Zweite Wahlgänge waren in den acht Kantonen Zürich, St. Gallen, Waadt, Neuenburg, Tessin, Luzern, Wallis und Freiburg nötig. Die letzten Resultate standen Ende November fest. In den Kantonen Luzern, Wallis und Freiburg erfolgten die zweiten Wahlgänge in stiller Wahl, da sich die zurückliegenden Kandidaten zurückzogen. Gewählt wurden im Wallis René Imoberdorf (cvp, neu), in Luzern Konrad Graber (cvp, neu) und in Freiburg der Bisherige Alain Berset (sp). Im Kanton Neuenburg wurde im zweiten Wahlgang neben Gisèle Ory (sp) Didier Burkhalter (fdp) gewählt, Pierre Bonhôte (sp) musste sein Mandat abgeben. Im Kanton Waadt schaffte das linke Zweierticket Géraldine Savary (sp) und Luc Recordon (gp) die Wahl in den Ständerat, Charles Favre (fdp) und Guy Parmelin (svp) hatten das Nachsehen. Im Tessin gelang Franco Cavalli (sp) der Einzug in den Ständerat nicht, Dick Marty (fdp) und Filippo Lombardi (cvp), der wiederholt wegen Verkehrsdelikten mit der Justiz in Konflikt geraten war, wurden wiedergewählt. Im Kanton St. Gallen verzichtete die SP-Kandidatin Kathrin Hilber für den zweiten Wahlgang auf eine Kandidatur, um die Wiederwahl von Erika Forster (fdp) und Eugen David (cvp) zu sichern. Diese Strategie ging auf, die SVP konnte sich mit ihrem Kandidaten Toni Brunner nicht durchsetzen. Im Kanton Zürich zog sich nach längerem Hin und Her die SP-Kandidatin Chantal Galladé nach dem ersten Wahlgang zugunsten von Verena Diener (glp) zurück. Da Diener im zweiten Wahlgang damit allein gegen den SVP-Kandidaten Ueli Maurer antreten konnte, gelang ihr die Wahl in den Ständerat mit einem Vorsprung von knapp 30'000 Stimmen.

Bei den Ständeratswahlen im Oktober ging es um die Besetzung von 41 Sitzen. Ihre Ständeratssitze bereits besetzt hatten die Kantone Zug mit Peter Bieri (cvp) und Rolf Schweiger (fdp) sowie Appenzell Innerrhoden mit Ivo Bischofberger (cvp). Zu einer stillen Wahl kam es in Obwalden (Hans Hess, fdp) und in Nidwalden (Paul Niederberger, cvp). In Appenzell Ausserrhoden, Glarus und Uri hatten die bisherigen Ständeräte keine Herausforderer und wurden problemlos gewählt. Unverändert blieb die Ständeratsvertretung auch in den Kantonen Schwyz, Graubünden, Schaffhausen, Solothurn und Thurgau.

Im Kanton Basel-Stadt verteidigte Anita Fetz (sp) ihren Sitz problemlos gegen den gemeinsamen Kandidaten aller bürgerlichen Parteien, Andreas Albrecht (lp). Im Kanton Basel-Landschaft konnte sich Claude Janiak (sp) deutlich gegen den bürgerlichen Kandidaten Erich Straumann (svp) durchsetzen. Im Kanton Aargau distanzierte Christine Egerszegi (fdp) ihre Konkurrentinnen Pascale Bruderer (sp) und Esther Egger (cvp) und ihre Konkurrenten Geri Müller (gp) und Heiner Studer (evp) und wurde neben dem Bisherigen Maximilian Reimann (svp) neu gewählt. Im Kanton Bern wurde Simonetta Sommaruga (sp) problemlos wiedergewählt, den zweiten Sitz eroberte Werner Luginbühl (svp), er liess seine Konkurrentinnen Franziska Teuscher (gp) und Dora Andres (fdp) deutlich hinter sich. Im Kanton Genf zog mit Robert Cramer der erste Grüne in den Ständerat ein, mit ihm zusammen wurde Liliane Maury-Pasquier (sp) gewählt. Zu einer innerparteilichen Veränderung kam es im Kanton Jura, wo sich Anne Seydoux-Christe (cvp) gegen ihre Parteikollegin Madeleine Amgwerd (bisher) durchsetzte. Im Kanton Wallis wurde Jean-René Fournier (cvp) im ersten Wahlgang neu in den Ständerat gewählt.

Insgesamt wurden 16 neue Mitglieder in den Ständerat gewählt, 2003 waren es nur acht gewesen. Zwei Ständeräte wurden nicht wiedergewählt. Sieben vormalige Nationalräte schafften den Sprung in den Ständerat. Die Frauenvertretung in der kleinen Kammer wurde nicht ausgebaut, neu sind nur noch 10 statt 11 Sitze mit Frauen besetzt, was einem Anteil von 21,7% entspricht. Die meisten Ständerätinnen gehören der SP an (5), 3 der FDP, eine der CVP und eine den Grünliberalen.

Es kam im Ständerat zu einigen parteipolitischen Verschiebungen. Erstmals wurden zwei Vertreter der Grünen (Robert Cramer in Genf und Luc Recordon in der Waadt) gewählt. Auch die Grünliberalen konnten mit Verena Diener (ZH) ein Mandat erobern. Diese Gewinne gingen auf Kosten der FDP (neu 12 Sitze, -2) und der SVP (7 Sitze, -1). Die FDP verlor in den Kantonen Waadt, Basel-Landschaft und Genf je einen Ständeratssitz, während sie in Neuenburg einen gewann. Die SVP musste ihren Sitz im Kanton Zürich abgeben. Unverändert blieben die Vertretung der CVP (15 Sitze), die damit nach wie vor die stärkste Kraft im Ständerat ist, sowie diejenige der SP (9 Sitze). Die SP musste zwar ein Mandat im Kanton Neuenburg abgeben, konnte diesen Verlust durch einen Sitzgewinn in Baselland jedoch kompensieren. Insgesamt rückte der Ständerat leicht nach links.