Wie bereits 1988 bei der Gesamtverkehrskonzeption konnte sich die SVP auch beim Energieartikel nicht zu einer Unterstützung der Vorlage ihres eigenen Bundesrates durchringen. An der Delegiertenversammlung der SVP in Einsiedeln standen 97 Befürworter genau 97 Gegnern, unter Anführung von Nationalrat Blocher (ZH), gegenüber, worauf die Stimmfreigabe beschlossen wurde. Freilich gaben wichtige Kantonalsektionen, darunter diejenigen von Aargau, Bern und Graubünden, die Ja-Parole aus. Die beiden Atominitiativen (Ausstieg aus der Atomenergie, Moratorium) wurden von den Delegierten mit überwältigendem Mehr zur Ablehnung empfohlen, nur für die Revision des Strassenverkehrsgesetzes wurde die Ja-Parole beschlossen. Zum Abstimmungspaket im Frühling gab die SVP die Ja-Parolen zum Rebbaubeschluss und zur Revision der Bundesrechtspflege heraus, empfahl hingegen alle Strassenbauinitiativen (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon, «Stopp dem Beton») zur Ablehnung.

Bei den eidgenössischen Abstimungen unterstützte die SVP das Stimm- und Wahlrechtsalter 18, die Militärstrafgesetzreform sowie die Bundesfinanzreform; letztere wurde aber von den Kantonalsektionen Zürich, Bern, Freiburg und Tessin abgelehnt. Einig war sich die Partei in der Ablehnung der Initiative zur Förderung des öffentlichen Verkehrs. Die Jungpartei gab dagegen die Ja-Parole zur SBB-Initiative und die Nein-Parole zur Barras-Reform, welche ihr zuwenig weit ging, heraus.
Zur Militärstrafgesetzreform hatten die zürcherische SVP, der die Reform zu weit ging, und die waadtländische Sektion auch eine abweichende Parole herausgegeben.

Entgegen einer Mehrheit der SVP-Fraktion und dem wiederum als prominentesten Gegner in Erscheinung getretenen Nationalrat Blocher befürwortete der Parteikongress den IWF-Beitritt. Die SVP-Delegierten verwarfen hingegen die Parlamentsreform en bloc – nach Meinung der Mehrheit führten die Reformen in Richtung eines Berufsparlaments –, obwohl der Zentralvorstand ein Ja empfohlen hatte. Die Berner Kantonalsektion und die Junge SVP fassten jedoch die Ja-Parole für die drei Vorlagen der Parlamentsreform.

Die unterschiedlichen Meinungen in der Partei in bezug auf die Integrationspolitik kam noch deutlicher als im Vorjahr zum Vorschein. Während die Zürcher Sektion schon zu Beginn des Jahres an ihrer traditionellen Albisgüetlitagung zum Widerstand gegen EWR- und EG-Beitritt aufrief und ihre Nein-Parole zum EWR noch vor dem Parolenbeschluss der nationalen Partei fasste, wurde die Kritik am Zürcher Parteipräsidenten Blocher seitens der SVP-Vertreter aus der Romandie und dem Kanton Bern immer lauter. Dabei visierte diese parteiinterne Kritik nicht nur die Haltung Blochers zum EWR an, sondern auch seine als populistisch und nicht konstruktiv taxierte Kampagne. Da Blocher von den Medien zum massgeblichen Repräsentanten der SVP hochstilisiert werde, gefährde er damit auch die Position der SVP als Regierungspartei.
Die interne Polarisierung bezüglich eines EWR-Beitritts ging bei keiner anderen Partei so weit wie bei der SVP. Am Parteitag in Bern, an welchem Bundesrat Ogi den EWR gegen Nationalrat Blocher verteidigte, entschieden sich die Delegierten mit 289 zu 119 Stimmen gegen den EWR, nachdem schon der Parteivorstand das Vertragswerk mit 28 zu 19 Stimmen abgelehnt hatte. Damit war die SVP die einzige Regierungspartei, welche den EWR bekämpfte; die Berner und Waadtländer Sektionen fassten trotzdem die Ja-Parole, während die jurassische SVP Stimmfreigabe beschloss.
Nach der Ablehnung des EWR-Vertrags durch Volk und Stände beabsichtigte Blocher, an einer Pressekonferenz stellvertretend für die SVP Zukunftsvorstellungen für den Alleingang zu präsentieren, musste dies jedoch zusammen mit der Parteileitung tun, da letztere ihm das Feld nicht allein überlassen wollte. Die Vorschläge wurden allerdings sowohl von den andern Regierungsparteien als auch von internen Opponenten als Gemeinplätze kritisiert, durch welche sich die SVP aus der Verantwortung zu stehlen versuche.

Zu den eidgenössischen Abstimmungen empfahl die SVP dieselben Parolen wie die FDP und die CVP. Sehr knapp fiel der Entscheid für den Kantonswechsel des Laufentals aus. Abweichungen ergaben sich bei den Kantonalparteien vor allem bei den Vorlagen zur Mehrwertsteuer, insbesondere bei der Satzerhöhung und den Massnahmen zur Erhaltung der Sozialversicherung.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen wich die SVP bei vier Vorlagen von Bundesrat und Parlament ab, darunter dem Kulturartikel und den Blauhelmen. Das Nein zum Kulturartikel entstand jedoch nur mit Zufallsmehr. Bei den Blauhelmen wichen fünf und beim Kulturförderungsartikel neun Kantonalparteien (von insgesamt 19) von der Mutterpartei ab und stimmten damit für den Parlamentsbeschluss. Als einzige Regierungspartei lehnte die SVP Schweiz auch die leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe und - allerdings wiederum nur durch Zufallsmehr - das Krankenversicherungsgesetz ab. Dem Verbot der Rassendiskriminierung stimmte sie klar zu, sieben Kantonalsektionen lehnten es jedoch ab.