Après un appel d'offre commun effectué par Swissair, Finnair, SAS et Austrian Airlines pour l'achat de 239 appareils courts et moyens courriers en vue de renouveler leurs flottes et faire face à l'accroissement du trafic aérien, Swissair a procédé à la plus grosse commande de son histoire. Son choix s'est porté sur 52 Airbus A-320 et A-321 dont une moitié en commande ferme et l'autre en option. L'investissement total de Swissair se monte à quelque 2,4 milliards de francs.

Les négociations menées par la Suisse avec la CE sur l'EEE ou le transit alpin ont provoqué beaucoup d'inquiétudes pour Swissair. En effet, la CE avait lié l'inclusion de la Suisse dans le système aérien européen libéralisé à la réussite d'un traité sur le transit. Swissair a ainsi pressé le gouvernement de parvenir à un accord sur ces deux dossiers, afin de pouvoir éviter de souffrir de discriminations dans le système de concurrence qui se met en place. L'aboutissement des négociations a réjoui Swissair, qui a entendu soutenir une adhésion de la Suisse à la CE.

Face à cette concurrence accrue, Swissair, Austrian Airlines et Scandinavian Airlines ont décidé d'intensifier leur coopération afin de réduire les frais et améliorer la pénétration sur les marchés, mais elles ont exclu l'idée de fusion à court terme.

Le refus du souverain du traité EEE a créé des difficultés pour Swissair qui s'est trouvée exclue de la libéralisation du ciel européen et victime de certaines discriminations. Seules les suites du traité sur le transit, dont la mise en vigueur est la condition pour qu'un accord soit recherché entre la Suisse et la CE dans le domaine du trafic aérien, pourraient permettre à Swissair de bénéficier de conditions de concurrence comparables aux autres compagnies européennes. Après la votation, le Conseil fédéral a d'ailleurs décidé d'entamer des négociations bilatérales avec la CE pour y parvenir.