Zur Verhinderung einer Zivil- und Strafrechtsklage gegen die für die schweizerische Volkswirtschaft als systemrelevant eingestufte UBS musste die Eidgenossenschaft 2008 und 2009 zusammen mit der SNB nicht nur finanziell massiv eingreifen, sondern sie sah sich auch gezwungen, 2009 und 2010 diverse Übereinkommen einzugehen. Im Februar 2009 hatte die UBS mit der US-Börsenaufsicht und dem Justizdepartement, aber ohne die amerikanische Steuerbehörde IRS, ein sogenanntes „deferred prosecution agreement“ abgeschlossen, um die Aussetzung eines Strafverfahrens zu erreichen. Neben Zahlungen verpflichtete die Bank sich zur Herausgabe von Kundendaten, was im Februar eine entsprechende Schutzverfügung der Finma nach Art. 25 und 26 des Bankengesetzes erzwang, in der diese die Herausgabe von rund 300 Datensätzen verfügte (und dadurch die in der Schweiz geltende Unterscheidung zwischen Steuerbetrug und Steuerhinterziehung relativierte).

Da das Agreement inhaltlich mit einem in Florida hängigen Zivilrechtsverfahren (John-Doe-Summons) verknüpft war, für welches die IRS das konkrete Durchsetzungsbegehren einzureichen drohte und das die UBS zur Herausgabe der Namen von 52'000 US-Kontoinhabern gezwungen hätte, musste der Bundesrat weitere Massnahmen ergreifen. Im August 2009 schloss er in einem Protokoll zum geltenden Doppelbesteuerungsabkommen (DBA) ein Abkommen ab. Die Schweiz verpflichtete sich darin zur Amtshilfe und damit zur Prüfung der Herausgabe der Daten von 4'450 US-Kunden der UBS. Nachdem das Bundesverwaltungsgericht – das bereits in einem Urteil am 8. Januar die Schutzverfügung der Finma als rechtswidrig beurteilt hatte und damit die PUK-Forderungen anheizte – am 21. Januar 2010 eine Beschwerde gegen das Abkommen guthiess und der Amtshilfe bei Verdacht auf fortgesetzter, schwerer Steuerhinterziehung (die überwiegende Mehrzahl der 4'450 Fälle) die Rechtsgrundlage entzog, musste nach einer Lösung gesucht werden, die es der Schweiz erlaubte, dem Abkommen gegenüber der USA nachzukommen, obschon sie mit der Datenlieferung das Bankgeheimnis verletzte. Als Notbehelf wurde das Amtshilfeabkommen schliesslich im März in einem Änderungsprotokoll als Staatsvertrag verankert und vorläufig angewendet, vorbehältlich der Genehmigung durch das Parlament. Damit wurde sichergestellt, dass die Behandlung der Amtshilfegesuche nicht ausgesetzt werden musste. Die Datenlieferung allerdings war erst nach dem entsprechenden Bundesbeschluss vorgesehen. 

Das Parlament befasste sich im Juni mit dem Geschäft. Die kleine Kammer sah sich als Erstrat vor das Dilemma gestellt, bei einer Annahme des Vertrags die Verletzung des Bankgeheimnisses und damit schweizerischen Rechts zu akzeptieren, bei einer Ablehnung aber eine völkerrechtlich verbindliche Vereinbarung zu missachten. Da im Fall einer Ablehnung politische, rechtliche und wirtschaftliche Retorsionsmassnahmen zu befürchten waren, votierte die Ratsmehrheit mit wenig Begeisterung und im Sinn einer Güterabwägung für eine Annahme des Vertrags. Zwei Vorbehalte gegenüber dem Abkommen gelangten als Minderheitsanträge zur Debatte. Sowohl der von einzelnen CVP-, SVP-, SP-, SVP-, und GPS-Ständeräten gestützte Antrag eines Rückwirkungsverbots als auch die Forderung der SP, den Vertrag dem fakultativen Referendum zu unterstellen, wurden mit 32 zu 10 bzw. 27 zu 13 Stimmen abgelehnt. In der Schlussabstimmung wurde die unveränderte Bundesratsvorlage nach fünfstündiger Debatte und gegen den Willen der Ratslinken mit 31 zu 12 Stimmen akzeptiert. 

Der Nationalrat drückte seinen Unmut über den Staatsvertrag grundsätzlicher aus. In einem Ordnungsantrag forderte Caspar Baader (svp, BL) als Vertreter des bonusablehnenden Lagers, dass vor dem Staatsvertrag über zwei Ständeratsmotionen, die eine Regelung der Bonusfrage verlangen, zu befinden sei. Nur seine eigene Fraktion befürwortete geschlossen den Antrag. Ein Rückweisungsantrag Schelbert (gps, LU) verlangte vom Bundesrat die Aufhebung der Unterscheidung zwischen Steuerbetrug und Steuerhinterziehung auf dem Gesetzesweg sowie, damit einhergehend, die Verpflichtung der Banken auf eine Weissgeldstrategie. Der von einer überwiegenden Mehrheit der Grünen und einem Drittel der SVP-Fraktion gestützte Minderheitsantrag wurde mit 131 zu 32 Stimmen abgelehnt. In der Detailberatung wurden die Minderheitsanträge, die mit einer Ausnahme alle von Mitgliedern der SP-Fraktion stammten abgewiesen. Ein Minderheitsantrag stellte sich mit der Forderung, in der Referendumsfrage dem Ständerat zu folgen, gegen die nationalrätliche APK, die sich mit dem Stichentscheid ihres Präsidenten für eine Unterstellung des Abkommens unter das fakultative Staatsvertragsreferendum ausgesprochen hatte. Knapp, mit 97 zu 78 Stimmen, entschied der Nationalrat schliesslich im Sinn seiner Kommissionsmehrheit. Für das Referendum stimmten grossmehrheitlich die SVP, die SP und die Grünen, wobei 12 der 21 Stimmenthaltungen auf das Konto der Sozialdemokraten gingen. Der nun vorliegende Entwurf wurde in der Gesamtabstimmung mit 104 zu 76 Stimmen verworfen, was faktisch Nichteintreten bedeutete. Die Ablehnung der Vorlage kam mit den Stimmen der drei obgenannten Fraktionen zustande. Der Ständerat trat erneut ohne Gegenvorschlag auf das Geschäft ein, wies alle Anträge von Links-Grün zurück und genehmigte die Bundesratsvorlage diesmal mit 31 zu 9 Stimmen. Die nationalrätliche AKP empfahl der grossen Kammer mit 14 zu 12 Stimmen erneutes Nichteintreten, was das endgültige Aus der Vorlage bedeutet hätte. Der Rat folgte mit 132 zu 15 Stimmen, dem Antrag der Kommissionsminderheit aus CVP und FDP, erneut in die Detailberatung einzutreten. Die Mitglieder der SVP-Fraktion enthielten sich mehrheitlich der Stimme, deren 12 standen aber auch für Nichteintreten. Die Linke wiederholte ihre Minderheitsanträge der vorangehenden Detailberatung. Diese fanden im Rat erneut keine Mehrheit und die Unterstellung des Vertrags unter das fakultative Referendum hielt mit grossmehrheitlicher Unterstützung der SVP- und SP-Fraktionen sowie rund einem Drittel der grünen Stimmen stand.

Nachdem die kleine Kammer ihrer Kommission gefolgt war und Festhalten beschlossen hatte, tat es ihr der Nationalrat gleich und schickte die Vorlage in die Einigungskonferenz. Diese beschloss mit 14 zu 11 Stimmen bei einer Enthaltung, den Staatsvertrag nicht dem Referendum zu unterstellen. Während der Ständerat der Einigungskonferenz diskussionslos folgte, stellte Nationalrätin Leutenegger Oberholzer (sp, BL) im Namen der SP-Fraktion Antrag auf Ablehnung. Mit 39 Stimmenthaltungen (knapp die Hälfte ihres Stimmenpotenzials) verhalf die SVP, welche die Unterstellung des Vertrags unter das Referendum vorerst unterstützt hatte, dem Geschäft schliesslich zum Durchbruch: Nicht ohne darauf hinzuweisen, dass ihr die Abwendung des Planungsbeschlusses mit seiner Boniregelung politisch wichtiger gewesen war als die Ablehnung des Staatsvertrags. Allerdings hatte die SVP ihre Zustimmung bereits vor der Debatte auch mit der Bedingung verknüpft, das fakultative Staatsvertragsreferendum neu zu regeln.

Im Februar 2009 hatte die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (Finma) unter Anwendung von Notrecht (Schutzverfügung nach Art. 25 und 26 Bankengesetz) eine Lieferung von 255 Kundendaten durch die UBS an die USA angeordnet. Damit sollte eine mögliche existenzbedrohende US-Strafklage gegen die UBS verhindert werden. Dieses Vorgehen wurde 2011 vom Bundesgericht gestützt, womit das erstinstanzliche Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom Januar 2010 hinfällig wurde. Im Nachgang der durch die Finma angeordneten Datenlieferung und unter dem starken Druck der USA (Zivilklage gegen die UBS) war der Bundesrat bereit, in einem Protokoll zum Doppelbesteuerungsabkommen (DBA) mit den USA die ungenaue Rechtslage des DBA zu präzisieren (September 2009). Danach sollte Amtshilfe (rückwirkend) auch bei fortgesetzter, schwerer Steuerhinterziehung möglich sein. Im konkreten Fall führte die Präzisierung zur Prüfung von Datenlieferungen von 4'450 UBS-Kunden, welche seit dem Jahr 2000 der fortgesetzten, schweren Steuerhinterziehung verdächtigt wurden. Das Bundesverwaltungsgericht hatte im Jahr 2010 eine Beschwerde gegen diesen Teil der neuen Regelung gutgeheissen. Es stellte fest, dass die rückwirkend geltende Auslegung der DBA-Regelung im Protokoll zum DBA einer Rechtsgrundlage entbehrte. Das Parlament hatte im September 2010 das mittlerweile als Staatsvertrag behandelte, völkerrechtlich geschlossene und bindende Protokoll zum DBA in Form eines einfachen Bundesbeschlusses widerwillig gutgeheissen. Dadurch wurde die Datenlieferung im Zusammenhang mit den 4'450 UBS-Kunden und deren Steuerhinterziehung ab 2000 legalisiert. Die allgemeine, nicht rückwirkende Anpassung des DBA (Amtshilfe bei Steuerhinterziehung) bedurfte keiner Zustimmung durch das Parlament und kann durch die Vertragsstaaten USA und Schweiz ratifiziert und per September 2009 in Kraft gesetzt werden, was allerdings bis Ende 2011 durch keine der Parteien erfolgte.