Les pertes énormes en 2000 de LTU (CHF 350 millions), d’AOM (CHF 600 millions) et de Sabena (CHF 500 millions) ont eu raison de la tactique de prise de participation tous azimuts du SairGroup et de son directeur Bruggiser. Résultat direct de cette volonté à se désengager et à réintégrer les chiffres noirs, le SairGroup a renoncé à participer aux privatisations des compagnies portugaise TAP et turque de Turkish Airlines. A la lumière des pertes et de leurs responsabilités, neuf des dix membres du conseil d’administration de SairGroup, l’exception de Mario Corti, ont annoncé leur démission. Réagissant à cette décision, les actionnaires minoritaires, représentant les collectivités publiques et les petits porteurs ont refusé de les décharger de leur obligation. Pour pallier à l’absence de chef opérationnel, ils ont confirmé et nommé Mario Corti, comme président et délégué du conseil d’administration. Mis à part l’annonce du retour au nom de Swissair, ses premières mesures prévoyaient un redressement et redimensionnement de la compagnie, synonyme de rupture avec la stratégie du passé. Dans les faits cela s’est traduit par la liquidation d’Air Littoral en avril et par le dépôt de bilan pour AOM/Air Liberté en juin. Contre CHF 395 millions, Swissair réussissait aussi à se libérer de l’obligation de prendre 85% de Sabena. Swissair et le gouvernement belge ont convenu de participer à une nouvelle recapitalisation de Sabena pour un montant de CHF 658 millions; Swissair assumerait 60% de ce montant et l’Etat belge le solde. La signature de cet accord permettait l’abandon de toutes les poursuites judiciaires qui avait été engagées contre la compagnie suisse. En juillet toujours, Swissair a abouti à un accord sur la reprise d’AOM-Airliberté par ses employés. Contre une exonération de toute obligation, elle s’est engagée à verser CHF 345 millions pour financer sa restructuration. Swissair a aussi décidé d’accorder à LTU CHF 450 millions sous forme de "prêt actionnaires". Devant une dette évaluée à CHF 15 milliards et les importantes pertes dues à des investissements dans des entreprises déficitaires, Swissair a annoncé la suppression de lignes et la vente de l’assistance au sol et des duty-free.

Comme les autres compagnies aériennes, Swissair a subi de plein fouet les effets des attentats terroristes aux USA le 11 septembre. L’absorption des coûts liés à l’annulation des vols outre-Atlantique a accentué la vulnérabilité de la compagnie suisse, qui disposait de quasi aucune réserve. A ces répercussions immédiates est venue s’ajouter une augmentation du prix du carburant, due à la hausse du prix du baril, et une baisse des réservations. Conséquence directe de la crise, l’action Swissair est partie en piqué à CHF 47 francs, soit une chute de 90% en trois ans. Devant cette situation préoccupante, Susanne Leutenegger-Oberholzer (ps, BL) a déposé une interpellation réclamant un débat urgent sur la question (Ip. 01.3443). Le Conseil fédéral lui a répondu en évoquant la possibilité d’une recapitalisation, dans le cadre d’un assainissement général, pour peu qu’il ne soit pas seul. Il a également réagi en garantissant Swissair contre les risques de guerre et de terrorisme. Afin que les avions suisses puissent voler, le gouvernement n’a pas eu d’autre choix que celui de suivre la position des USA, de l’Union européenne et des autres pays qui garantissaient aux transporteurs les risques que les assurances n’acceptaient plus de couvrir. Par contre, le Conseil fédéral l’a refusé aux aéroports, faute de base légale. Alors que Mario Corti désirait absorber la petite compagnie aérienne Crossair, majoritairement en possession de Swissair, en une seule et même compagnie afin de rationaliser les coûts et regrouper les dessertes, l’UBS et le Credit Suisse proposaient à la place un crédit relais d’un milliard de francs réservé aux seules activités aériennes. Les banques avaient en tête pour le groupe aérien un autre plan de restructuration nommé Phoenix, à savoir une reprise des deux tiers des activités aériennes de Swissair par Crossair. Le reste devait être mis en faillite. Alliant les actes aux mots, le Crédit Suisse et l’UBS ont racheté la participation de Swissair dans Crossair (70,35%). Acculé par une dette totale de CHF 17 milliards, Swissair Group a dû demander un sursis concordataire provisoire pour les sociétés SairGroup, SairLines et Flightlease.

Le coup de grâce a été donné le 2 octobre : Swissair s’est avéré incapable de payer le kérosène de ses avions (livraison contre pré-paiement). Les banques se sont montrées inflexibles et c’est la Confédération qui a dû mettre CHF 450 millions pour que les vols reprennent le 4 octobre jusqu’au 28 octobre, date à la laquelle la nouvelle compagnie Crossair a pris le relais. Durant ces deux jours, 420 vols ont été annulés et 39'000 passagers sont restés en rade. Les 63'000 actionnaires ont pratiquement tout perdu : le titre Swissair, qui valait CHF 500 en 1998, a clôturé à CHF 6,5. Sabena faute de toucher le crédit de CHF 450 millions promis par Swissair, a dû solliciter un concordat. Quant à TAP, ils ont décidé de poursuivre en justice Swissair pour n’avoir pas acheté 34% de leur capital. Analysant la crise, les banques ont estimé que leur apport ne suffisait pas à la création de la nouvelle Crossair et ont invité les pouvoirs publics et les investisseurs à passer à la caisse. Une task force, réunissant les représentants de la Confédération, de Swissair Group, de Crossair, a été mise sur pied. Des trois variantes, la moins coûteuse en emplois (9'400 suppressions - 14% des employés, dont 4'100 en Suisse et 5'300 à l’étranger), mais la plus chère financièrement (CHF 4 milliards) a été retenue. Cette variante Full Scale comprenait l’intégration de 26 courts-courriers Swissair dans Crossair jusqu’au 29 octobre, puis de 26 long-courriers jusqu’au 29 mars 2002. Ces derniers continueraient d’être exploités par Swissair jusqu’à cette date.

Moins d’une semaine plus tard, le financement de la restructuration et le maintien provisoire de Swissair ont été trouvés par la Confédération, les cantons et les milieux économiques. Les coûts d’opération corrigés ont été devisés à CHF 4,69 milliards ; CHF 2,74 milliards d’augmentation du capital-actions de Crossair, CHF 1 milliard pour les coûts d’exploitation supplémentaire et CHF 1 milliard pour les frais de restructuration. La Confédération détiendra 20% de la nouvelle compagnie, les cantons 18%, le reste revenant aux banques et aux milieux économiques (62%). Le profil de la nouvelle compagnie était de 26 avions Swissair court et moyen-courriers, 26 avions Swissair long-courriers, 82 avions Crossair; 36 vols long-courriers maintenus, et 78 vols courts et moyen-courriers maintenus (Europe), 114 vols au total. Le conseil d’administration de Crossair décidait à l’unanimité de mettre en œuvre ce plan Phoenix Plus. Suite à l’aval du Conseil fédéral et de la délégation parlementaire aux finances par 3 voix contre 2 et une abstention , la Confédération a décidé d’injecter en tout CHF 1,6 milliards en plus des CHF 450 millions débloqués; tout d’abord un prêt de CHF 1 milliard pour permettre à Swissair d’assurer ses vols jusqu’au printemps, à cela s’ajoutera une prise de participation au capital s’élevant à CHF 600 millions. Les Chambres ont dû se prononcer le 16 et le 17 novembre sur le crédit, mais la messe était dite. En effet, la loi prévoit que le gouvernement peut débloquer des fonds dans l’urgence avec l’accord de la délégation des Chambres aux finances. Les cantons devront investir CHF 400 millions (18% du capital), dont CHF 300 millions pour Zurich et 30 pour les deux Bâle; quant aux milieux économiques, leur investissement sera de CHF 1,9 milliards (dont CHF 600 millions pour les deux grandes banques). A l’exception de l’UDC et des Verts, les partis politiques et les collectivités publiques ont salué ce sauvetage. Le Conseil fédéral a informé la Commission européenne des modalités de la nouvelle compagnie aérienne nationale, compte tenu de l’entrée vigueur de l’accord bilatéral sur le transport aérien. La situation critique dans laquelle se trouvaient les filiales a été arrangée soit par des rachats ou des prêts. Le chapitre social a été le grand oublié de la restructuration; rien n’avait été prévu pour payer les préretraites et pour indemniser les personnes licenciées durant le délai de congé. Les syndicats estimaient les coûts liés aux paiements des salaires pour les sociétés en sursis concordataire à CHF 76 millions et le plan social à CHF 135 millions. Comme une grande partie ne pouvait pas être couverte par la masse en faillite, ils demandaient une aide de CHF 250 millions au gouvernement et au secteur privé. Les banques et la Confédération ont repoussé leur implication dans le financement du plan social pour les 4'500 employés licenciés par Swissair.

Par 21 voix contre 2 (2 cantons non représentés), la Conférence des directeurs cantonaux des finances (CDCF) a adopté une résolution invitant l’ensemble des cantons à participer au capital-actions de la nouvelle compagnie aérienne. Les cantons étaient encouragés, mais ils restaient cependant entièrement libres de leur choix. Le gouvernement du canton de Zurich s’est proposé d’assumer la plus grande part de la somme avec CHF 300 millions. Ayant reçu l’aval du parlement cantonal, celle-ci était toutefois conditionnée à son acceptation par le souverain zurichois lors de la votation populaire de janvier 2002. Les autres cantons aéroportuaires se sont aussi engagés à l’achat d’actions de la nouvelle Crossair : CHF 21 millions pour Bâle-Ville et 5 pour Bâle-Campagne; 10 pour Genève sous réserve d’un engagement de tous les autres cantons. Le solde, soit CHF 59 millions, a été réparti entre les 23 autres cantons selon une clé de répartition qui a tenu compte du nombre d’habitants, du revenu cantonal brut et l’éloignement par rapport à l’aéroport de Zurich. Le canton de Berne, qui devait théoriquement verser CHF 10 millions, a immédiatement fait connaître son opposition. St Gall et Soleure ont fait de même. De son côté, Argovie a limité son aide à CHF 3 millions au-lieu des 10 prévus. L’objectif des engagements dans la recapitalisation de Crossair était fixé à CHF 2,74 milliards; le plancher était à CHF 2,2 milliards.