Noch vor dem Abschluss dieser Beratungen gab der Bundesrat seinen Entwurf für ein eigentliches Transplantationsgesetz in die Vernehmlassung. Es betrifft Bereiche, die bisher von Kanton zu Kanton verschieden oder gar nicht geregelt waren. Bei der Xenotransplantation, der Erfordernis der Zustimmung einer Bundesstelle für die Transplantation embryonaler oder fötaler menschlicher Gewebe oder Zellen sowie die im Detail geregelte Frage der „gerechten“ Zuteilung der Organe betritt die Vorlage im internationalen Vergleich Neuland.
Für die Organspende von Verstorbenen stellte der Bundesrat drei Modelle der Zustimmung bzw. Verweigerung zur Diskussion: die enge oder erweiterte Zustimmungslösung, die enge oder erweiterte Widerspruchslösung sowie die Informationslösung. Beim ersten Modell dürfen einer verstorbenen Person Organe, Gewebe oder Zellen entnommen werden, wenn diese zu Lebzeiten eine entsprechende Erklärung abgegeben hat (enge Zustimmungslösung). Eine Organentnahme ist zudem zulässig, wenn die Angehörigen ihr zustimmen (erweiterte Zustimmungslösung). Sind keine Angehörigen vorhanden oder erreichbar, ist die Entnahme untersagt. Beim zweiten, bereits in der Mehrheit der Kantone geltenden Modell dürfen einem Verstorbenen Organe entnommen werden, wenn er einer Entnahme zu Lebzeiten nicht widersprochen hat (enge Widerspruchslösung) und wenn sie auch die Angehörigen nicht ablehnen (erweiterte Widerspruchslösung). Das Fehlen einer Erklärung zur Spende wird in diesem Modell als Zustimmung gewertet. Bei der Informationslösung würden, falls weder eine Zustimmung noch ein Widerspruch der verstorbenen Person vorliegt, die Angehörigen über die Möglichkeiten einer Organentnahme informiert; falls sie sich nicht innerhalb einer gewissen Frist dagegen verwahren, darf diese vorgenommen werden.
Zur Bestimmung des Todeszeitpunktes stellt der Entwurf auf das Kriterium des Hirntodes ab. Bei den Lebendspenden verlangt er keine besondere (familiäre) Beziehung zwischen spendender und empfangender Person, doch muss die Bewilligung durch ein unabhängiges Gremium erfolgen, um Missbräuche (beispielsweise finanzielle Anreize) zu verhindern. Bei urteilsunfähigen Personen soll eine Lebendspende grundsätzlich verboten sein. Bewilligungspflichtig ist zudem die Xenotransplantation gemäss den vom Parlament bereits beschlossenen Bedingungen.
Aufgrund des Organmangels kommt der Zuteilung der Transplantate besondere Bedeutung zu. Der Gesetzesentwurf versucht, diese Frage nach ethischen Prinzipien zu regeln. Nicht Herkunft, Geschlecht oder wirtschaftliche Verhältnisse dürfen massgebend sein, sondern allein die medizinische Dringlichkeit, die Gewebeverträglichkeit, die medizinische Prognose und die Wartezeit. Die Zuteilung soll nicht mehr durch die einzelnen Transplantationszentren, sondern immer zentral und patientenspezifisch durch die nationale Zuteilungsstelle erfolgen. Eine vom Bund einzusetzende Transplantationskommission soll die Einhaltung der Vorschriften über die Aufnahme in die Wartelisten und die Zuteilung von Organen kontrollieren.
Schliesslich sieht der Gesetzesentwurf eine bundesrätliche Bewilligung für den Betrieb von Transplantationszentren vor. In der Schweiz werden heute in Basel, Bern, Genf, Lausanne, St. Gallen und Zürich Organverpflanzungen durchgeführt. Gemäss dem erläuternden Bericht des Bundesrates wäre aus Kosten- und Qualitätsgründen eine Beschränkung auf ein bis drei Zentren von Vorteil. Auch die Konzentration von Herz-, Lungen- und Lebertransplantationen auf je einen Standort wäre denkbar.