Au mois d'avril 2019, la CER-CN (19.3420) et la CER-CE (19.3416) ont déposé deux motions de teneur identique chargeant le Conseil fédéral de mener des négociations complémentaires ou de prendre d'autres mesures appropriées pour améliorer l'accord institutionnel avec l'UE. Les commissions compétentes demandent notamment davantage de garanties en ce qui concerne la protection des salaires, la Directive relative au droit des citoyens de l'Union, les aides d’État, la législation d'exécution et la reprise du droit européen par la Suisse ainsi que les procédures de règlement des différends. L'exécutif fédéral est également sommé de faire en sorte que le traitement de l'initiative populaire fédérale «Pour une immigration modérée (initiative de limitation)» soit avancé dans le temps.
Favorable au rejet des motions précitées, le Conseil fédéral estime que le «résultat des négociations correspond dans une large mesure aux intérêts de la Suisse et au mandat de négociation». Si l'accord cadre n'a jusqu'alors toujours pas été ratifié et a été soumis à une phase de consultation au printemps 2019, l'exécutif fédéral juge néanmoins prématuré de statuer sur des négociations additionnelles avec l'UE.
Au Parlement, le Conseil des États a accepté (22 voix pour, 14 contre et 6 abstentions) la motion de la CER-CE en date du 12 juin 2019, aux dépens de la minorité Noser (plr, ZH) qui s'opposait alors à un texte qualifié d'obsolète, superflu et inutile. A peine quelques jours plus tard, le Conseil national a confirmé la décision de la chambre haute en adoptant à son tour la motion de sa commission (122 voix pour, 38 contre et 24 abstentions).