La seconde étape de Rail 2000 a excité les appétits. Les différents acteurs ont chacun cherché à vendre leur projet auprès de l’OFT : Neuchâtel aimerait bien relier La Chaux-de-Fonds par un métro, le Tessin zieute sur une voie rapide avec Milan, la Suisse centrale défend son S-Bahn, les cantons du nord-ouest (BS, BL, AG, SO et JU) voudraient développer leur nœud ferroviaire. Dans ce contexte, les CFF se sont prononcés en faveur la réalisation du tronçon de 24 kilomètres entre Liestal et Aarau, dont la construction du tunnel du Wisen. Ils ont également développé un vaste projet prévoyant des réductions de temps de parcours considérables, un étoffement du trafic ferroviaire et la mise en place de systèmes RER dans toute la Suisse. A la lumière des demandes de cantons et de chemins de fer qui sont arrivées à l’OFT, les besoins d’investissements se montaient à CHF 40 milliards, soit quatre fois plus que les moyens à disposition. Le crédit proprement dit de Rail 2000 est de CHF 5,9 milliards (votation de 1998 sur le financement des transports publics). A cela, il faut ajouter les fonds résiduels de la première étape de Rail 2000 (CHF 1 à 2 milliards), les fonds réservés aux raccordements au trafic à grande vitesse (CHF 1,2 milliards), les ressources du budget ordinaire (CHF 1,5 à 2,5 milliards, notamment au titre de la convention sur les prestations et du plafond de dépenses accordées aux CFF par la Confédération). Afin de baisser les prétentions et les optimiser, l’OFT a mis en place dès août des auditions. L’enveloppe budgétaire devait toutefois être revue à la baisse à cause des surcoûts du chantier de Sedrun dans le cadre de la construction du tunnel du Gothard. Les dépassements de la facture bloqueront les crédits pour la deuxième étape de Rail 2000 (2005-2008). Pendant cette période, la totalité du Fonds pour les grands projets ferroviaire sera consacré au NLFA. La seconde étape de Rail 2000 sera donc redimensionnée à CHF 5,9 milliards et devra être adaptée durant cette période de ralentissement.