Dans le cadre de l’approbation par l’exécutif des avant-projets de raccordement aux tunnels NLFA du Lötschberg et du Gothard, la Confédération et le gouvernement du canton d’Uri ne sont pas parvenus à s’entendre sur le tracé de la NLFA dans la région Altdorf/Erstfeld. Le gouvernement uranais estimait que la variante «vallée» contredisait le plan directeur cantonal; il plaida pour la variante passant par le flanc de la montagne qu’il jugeait plus écologique. Le Conseil fédéral a ordonné une procédure de conciliation en mars. Suite à de nouvelles études, l’Office fédéral des transports (OFT) a maintenu la variante «vallée». Toutefois, l’Office a convenu que la population du canton d’Uri était déjà fortement incommodée par les effets du trafic routier et ferroviaire et que les NLFA seront une atteinte supplémentaire à la vallée inférieure de la Reuss. Il a donc proposé de créer un fonds d’un montant de plusieurs millions de francs, affecté à des améliorations dans les domaines de l’environnement et de l’aménagement du territoire. Le gouvernement d’Uri a vivement critiqué la décision de l’OFT, et une alliance uranaise, interpartis, s’est créée pour défendre le Conseil d’Etat d’Uri dans ses négociations avec la Confédération.

Devant la querelle sur le tracés du nouvel axe ferroviaire du Gothard entre le canton d'Uri (variante montagne) et l'administration fédérale et les CFF (variante plaine), le dossier a été transmis au début de l'année pour arbitrage à l'Office fédéral de l'aménagement du territoire (ARE). Ce dernier a rendu son expertise au Conseil fédéral, qui a opté pour le tracés de la ligne de chemin de fer par la vallée au niveau de la Reuss. Le gouvernement a choisi la variante "plaine", car elle présentait à ses yeux plus d'avantages du point de vue de l'exploitation et de la technique de construction ferroviaire que celle sous tunnel (variante "montagne") qu'avait proposé le canton d'Uri afin de réduire les nuisances pour la population et l'environnement. En outre, la variante "vallée" a également un atout supplémentaire en ce qui concerne l'équipement de la zone d'habitat. Le Conseil fédéral a estimé qu'il n'était pas judicieux de construire des tronçons qui pouvaient par la suite ne pas satisfaire aux exigences techniques posées par une liaison nord-sud performante. Selon lui, la variante du canton d'Uri n'aurait pas été à même de garantir les capacité des transports et le transfert du trafic routier de marchandises sur le rail. Elle imposait un tronçon en forme de goulet d'étranglement à l'entrée du tunnel d'Erstfeld et des virages trop serrés dans la montagne, ce qui conduirait à un ralentissement des trains et à une impossibilité de former des longs convois de marchandises (entre 750 et 1'500 mètres). La variante "plaine" a subi des changements par rapport à son concept initial; le viaduc au nord d'Altdorf a été abandonné après prise en compte des désagréments et pesée des intérêts. En remplacement, un tunnel a été évoqué. Toutefois, par rapport à sa décision, le Conseil fédéral a fait savoir que le tracés définitif pouvait encore être amélioré, notamment en ce qui concernait les tronçons réalisables dans 20 ou 30 ans.

Les réactions uranaises n'ont pas tardé; ses conseillers aux Etats Inderkum (pdc) et Stadler (pdc) ont déposé une interpellation pour une solution conciliée concernant le projet ferroviaire du Gothard. La population uranaise a exprimé son mécontentement en manifestant publiquement contre la décision fédérale et son soutien à la solution dans la montagne. De cette dernière est née une alliance supra-partisane pour un trafic dans la montagne, qui a lancé une initiative. En septembre, la Confédération a répondu à l'interpellation Inderkum en arguant que la variante tunnel avait été étudiée et qu'elle n'était pas un tracés optimal à cause des pertes de capacité qu'elle entraînait.

Le Conseil fédéral a mis à l’enquête la "variante plaine" dans le cadre du tracé des NLFA à Uri. Il n’en a pas fait de même avec la "variante montagne", car pour lui l’option plaine primait et il voulait aller de l’avant afin de tenir les délais. Un commencement rapide des travaux entre Altdorf et Erstfeld était crucial pour respecter les délais de la réalisation du tunnel de base du Gothard. Or, le risque d’un retard de deux ans, à cause de la longueur de la procédure dans le canton d’Uri, planait sur la mise en service des NLFA, prévue pour 2010-2011. La réponse des uranais (citoyens, communes, organisations de protection de l’environnement, associations et canton) à la variante plaine s’est soldée par 900 oppositions. Ces derniers ont réaffirmé leur préférence pour la variante montagne, à savoir un passage intégral ou partiel dans la montagne. Le tracé mis à l’enquête entre le tunnel de l’Axen à Flüelen et le portail du futur tunnel de base (au nord d’Erstfeld) prévoit de traverser Uri à l’air libre sur six ou sept kilomètres. La digue où circuleront les trains rapides sera beaucoup plus élevée que l’actuelle, atteignant six mètres de haut (plus de deux mètres de parois antibruit). Près d’Erstfeld, la plate-forme s’élargira de 60 mètres, car on y installera des voies d’attente où les futurs longs convois de marchandises (1,5 km) céderont la place aux trains voyageurs. La variante montagne a reçu un appui inattendu sous la forme des résultats d’une étude commandée par la Confédération. Ceux-ci estimaient les variantes partiellement ou entièrement souterraines (dans la montagne) comme "techniquement réalisables". Toutefois, les experts reconnaissaient qu’aucune conclusion définitive ne pouvait être tirée quant à la variante idéale et, que si ce tracé réduisait les nuisances, son financement coûterait entre CHF 550 et 700 millions de plus que la variante plaine. Sur base de ces résultats, la commission des transports du National a demandé au Conseil fédéral d’étudier l’intégration de ce tronçon dans le plan sectoriel. Le gouvernement pouvait encore le faire, car le financement du projet devait encore passer devant le parlement. Pendant ce temps, Peter Föhn (udc, SZ) a retiré son initiative parlementaire intitulée "Tracé de la NLFA dans le canton d’Uri. Variante montagne" (01.425). A la lumière de ce rapport et des oppositions lors de la mise à l’enquête, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait en tenir compte comme base de décision pour la suite des travaux.

A la lumière de la faisabilité d’un tracé entièrement souterrain dans le canton d’Uri, diverses variantes de la future NLFA ont été développées. Moritz Leuenberger et les représentants du gouvernement uranais se sont ensuite rencontrés, afin de plancher sur les avantages et les inconvénients techniques des différentes variantes, sur leurs conséquences financières et sur les effets sur la planification de la construction. Tenant compte des réclamations uranaises et de la nécessité de réduire les nuisances sonores et environnementales, le Conseil fédéral a décidé d’enterrer complètement la NLFA. La variante "montagne" – entièrement souterraine – remplaçait ainsi le projet initial à ciel ouvert dans la plaine de la Reuss au nord d’Altdorf (variante "plaine"). Ce nouveau tracé impliquait des modifications du projet dans la future bifurcation souterraine Uri Sud, ainsi que des investissements préalables de CHF 100 millions pour pouvoir continuer plus tard le tracés souterrain sans interruption de l’exploitation. Les travaux de construction du tunnel de base du Gothard ne seraient toutefois pas retardés par ces adaptations. Le Conseil fédéral a en outre renoncé à faire passer la jonction entre la ligne existante et le tunnel de base sous la rivière Schaechen. Avec la mise en service du nouveau tracé, les investissements supplémentaires de CHF 250 millions ne se justifiaient plus. La solution "montagne" se montera à CHF 2,2 milliards, soit un milliard de plus que dans la planification. Ce prolongement de la ligne de base sous le Gothard entraînera la construction de 23 kilomètres de tunnel supplémentaires entre Brunnen (SZ) et Erstfeld (UR). S’ajoutant aux 57 kilomètres prévus de Erstfeld à Bodio (TI), la transversale alpine atteindra la longueur record de 80 kilomètres sous terre. La sécurité des transports sera assurée par deux sorties de "secours" à Flüelen (UR) et Erstfeld. Ces aménagements à ciel ouvert ont été critiqués par le canton d’Uri. La SA AlpTransit Gothard a été chargée d’élaborer un nouveau projet de mise à l’enquête pour la liaison avec la ligne existante (Uri Sud). Le Conseil fédéral se prononcera définitivement en 2003. Mais avant, il devra présenter au parlement un crédit de planification, puis le message comportant le tracé définitif et son financement. Ce dernier tiendra compte du fait que le montant de CHF 2,2 milliards ne peut être financé dans le cadre légal prévu par les transversales alpines. La réalisation du tracé souterrain est prévue à partir de 2020 et sous réserve d’une éventuelle votation populaire. Pour le Conseil fédéral, il ne pouvait être question d’une réalisation anticipée – le gouvernement d’Uri souhaitait le début des travaux en 2012 et a continué de le réclamer plus tard –, car cela risquerait de compromettre d’autres projets tels que les NLFA déjà décidées, la 2ème étape de Rail 2000 ou les raccordements au réseau européen ferroviaire à grande vitesse.

Le projet amélioré de la NLFA dans le canton d’Uri (variante « montagne ») a été mis à l’enquête en début d’année. 360 oppositions sont parvenues à l’OFT. La plupart d’entre elles demandaient à ce que le projet de mise à l’enquête soit approuvé par étapes et que les voies de dépassement de Rynächt soient redimensionnées. Afin de pouvoir mettre en exploitation le tunnel de base du Gothard (TBG) à temps, l’OFT a décidé d'échelonner la procédure d’approbation des plans. Il acceptait ainsi la demande du canton d’Uri. L’avantage de cette démarche réside dans le fait que la construction de la section sud du portail du tunnel entre Erstfeld et Ried (TBG), moins controversée, pourra démarrer en 2004 et se terminer dans les délais en 2013. Cette section sera, pour l’essentiel, réalisée telle qu’elle a été projetée. Les principales réserves émises se limitaient aux dépôts intermédiaires des débris d’excavation ainsi qu’au plan des voies projeté pour Rynächt. La section nord et notamment la traversée de la rivière Schächen suscitaient, par contre, de fortes controverses. Bon nombre des recourants étaient favorables à la variante montagne, mais ils émettaient des réserves importantes quant au début des travaux agendés par le Conseil fédéral, à savoir dès 2020. En échelonnant, l’approbation de la mise à l’enquête de la partie nord entre Ried et Altdorf pourra être repoussée au plus tard jusqu’à 2007, sans que l’ouverture du TBG ne soit mise en danger. (Voir aussi ici.)