Wie bereits 1988 bei der Gesamtverkehrskonzeption konnte sich die SVP auch beim Energieartikel nicht zu einer Unterstützung der Vorlage ihres eigenen Bundesrates durchringen. An der Delegiertenversammlung der SVP in Einsiedeln standen 97 Befürworter genau 97 Gegnern, unter Anführung von Nationalrat Christoph Blocher (ZH), gegenüber, worauf die Stimmfreigabe beschlossen wurde. Freilich gaben wichtige Kantonalsektionen, darunter diejenigen von Aargau, Bern und Graubünden, die Ja-Parole aus. Die beiden Atominitiativen (Ausstieg aus der Atomenergie, Stopp dem Atomkraftwerkbau (Moratorium)) wurden von den Delegierten mit überwältigendem Mehr zur Ablehnung empfohlen, nur für die Revision des Strassenverkehrsgesetzes wurde die Ja-Parole beschlossen. Zum Abstimmungspaket im Frühling gab die SVP die Ja-Parolen zum Rebbaubeschluss und zur Revision der Bundesrechtspflege heraus, empfahl hingegen alle Strassenbauinitiativen (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon, «Stopp dem Beton») zur Ablehnung.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen unterstützte die SVP das Stimm- und Wahlrechtsalter 18, die Militärstrafgesetzreform (MstG) sowie die Bundesfinanzreform; letztere wurde aber von den Kantonalsektionen Zürich, Bern, Freiburg und Tessin abgelehnt. Einig war sich die Partei in der Ablehnung der Initiative zur Förderung des öffentlichen Verkehrs. Die Jungpartei gab dagegen die Ja-Parole zur SBB-Initiative und die Nein-Parole zur Barras-Reform, welche ihr zuwenig weit ging, heraus. Zur Militärstrafgesetzreform hatten die zürcherische SVP, der die Reform zu weit ging, und die waadtländische Sektion auch eine abweichende Parole herausgegeben.