese Ausweitung des Geltungsbereichs – welche sich seiner Ansicht nach im Rahmen der bewilligten Ausgabensumme von CHF 70 Millionen für zehn Jahre ohnehin nicht hätte umsetzen lassen – mit 88 zu 30 Stimmen ab. Er überwies jedoch ein Postulat seiner Wirtschafts- und Abgabenkommission, welches vom Bundesrat bis Ende 1998 einen Bericht über den Umfang der Zentrumslasten der Städte und gegebenenfalls Vorschläge für Ausgleichsmassnahmen verlangt. Bei den Beratungen der parlamentarischen Kommissionen über die Totalrevision der Bundesverfassung konnten die Städte- und Gemeindevertreter einen Teilerfolg verbuchen. Die Nationalratskommission beschloss, den Artikel, wonach die Kantone über die Organisation der Gemeinden autonom entscheiden, mit dem Zusatz zu ergänzen, dass Bund und Kantone auf die besondere Lage der Städte und Agglomerationen Rücksicht nehmen sollen. Die Ständeratskommission ging weniger weit. Gemäss ihrer Version würde die Verfassung nur den Bund zu solcher Rücksichtnahme verpflichten, und diese würde zudem nicht nur für Städte, sondern auch für Berggemeinden gelten.
(Zum Postulat Gross (sp, ZH) für die Ausarbeitung eines Berichtes über die Lage der Städte und über mögliche Massnahmen für eine Aufwertung ihrer politischen Stellung siehe hier).

Der im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung vom Bundesrat beantragte Verzicht auf obligatorische Volksabstimmungen über Gebietsveränderungen zwischen Kantonen passierte im Ständerat diskussionslos. Im Nationalrat kam es hingegen zu einer kleinen jurapolitischen Kontroverse. Rennwald (sp, JU) hatte verlangt, dass das Erfordernis der Zustimmung durch die beteiligten Kantone und die betroffene Region gestrichen wird, und die Bundesversammlung die Prozedur für Gebietsveränderungen im Einzelfall festlegt. Sein Ansinnen wurde mit 80:55 Stimmen abgelehnt. Keinen Erfolg hatte aber auch der Bernjurassier Schmied (svp), der mit der Forderung nach einem zustimmenden absoluten Mehr der Stimmberechtigten in der betroffenen Region die Hürden für einen Kantonswechsel erhöhen wollte. Mit dieser Verfassungsänderung konnte auch die 1996 gutgeheissene Standesinitiative des Kantons Jura (Kt.Iv. 95.306) abgeschrieben werden.

Im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung kam es zu einer Aufwertung der Gemeinden und dabei insbesondere der städtischen Agglomerationen. Bei der Regelung des Verhältnisses zwischen Bund und Kantonen war die von den Kommissionen beider Räte eingebrachte Bestimmung, die den Bund verpflichtet, bei seiner Politik die Auswirkungen auf die Gemeinden im Auge zu behalten, unbestritten. Im Ständerat opponierte hingegen Uhlmann (svp, TG) dem Vorschlag, dass der Bund dabei namentlich die Interessen der Städte und der Agglomerationsgebiete sowie der Berggemeinden berücksichtigen solle, als Diskriminierung der anderen Gemeinden. Sein Streichungsantrag unterlag aber mit 31:8 Stimmen. Der Nationalrat beschloss in erster Lesung mit 86:63 Stimmen, lediglich die Städte und Agglomerationen aufzuführen, nicht aber die Berggebiete. Ein Streichungsantrag Schlüer (svp, ZH), der darin nur die Schaffung von neuen Subventionsansprüchen sah, wurde mit 95:51 Stimmen verworfen. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat an der Erwähnung auch der Berggebiete fest und konnte sich damit durchsetzen.
(Zu den Beschlüssen beider Ratskommissionen bezüglich einer Aufwertung der Stadt- und Bergregionen siehe hier.)

Im Rahmen der Beratung der Totalrevision der Bundesverfassung beantragte Ständerätin Spoerry (fdp, ZH) zudem, beim Finanzausgleich nicht nur die besonderen Lasten der Berggebiete sondern auch diejenigen der städtischen Agglomerationen zu berücksichtigen. Dieser Vorschlag wurde von Abgeordneten aus den Berggebieten bekämpft und unterlag mit 19:13 Stimmen. Im Nationalrat scheiterte ein entsprechender Antrag Gysin (sp, BS) ebenfalls, nachdem Bundesrat Koller zugesichert hatte, dass ein Entwurf zu einer Neuordnung des Finanzausgleichs, der unter anderem auch auf dieses Anliegen eingeht, noch vor Jahresende in die Vernehmlassung gegeben werde. Gysin vertrat seine Forderung auch mit einer Motion. Der Entscheid über diesen Vorstoss musste verschoben werden, nachdem Schlüer (svp, ZH) seine Opposition dagegen angemeldet hatte.

Der Nationalrat überwies zwei sozialdemokratische Motionen (eine der Fraktion (97.3662) und eine von Gysin, BS) in Postulatsform, welche eine Berücksichtigung der Zentrumslasten der Städte bei der Konzeption des „Neuen Finanzausgleichs“ verlangen. Der Vorstoss Gysin war – auch als Postulat – von Schlüer (svp, ZH) bekämpft worden, welcher befürchtete, dass damit die Grundlagen für neue Bundessubventionen geschaffen würden.