Während des ganzen Jahres verhandelte die Schweiz mit der EU über den Themenkomplex «gleichwertige Massnahmen» von wichtigen Nicht-EU-Mitgliedern zur Verhinderung der Steuerhinterziehung. Für die EU bedeutete dies – zumindest war dies ihre Verhandlungsposition – die Übernahme des für die EU beschlossenen gegenseitigen Informationsaustausches der Steuerbehörden durch die Schweiz, wobei sich diese Auskunftspflicht auf alle bei Banken geführten Konten von in der EU ansässigen natürlichen Personen erstrecken würde. Dabei schreckten die Finanzminister der EU und der für die Verhandlungen zuständige Kommissar Bolkestein auch nicht vor Sanktionsdrohungen gegen die Schweiz zurück. Der Bundesrat seinerseits hielt am Grundsatz fest, dass von der Schweiz bei blosser Steuerhinterziehung (im Gegensatz zum Steuerbetrug) keine Rechtshilfe (und schon gar keine rechtlich nicht anfechtbare Amtshilfe) geleistet wird. Er offerierte als seiner Ansicht nach gleichwertiges und sogar effizienteres Mittel zur Bekämpfung der Steuerhinterziehung weiterhin die Einführung einer Quellensteuer (QST) von bis zu 35 Prozent für Personen mit Wohnsitz in der EU nach dem Zahlstellenprinzip, an deren Erträgen die Wohnsitzstaaten partizipieren könnten. Die Verhandlungen, welche auch innerhalb der EU verschiedene Interessen zutage treten liessen, konnten 2002 noch nicht abgeschlossen werden.

Die im Rahmen der zweiten Bilateralen Verträge mit der EU geführten Verhandlungen über die grenzüberschreitende Information der Finanzämter über Bankkonten zur Verhinderung der Steuerhinterziehung machten im Berichtsjahr gewisse Fortschritte. Am 21. Januar einigten sich die Finanzminister der EU darauf, dass ab 2004 zwölf Staaten diese Informationen automatisch austauschen werden, und die drei übrigen (Belgien, Luxemburg und Österreich) eine Quellensteuer (QST) einführen, welche bis 2010 schrittweise auf 35 Prozent erhöht wird. Diese Quellensteuer als Alternative zur Meldepflicht entsprach den früher gemachten schweizerischen Vorschlägen. Damit waren die Türen für eine analoge Regelung mit der Schweiz geöffnet, welche dieser, wie auch Österreich und Luxemburg, die Beibehaltung des Bankgeheimnisses gegenüber den Fiskalbehörden erlauben würde. Nach den Vorstellungen der EU-Finanzminister sollten von der in der Schweiz auf Konten von natürlichen Personen mit Steuersitz in der EU erhobenen Quellensteuer mindestens 75 Prozent in den Wohnsitzstaat fliessen. Nachdem die Finanzminister der EU ihr Projekt im Juni definitiv verabschiedet hatten, ging es für die EU darum, neben der Schweiz auch andere Finanzplätze (Liechtenstein, Kanalinseln, USA etc.) für diese Regelung zu gewinnen, da die Schweiz die Gleichbehandlung aller in Frage kommender Finanzplätze verlangt hatte. Um die neue Steuereinnahmen generierenden Vorschriften so schnell wie möglich in Kraft zu setzen (ursprünglich geplant war der 1.1.2004), wünschte die EU die rasche Unterzeichnung eines entsprechenden Abkommens mit der Schweiz, da Österreich und Luxemburg ihre Unterschrift von derjenigen der Schweiz abhängig gemacht hatten. Dies stiess allerdings bei der schweizerischen Regierung auf wenig Gegenliebe. Diese stellte sich auf denselben Standpunkt wie die EU in den neunziger Jahren anlässlich der Verhandlungen über die ersten Bilateralen Verträge zwischen der EU und der Schweiz. Sie beharrte darauf, dass nicht einzelne Dossiers aus dem Paket herausgebrochen werden dürfen, sondern bei allen Dossiers der Verhandlungsrunde (u.a. dem Mitmachen der Schweiz beim Schengener- und beim Dubliner-Abkommen) eine Übereinkunft erzielt werden muss.

Der im Rahmen der zweiten Bilateralen Verträge mit der EU ausgehandelte Vertrag über die Zinsbesteuerung wurde vom Parlament in der Wintersession genehmigt. Dieser führt für in EU-Staaten wohnhafte natürliche Personen eine Quellensteuer (QST) auf Zinsen von Konten und verzinslichen Papieren bei Schweizer Banken ein. Der Steuersatz beträgt für die ersten drei Jahre nach Inkraftsetzung 15 Prozent, steigt in den anschliessenden drei Jahren auf 20 Prozent und erreicht danach den heute in der Schweiz bei Inländern geltenden Satz von 35 Prozent. Die Schweiz behält einen Viertel dieser Abgaben, der Rest geht an den Staat, in welchem die besteuerte Person niedergelassen ist. Der Bankkunde kann sich dieser Pauschalsteuer entziehen, indem er die Bank autorisiert, die Zinserträge an die Steuerbehörden seines Wohnsitzlandes zu melden. Im Nationalrat kritisierte die SVP das Abkommen zwar, da damit das Bankgeheimnis auf die Dauer nicht gesichert sei, sie zog aber ihren Nichteintretensantrag zurück. Gleichzeitig mit der Vertragsgenehmigung hiess das Parlament die dazu gehörende Ausführungsgesetzgebung, das neue Zinsbesteuerungsgesetz, gut. Dieses legt die Modalitäten fest, nach denen die Banken die Zinszahlungen bei den schweizerischen Behörden melden und die Zinssteuer abliefern müssen. Im Rahmen der Bilateralen II wurde auch ein Abkommen über die Betrugsbekämpfung zwischen der Schweiz und der EU abgeschlossen. Es erleichtert insbesondere bei Fällen von Warenschmuggel die Amtshilfe zwischen Zoll-, Steuer- und Justizbehörden. Während bei Betrugsfällen zur Umgehung der indirekten Steuern und Abgaben die Rechtshilfe (und damit die Aufhebung des Bankgeheimnisses) bereits jetzt möglich war, wird dies in Zukunft auch für die Abgabenhinterziehung gelten.

Das im Rahmen der zweiten Bilateralen Verträge mit der EU ausgehandelte Abkommen über die Zinsbesteuerung trat auf den 1. Juli in Kraft. Da das Referendum nur gegen den Beitritt der Schweiz zum Schengen/Dublin-Abkommen ergriffen worden war, fand zum Zinsbesteuerungsabkommen keine Volksabstimmung statt.

Das als Alternative zum Informationsaustausch zwischen den Steuerbehörden geschaffene Zinsbesteuerungsabkommen der Schweiz mit der EU gilt noch bis 2011. Da es einige Schlupflöcher und Umgehungsmöglichkeiten aufweist, meldete der EU-Steuerkommissar Leo Kovacs an, dass er bereits 2009 Verhandlungen innerhalb der EU, aber auch mit der Schweiz über eine Verschärfung aufnehmen möchte.