Der Nationalrat drückte seinen Unmut über den Staatsvertrag grundsätzlicher aus. In einem Ordnungsantrag forderte Caspar Baader (svp, BL) als Vertreter des bonusablehnenden Lagers, dass vor dem Staatsvertrag über zwei Ständeratsmotionen, die eine Regelung der Bonusfrage verlangen, zu befinden sei. Nur seine eigene Fraktion befürwortete geschlossen den Antrag. Ein Rückweisungsantrag Schelbert (gps, LU) verlangte vom Bundesrat die Aufhebung der Unterscheidung zwischen Steuerbetrug und Steuerhinterziehung auf dem Gesetzesweg sowie, damit einhergehend, die Verpflichtung der Banken auf eine Weissgeldstrategie. Der von einer überwiegenden Mehrheit der Grünen und einem Drittel der SVP-Fraktion gestützte Minderheitsantrag wurde mit 131 zu 32 Stimmen abgelehnt. In der Detailberatung wurden die Minderheitsanträge, die mit einer Ausnahme alle von Mitgliedern der SP-Fraktion stammten abgewiesen. Ein Minderheitsantrag stellte sich mit der Forderung, in der Referendumsfrage dem Ständerat zu folgen, gegen die nationalrätliche APK, die sich mit dem Stichentscheid ihres Präsidenten für eine Unterstellung des Abkommens unter das fakultative Staatsvertragsreferendum ausgesprochen hatte. Knapp, mit 97 zu 78 Stimmen, entschied der Nationalrat schliesslich im Sinn seiner Kommissionsmehrheit. Für das Referendum stimmten grossmehrheitlich die SVP, die SP und die Grünen, wobei 12 der 21 Stimmenthaltungen auf das Konto der Sozialdemokraten gingen. Der nun vorliegende Entwurf wurde in der Gesamtabstimmung mit 104 zu 76 Stimmen verworfen, was faktisch Nichteintreten bedeutete. Die Ablehnung der Vorlage kam mit den Stimmen der drei obgenannten Fraktionen zustande. Der Ständerat trat erneut ohne Gegenvorschlag auf das Geschäft ein, wies alle Anträge von Links-Grün zurück und genehmigte die Bundesratsvorlage diesmal mit 31 zu 9 Stimmen. Die nationalrätliche AKP empfahl der grossen Kammer mit 14 zu 12 Stimmen erneutes Nichteintreten, was das endgültige Aus der Vorlage bedeutet hätte. Der Rat folgte mit 132 zu 15 Stimmen, dem Antrag der Kommissionsminderheit aus CVP und FDP, erneut in die Detailberatung einzutreten. Die Mitglieder der SVP-Fraktion enthielten sich mehrheitlich der Stimme, deren 12 standen aber auch für Nichteintreten. Die Linke wiederholte ihre Minderheitsanträge der vorangehenden Detailberatung. Diese fanden im Rat erneut keine Mehrheit und die Unterstellung des Vertrags unter das fakultative Referendum hielt mit grossmehrheitlicher Unterstützung der SVP- und SP-Fraktionen sowie rund einem Drittel der grünen Stimmen stand.