Les comptes des CFF pour l'année 1991 montrent que le projet du budget 1991 d'équilibrer les comptes ne s'est pas réalisé. La régie a enregistré en effet un déficit de 28.6 millions de francs, le total des produits étant de 5.882 milliards de francs (+9.6% par rapport à 1990) et celui des dépenses de 5.911 milliards (+ 10.2%). Le renchérissement et la hausse des taux d'intérêt, mais surtout les frais de personnel (3.277 milliards) ont rendu impossible un bilan sain. La participation de la Confédération s'est notablement accrue puisqu'elle s'est montée à 1.872 milliards de francs (+10%). Les contributions d'infrastructure des CFF sont, par contre, en légère augmentation (45 millions contre 37 en 1990). Tandis que de bons résultats étaient enregistrés dans le domaine du transport de personnes (plus de 275 millions de personnes transportées), celui du trafic de marchandises était en léger recul.

Dans son message accompagnant les comptes 1991 de la régie, le Conseil fédéral a demandé aux CFF de prendre d'importantes mesures d'économie par une gestion plus rationnelle et une diminution des prestations. Par exemple, il a proposé que les lignes dont le taux d'utilisation est inférieur à dix pour cent soient remplacées par des services d'autobus. Il a suggéré également une privatisation du trafic régional. Au parlement, des voix bourgeoises se sont également élevées pour aller dans le sens de privatisations, de suppressions de lignes ou d'une nouvelle politique du personnel. Pour la gauche, au contraire, il s'agit de ne surtout pas réduire les prestations, mais plutôt d'assainir la dette de l'entreprise. Chacun a toutefois reconnu l'échec du mandat de prestations de 1987.
Pour la première fois, les CFF ont publié le compte des résultats par ligne. Ce bilan fait apparaître que seules huit des 61 lignes régionales des CFF sont rentables et que pour une vingtaine d'entre elles, la couverture des coins est de moins de 50 pour cent. Au contraire, 25 lignes intercity et directes sur 35 sont rentables, la première d'entre elles étant le tronçon Berne–Zurich.

Contrairement aux années précédentes, où les CFF ont réussi à équilibrer leurs comptes, il est prévu, dans le budget 1992, un déficit de CHF 107 millions; tandis que le total des produits devrait se monter à CHF 6'229.3 millions, celui des charges devrait être de CHF 6'336.3 millions. De plus, le taux de couverture des charges passera probablement au-dessous de 80 pour cent. La hausse des dépenses est notamment due aux frais de personnel qui s'accroîtront probablement de 11.9 pour cent. Les relèvements tarifaires prévus ainsi qu'une augmentation de CHF 239 millions des prestations fédérales ne suffiront donc pas à compenser l'alourdissement important des charges de la régie. En outre, pour la première fois sous le régime du mandat de 1987, la régie ne pourra pas verser de contributions pour l'infrastructure. Pour sa part, le Conseil fédéral s'est refusé à dépasser la barre fatidique des deux milliards de francs pour sa participation, et a même décidé de diminuer la somme budgétisée par les CFF de 48 millions, ce qui la porterait à 1990 millions, soit une augmentation de 10.6 pour cent par rapport au budget 1991. Il a demandé, de surcroît, que le déficit prévu soit résorbé. Si le parlement a adopté ce budget, de nombreuses voix se sont élevées contre cette croissance continue des dépenses. Les plus virulents furent les automobilistes et les libéraux, qui ont notamment proposé que les CFF ferment des lignes non rentables sans se préoccuper des intérêts régionaux. A cette occasion, A. Ogi a déclaré qu'une décision politique s'imposait face au problème de la prise en charge croissante des CFF par la Confédération et qu'il fallait définir combien la collectivité était prête à payer.

Le Conseil national, par le biais d'un postulat de sa commission, a invité le gouvernement à présenter, dans un plan à moyen terme des CFF pour les années 1993-1997, un taux de couverture des coûts nets constants.

Les représentants de six cantons (BS, BL, SO, AG, BE, ZH) se sont élevés contre la volonté des CFF et de la Confédération de transférer sur les cantons et le trafic régional leurs problèmes financiers. Ils ont particulièrement souligné que leurs budgets ne permettaient pas de prendre en charge les lignes régionales pour lesquelles, de surcroît, la Confédération s'est engagée (Rail 2000). Une telle politique irait à l'encontre du développement des transports publics et donc des objectifs fixés en matière de protection de l'environnement.
Le DFTCE a entamé une consultation en vue de modifier la loi sur les chemins de fer au sujet du financement du trafic régional.

Toujours dans le but de réaliser des économies, les CFF ont annoncé la disparition dans les cinq ans de près de 600 contrôleurs. Cela devrait toucher principalement les lignes régionales qui se verront progressivement privées d'agents de trains, ceux-ci étant maintenus sur les lignes directes (une diminution du nombre de postes dans l'administration des CFF est également à l'étude). De plus, les CFF ont demandé à la Confédération de réduire les dettes de la régie, le paiement des intérêts lui coûtant plus de CHF 700 millions par an. Par ailleurs, ils ont diminué les heures d'ouverture des guichets dans les dix plus grandes gares de Suisse, ce qui a occasionné la suppression de 40 emplois. En outre, le nouvel horaire des CFF pour 1993–1995 prévoit une diminution de l'offre de transports en matière de trafic régional; sept lignes seront ainsi supprimées et remplacées par des services de bus. Parallèlement, les grandes liaisons seront améliorées, entre Bâle et Zurich, par exemple, et avec l'étranger.
Les lignes dont la suppression est prévue sont: Laufon-Delémont (JU), Fleurier-Les Verrières (NE)-Pontarlier, Monthey (VS)-Saint-Gingolph, Flüelen-Göschenen (UR), Laufenburg-Koblenz (AG), Airolo-Bellinzone (Tl) et Frick-Brugg (AG). Les propositions des CFF n'ont guère plu aux cantons.

Pour A. Ogi, si une privatisation doit avoir des limites et ne pourrait être que partielle, il ne serait pas exclu de céder certains trafics régionaux à des chemins de fer privés, d'ouvrir certains réseaux à d'autres prestataires que les CFF (notamment à des sociétés européennes) et de remplacer certaines lignes ferroviaires par des autobus. Un groupe de réflexion a d'ailleurs été mis en place par le Conseil fédéral pour étudier d'éventuelles formules de privatisation partielle, reconsidérer le statut des fonctionnaires, formuler un nouveau mandat de prestations et proposer des solutions pour une meilleure rentabilité du trafic régional.

Le Groupe de réflexion sur l'avenir des CFF institué par Adolf Ogi et présidé par F. Mühlemann, secrétaire général du DFTCE, a rendu son rapport final. Selon lui, une réforme de la régie serait devenue indispensable, les coûts qu'elle occasionne à la Confédération et le niveau de son endettement (CHF 13 milliards; 30 milliards en l'an 2000) n'étant plus guère supportables. Les experts ont estimé que les CFF devraient se recentrer sur les activités pour lesquelles ils sont le mieux adaptés. Cela signifierait notamment l'abandon d'une vingtaine de lignes régionales non rentables et le transfert partiel des charges du trafic régional en direction des cantons, le réexamen des secteurs du trafic de marchandises qui ne couvrent pas leurs coûts et l'élagage du programme Rail 2000 (Au parlement, les projets de suppression de lignes ont également soulevé quelques craintes: voir en particulier les interpellations Aubry (prd, BE) (Ip. 93.3049) et Seiler (udc, BE) (Ip. 93.3185)). En outre, certaines activités pourraient être privatisées. L'entreprise même pourrait changer de statut et devenir un holding jouissant d'une liberté d'action accrue. Les propositions du groupe de réflexion devraient occasionner quelques substantielles économies (au moins CHF 500 millions par année), mais toucher d'une manière ou d'une autre entre 3'000 et 7'500 emplois.

Les réactions des partis ou organisations furent dans l'ensemble favorables aux conclusions du rapport. En particulier, la direction des CFF a déclaré en soutenir l'essentiel. Notons cependant l'inquiétude des régions concernées par la fermeture de lignes, notamment l'arc jurassien. En outre, la Fédération suisse des cheminots s'est inquiétée des conclusions du rapport et a vivement critiqué ses auteurs. Selon elle, si on appliquait les propositions faites, la régie serait démantelée et 3'000 emplois disparaîtraient (devant le syndicat, Benedikt Weibel, p.d.g. de la régie, a prétendu que la sécurité des postes de travail serait garantie). Elle a relevé le manque d'idée du groupe de réflexion, notamment en matière de trafic régional, et s'est opposée a toute tentative de privatisation.

Dans sa prise de position sur le rapport, le Conseil fédéral a voulu calmer ces inquiétudes en déclarant qu'il n'entendait pas démanteler les CFF ni l'offre de transport régional, mais les rendre plus efficaces. C'est sur la base du travail des experts qu'il entend proposer aux Chambres une nouvelle conception directrice pour les CFF qui trouve un consensus dans les milieux politiques. Pour ce faire, le gouvernement désire prolonger de deux ans le mandat de prestations en vigueur.

La commission des transports du Conseil national a également pris position sur les travaux du groupe de réflexion. Selon elle, la régie ne doit pas être mue par le seul objectif de la rentabilité. Si son désendettement est une priorité, il ne s'agit pas de rechercher la couverture des coûts à tout prix pour tous les types de prestation. Les CFF doivent rester un service public oeuvrant en faveur de l'aménagement du territoire, de la protection de l'environnement et de la politique régionale. Si la commission est favorable à la formule d'une régie allégée, elle est en revanche opposée à sa transformation en société anonyme ou en holding de droit privé.