La seconde étape de Rail 2000 a excité les appétits. Les différents acteurs ont chacun cherché à vendre leur projet auprès de l’OFT : Neuchâtel aimerait bien relier La Chaux-de-Fonds par un métro, le Tessin zieute sur une voie rapide avec Milan, la Suisse centrale défend son S-Bahn, les cantons du nord-ouest (BS, BL, AG, SO et JU) voudraient développer leur nœud ferroviaire. Dans ce contexte, les CFF se sont prononcés en faveur la réalisation du tronçon de 24 kilomètres entre Liestal et Aarau, dont la construction du tunnel du Wisen. Ils ont également développé un vaste projet prévoyant des réductions de temps de parcours considérables, un étoffement du trafic ferroviaire et la mise en place de systèmes RER dans toute la Suisse. A la lumière des demandes de cantons et de chemins de fer qui sont arrivées à l’OFT, les besoins d’investissements se montaient à CHF 40 milliards, soit quatre fois plus que les moyens à disposition. Le crédit proprement dit de Rail 2000 est de CHF 5,9 milliards (votation de 1998 sur le financement des transports publics). A cela, il faut ajouter les fonds résiduels de la première étape de Rail 2000 (CHF 1 à 2 milliards), les fonds réservés aux raccordements au trafic à grande vitesse (CHF 1,2 milliards), les ressources du budget ordinaire (CHF 1,5 à 2,5 milliards, notamment au titre de la convention sur les prestations et du plafond de dépenses accordées aux CFF par la Confédération). Afin de baisser les prétentions et les optimiser, l’OFT a mis en place dès août des auditions. L’enveloppe budgétaire devait toutefois être revue à la baisse à cause des surcoûts du chantier de Sedrun dans le cadre de la construction du tunnel du Gothard. Les dépassements de la facture bloqueront les crédits pour la deuxième étape de Rail 2000 (2005-2008). Pendant cette période, la totalité du Fonds pour les grands projets ferroviaire sera consacré au NLFA. La seconde étape de Rail 2000 sera donc redimensionnée à CHF 5,9 milliards et devra être adaptée durant cette période de ralentissement.

L'OFT a présenté l'avant-projet de la deuxième étape du programme Rail 2000. Les CFF avaient été chargés par la Confédération de déterminer avec les cantons et les entreprises de transport concessionnaires les éléments devant être réalisés dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000. L'avant-projet prévoit de créer des capacités supplémentaires pour le trafic marchandises sur l'axe nord-sud. Sa principale nouveauté se situe dans l'objectif d'introduire la cadence semi-horaire pour le trafic voyageurs sur l'ensemble du réseau de base. L'OFT a mis auprès des cantons et de l'Union des transports publics (UTP) deux variantes en préconsultation. La première variante, baptisée "Smart Light", prévoit une cadence semi-horaire intégrale dans le réseau de base. Entre Berne et Zurich, le rythme de correspondance passera au quart d'heure. Saint Gall deviendra un nœud complet, au même titre que Zurich et, au terme de la première étape, Berne et Bâle. Le trajet entre Zurich et Bienne sera réduit à un peu plus d'une heure, avec de bonnes correspondances à la clé. La deuxième variante, nommée "Core", complète "Smart Light" en raccourcissant les trajets entre Zurich et Lausanne aussi bien par Berne que par la ligne du pied du Jura. Avec ce deuxième programme, Lausanne deviendrait un nœud ferroviaire complet aux minutes 00/30. Telle qu'elle est proposée, la deuxième étape de Rail 2000 devrait coûter entre CHF 4,5 ou 5,5 milliards selon la variante qui sera retenue. Un crédit de CHF 5,9 milliards est disponible: CHF 4 milliards pour mettre en œuvre le projet national sur de longues distances et le solde de CHF 1,9 milliard pour les besoins régionaux particuliers. L'OFT a justifié sa priorité au "Triangle d'or" Bâle-Berne-Zurich dans la deuxième étape de Rail 2000. Dans une optique de rentabilité, les deux variantes renforcent les transports publics là où la demande est la plus forte et où les potentialités du marché sont les meilleures. Le poids déterminant accordé aux tronçons ayant le plus grand volume de trafic sera toutefois compensé par des investissement dans les régions. Sur les CHF 5,9 milliards, CHF 1,9 milliard seront affectés à la réalisation et au développement de systèmes RER à Bâle, Berne, Lausanne/Genève, Lucerne, St Gall et au Tessin. Le trafic régional, bien que l'OFT concédait son importance sociale et écologique, est le grand perdant de la deuxième étape de Rail 2000. Le problème est qu'il n'est pas rentable. Ainsi, pour les régions décentrées, Rail 2000 se bornera à maintenir le niveau de desserte et à bien les intégrer dans le réseau national. Si les cantons désirent une offre supplémentaire, ils devront la financer. L'OFT voulait séparer, selon des critères fonctionnels, le réseau ferroviaire entre réseau de base et national, dont la Confédération est seule responsable, et réseau complémentaire, du ressort du canton et des "régions de transport".

Se penchant sur le projet d’offre de base proposé par les CFF dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000, l’OFT l’a jugé trop cher. De plus, ce projet, même s’il constituait un pas dans la bonne direction, n’atteignait pas complètement les objectifs de politique des transports fixés par la Confédération. L’offre ne tenait pas assez compte de l’équilibre régional. Les CFF ont donc reçu mandat de l’office d’améliorer ce projet pour la fin de février 2003.