Die Umweltschutzorganisationen verstärkten ihre Bemühungen, die Expo-Leitung dazu zu bringen, auf den Einsatz der sogenannten Iris-Schnellboote, welche für letztere als Symbol der Verbindung zwischen den vier Ausstellungsplätzen gelten, zu verzichten. Sie begründeten ihre Forderung nicht nur mit umweltschutzpolitischen Argumenten, sondern gaben auch zu bedenken, dass die Boote nur einen kleinen Beitrag zum Transport der Besucher zwischen den verschiedenen Ausstellungsorten leisten könnten und diese hochsubventionierten Boote zudem die konventionelle Schifffahrt unfair konkurrenzieren würden. Im Nationalrat verlangte eine Motion Baumann (gp, BE) mit denselben Argumenten, diesen Booten die Konzession zu verweigern. Der Bundesrat erklärte sich bereit, die Einwände zu überprüfen und deshalb den Vorstoss in Postulatsform anzunehmen. Da er aber von Schmid (svp, BE) bekämpft wurde, schob das Parlament seinen Entscheid darüber auf. Die Demarchen blieben zuerst erfolglos. Ende Juli erteilte das Bundesamt für Verkehr (BAV) mit gewissen Auflagen in Bezug auf Umweltschutz und Sicherheit die Konzession für 15 Boote. Nachdem die Umweltschützer diesen Entscheid mit einer Beschwerde angefochten hatten, lenkte die Expo-Leitung ein. Sie beschloss, die grossen Iris-Boote nur noch auf dem Neuenburgersee, hingegen nicht mehr auf dem Bieler- und Murtensee zirkulieren zu lassen.

Die Motion Baumann (gp, BE) für eine Verweigerung der Konzession für die Iris-Schnellboote, die 1998 bekämpft und deren Behandlung deshalb verschoben worden war, wurde, nachdem sich in der Zwischenzeit eine Einigung zwischen Umweltschützern und Expo-Leitung ergeben hatte, vom Nationalrat in ein Postulat umgewandelt. Im Zuge der Sparmassnahmen der Expo-Leitung wurde zudem die Bedeutung der Iris-Boote als Transportmittel zwischen den vier Ausstellungsorten stark eingeschränkt. Waren ursprünglich noch 20 Boote vorgesehen, blieben nun noch sechs (zwei à 400 und vier à 200 Plätze), welche die konventionelle Schifffahrt auf den drei Seen unterstützen sollen.

Die Besucher fanden sich in der erwarteten Anzahl ein. Insgesamt wurden in den vier Arteplages rund 10.3 Mio. Eintritte gezählt, wovon 3.4 Mio. in Neuenburg, drei Mio. in Biel, zwei Mio. in Murten und 1.9 Mio. in Yverdon. Die Zahl der Personen, welche die Expo besucht haben, ist allerdings geringer, da Mehrfacheintritte nicht speziell erfasst wurden. Der grösste Teil der Besucher reiste mit den öffentlichen Verkehrsmitteln an (65 Prozent anstelle der prognostizierten 55 Prozent, in diesen 65 Prozent sind die Anreisen in Bussen privater Reiseveranstalter inbegriffen); das befürchtete Chaos auf den Strassen blieb aus, und mangels Nachfrage mussten sogar einige der bereitgestellten Parkplätze im Verlaufe der Expo geschlossen werden. Bestbesuchter Tag war der Schliessungstag (20. Oktober), als sich insgesamt 180'000 Personen zu einer Abschiedsparty, welche bis in die Morgenstunden dauerte, auf den vier Arteplages trafen. Nach übereinstimmenden Eindrücken war eine grosse Mehrheit der Besucher vom Gebotenen sehr angetan. Zu diesem guten Urteil beigetragen hat sicher auch die Qualität der Architektur und ihre gelungene Einbettung in die landschaftlich reizvolle, aber vielen Schweizern wenig bekannte Drei-Seen-Region an der Sprachgrenze zwischen der Deutschschweiz und der Romandie. In den Presseberichten positiv vermerkt wurde zudem die entspannte und freundliche Atmosphäre unter den Besuchern, welche sich auch nicht durch die zum Teil recht langen Wartezeiten bei einzelnen Ausstellungspavillons verdriessen liessen. Unmittelbar nach dem Abschluss begannen die Abbrucharbeiten.

Nahezu ausnahmslos sehr positiv waren die Berichte in den ausländischen Medien, welche sich überrascht über die «sinnliche», «spielerische» und «phantasievolle» Landesausstellung zeigten, welche ihrer Ansicht nach so wenig den über die Schweiz verbreiteten Clichés entsprach.

Inhaltliche Kritik an der Expo war eher selten. Einerseits monierten einige Vertreter der politischen Linken (längst nicht alle) und einzelne Kulturschaffende, die Themen seien auf eine zu spielerische und unverbindliche Art dargestellt worden, und die Ausstellungsmacher hätten damit auf eine pädagogisch gezielte Aufklärung über Probleme und Missstände der Schweiz verzichtet. Andererseits bemängelten auch einige konservative Politiker eine Beliebigkeit und überdies das Fehlen resp. die nicht vorhandene Dominanz traditioneller nationaler Symbole (z.B. Schweizer Flaggen).