Seit dem Verbot der phosphathaltigen Waschmittel hat sich die Situation für die überdüngten Gewässer noch nicht wesentlich verbessert, und die Phosphatbelastung durch die Landwirtschaft bleibt weiterhin das Hauptproblem. Als prioritäre Massnahme wird schon seit Jahren die Sanierung von zu klein dimensionierten oder undichten Jauchegruben gefordert, da viele Bauern wegen ungenügender Lagerkapazitäten ihren Hofdünger trotz Verbot während der Vegetationsruhe ausbringen. Als Folge verseucht durchgesickertes Nitrat das Grundwasser, und abgeschwemmter Phosphor überdüngt Seen und Flüsse. Die totalen Sanierungskosten der gut 50'000 unzulänglichen Gruben werden auf knapp CHF 2 Mia. geschätzt, woran sich der Bund nach Vorschlag des BUS mit 30 Prozent beteiligen soll. Das Finanzdepartement lehnte es allerdings ab, die Sanierung von Hofdüngeranlagen im Talgebiet zu subventionieren (gut 30'000 betroffene Betriebe). Hingegen können aufgrund einer Anderung der Bodenverbesserungsverordnung neu nicht nur Sanierungen im Berggebiet, sondern auch in der voralpinen Hügelzone mit Bundesbeiträgen unterstützt werden.