Noch vor dem Abschluss dieser Beratungen gab der Bundesrat seinen Entwurf für ein eigentliches Transplantationsgesetz in die Vernehmlassung. Es betrifft Bereiche, die bisher von Kanton zu Kanton verschieden oder gar nicht geregelt waren. Bei der Xenotransplantation, der Erfordernis der Zustimmung einer Bundesstelle für die Transplantation embryonaler oder fötaler menschlicher Gewebe oder Zellen sowie die im Detail geregelte Frage der „gerechten“ Zuteilung der Organe betritt die Vorlage im internationalen Vergleich Neuland.

Für die Organspende von Verstorbenen stellte der Bundesrat drei Modelle der Zustimmung bzw. Verweigerung zur Diskussion: die enge oder erweiterte Zustimmungslösung, die enge oder erweiterte Widerspruchslösung sowie die Informationslösung. Beim ersten Modell dürfen einer verstorbenen Person Organe, Gewebe oder Zellen entnommen werden, wenn diese zu Lebzeiten eine entsprechende Erklärung abgegeben hat (enge Zustimmungslösung). Eine Organentnahme ist zudem zulässig, wenn die Angehörigen ihr zustimmen (erweiterte Zustimmungslösung). Sind keine Angehörigen vorhanden oder erreichbar, ist die Entnahme untersagt. Beim zweiten, bereits in der Mehrheit der Kantone geltenden Modell dürfen einem Verstorbenen Organe entnommen werden, wenn er einer Entnahme zu Lebzeiten nicht widersprochen hat (enge Widerspruchslösung) und wenn sie auch die Angehörigen nicht ablehnen (erweiterte Widerspruchslösung). Das Fehlen einer Erklärung zur Spende wird in diesem Modell als Zustimmung gewertet. Bei der Informationslösung würden, falls weder eine Zustimmung noch ein Widerspruch der verstorbenen Person vorliegt, die Angehörigen über die Möglichkeiten einer Organentnahme informiert; falls sie sich nicht innerhalb einer gewissen Frist dagegen verwahren, darf diese vorgenommen werden.

Zur Bestimmung des Todeszeitpunktes stellt der Entwurf auf das Kriterium des Hirntodes ab. Bei den Lebendspenden verlangt er keine besondere (familiäre) Beziehung zwischen spendender und empfangender Person, doch muss die Bewilligung durch ein unabhängiges Gremium erfolgen, um Missbräuche (beispielsweise finanzielle Anreize) zu verhindern. Bei urteilsunfähigen Personen soll eine Lebendspende grundsätzlich verboten sein. Bewilligungspflichtig ist zudem die Xenotransplantation gemäss den vom Parlament bereits beschlossenen Bedingungen.

Aufgrund des Organmangels kommt der Zuteilung der Transplantate besondere Bedeutung zu. Der Gesetzesentwurf versucht, diese Frage nach ethischen Prinzipien zu regeln. Nicht Herkunft, Geschlecht oder wirtschaftliche Verhältnisse dürfen massgebend sein, sondern allein die medizinische Dringlichkeit, die Gewebeverträglichkeit, die medizinische Prognose und die Wartezeit. Die Zuteilung soll nicht mehr durch die einzelnen Transplantationszentren, sondern immer zentral und patientenspezifisch durch die nationale Zuteilungsstelle erfolgen. Eine vom Bund einzusetzende Transplantationskommission soll die Einhaltung der Vorschriften über die Aufnahme in die Wartelisten und die Zuteilung von Organen kontrollieren.

Schliesslich sieht der Gesetzesentwurf eine bundesrätliche Bewilligung für den Betrieb von Transplantationszentren vor. In der Schweiz werden heute in Basel, Bern, Genf, Lausanne, St. Gallen und Zürich Organverpflanzungen durchgeführt. Gemäss dem erläuternden Bericht des Bundesrates wäre aus Kosten- und Qualitätsgründen eine Beschränkung auf ein bis drei Zentren von Vorteil. Auch die Konzentration von Herz-, Lungen- und Lebertransplantationen auf je einen Standort wäre denkbar.

In der Vernehmlassung sprachen sich die Teilnehmer mehrheitlich für das vorgeschlagene Transplantationsgesetz aus, insbesondere die SP und die CVP. Einzelne Kantone, die Ärzteschaft und die „Swisstransplant“, die Organisation, die seit Jahren die Organspende koordiniert, meldeten aber Bedenken gegenüber der vom Bundesrat vorgesehenen zentralen Zuteilung der Organe an. Ihrer Ansicht nach, die von der FDP gestützt wurde, sollte nicht die medizinische Dringlichkeit der Transplantation als Kriterium gelten, sondern eine von den behandelnden Ärzten vorgenommene Abwägung zwischen Risiken und Chancen. Zudem kritisierten sie, der Gesetzesvorschlag gehe mit seinen verfahrenstechnischen Vorschriften zu sehr in Details, greife der medizinischen Forschung vor und verbaue damit den Fortschritt. Eine im Auftrag des Centre patronal erstellte Studie rechnete zudem vor, dass die Zentralisierung beim Bund wegen des hohen Verwaltungsaufwands die Kosten einer Transplantation um durchschnittlich 18'000 Fr. verteuern würde

Im November fällte der Bundesrat erste Entscheide in Bezug auf das Gesetz. Von den zwei zur Diskussion gestellten Zustimmungsmodellen für die Entnahme von Organen Verstorbener entschied er sich für die Variante der erweiterten Zustimmungslösung, bei der entweder die verstorbene Person zu Lebzeiten oder deren Angehörige nach dem Tod ausdrücklich der Organentnahme zustimmen müssen. Zu den Fragen der zentralen Zuteilung der Organe, der Verwendung von embryonalen oder fötalen Geweben und Zellen sowie zur Xenotransplantation wollte sich der Bundesrat hingegen noch nicht abschliessend äussern.

Wegen der ethisch heiklen Problematik, die sich aus dem Umstand ergibt, dass Organe von zwar hirntoten, ansonsten aber noch lebenden Personen zu Transplantationszwecken entnommen werden, wurde erstmals vor einer neuen Gesetzgebung ein Bürgerpanel gebildet. Das vom Zentrum für Technologiefolgeabschätzung einberufene Publiforum (eine heterogen zusammengesetzte Laiengruppe aus 28 Teilnehmenden) beschäftigte sich in mehrtägigen intensiven Debatten mit dem Thema und brachte seine Schlussfolgerungen den für die Vorberatung des Gesetzes vorgesehenen parlamentarischen Kommissionen zur Kenntnis. Die Forumsteilnehmer stimmten den Plänen des Bundesrates mehrheitlich zu, verlangten aber eine eingehende psychologische Unterstützung der Angehörigen und der Organempfänger. Um insbesondere die Angehörigen zu entlasten, schlug das Panel langfristig die Einführung der strengen Zustimmungsregelung vor (zwingende Zustimmung des Betroffenen selber). Bei der Xenotransplantation verlangte das Forum zwar kein Moratorium, aber die intensive Förderung anderer Ansätze

Mitte September verabschiedete der Bundesrat seinen Gesetzesentwurf für ein Transplantationsgesetz, den er unter die Stichworte „Gerechtigkeit und Transparenz“ stellte. Strikt verboten wird der Handel mit menschlichen Organen, Geweben und Zellen; die Spende menschlicher Organe muss unentgeltlich erfolgen. Für die Organentnahme bei hirntoten Personen soll die sogenannte erweiterte Zustimmungslösung gelten (Einwilligung des Spenders resp. der nächsten Angehörigen). Die Zuteilung der Organe soll zentral vorgenommen werden. Die Xenotransplantation wird gemäss dem Bundesbeschluss von 1999 geregelt. Da die Lebendspende im Gesetzesentwurf generell (und nicht nur subsidiär) sowie auch zwischen nicht verwandten Personen zugelassen wird, führt dies zu Vorbehalten gegenüber der Biomedizin-Konvention des Europarates, welche der Bundesrat dem Parlament parallel dazu zur Ratifikation zuleitete. Dabei handelt es sich um eines der bedeutendsten Übereinkommen des Europarates; es stellt Grundsätze zum Schutz des Menschen vor den Gefahren der modernen Medizin und Biotechnologie auf. In einem Zusatzprotokoll, das der Bundesrat ebenfalls ratifizieren will, wird das Klonen von Menschen verboten; dieses Verbot ist in der Bundesverfassung (Art. 119 Abs. 2 Lit. a) bereits verankert. (Die Regelung über die Xenotransplantation trat auf den 1.7.2001 in Kraft. Gemäss einer Studie des Zentrums für Technologienfolgen-Abschätzung sind die Vorbehalte gegenüber dieser Medizinaltechnologie berechtigt, da sie unsicher, ethisch umstritten und möglicherweise in einigen Jahren bereits überholt sei.)

Als erster behandelte der Nationalrat in der Wintersession den Vorschlag des Bundesrates zu einem Transplantationsgesetz, welches unter anderem den Bundesbeschluss von 1999 über Blut, Blutprodukte und Transplantate in ordentliches Recht überführt. Das Gesetz regelt den Umgang mit Organen, Geweben und Zellen menschlichen und tierischen Ursprungs und verbietet deren Handel. Voraussetzung für die Organspende ist die Zustimmung des Spenders oder, wenn dieser vor seinem Tod keinen Willen geäussert hat, jene seiner nächsten Angehörigen (erweiterte Zustimmungslösung). Der Rat trat oppositionslos auf die Vorlage ein. In der Detailberatung gab vor allem das von den Grünen beantragte Verbot der Xenotransplantation zu reden, resp. der Antrag der SP auf ein zehnjähriges Moratorium für die (einer Bewilligungspflicht unterstellten) Übertragung tierischer Organe, Gewebe und Zellen auf den Menschen. Der Antrag Graf (gp, BL) wurde mit 108 zu 25 Stimmen klar abgelehnt, die Moratoriumsanträge der SP im Verhältnis drei zu zwei. Unbestritten war die von der Kommission vorgenommene Verschärfung bei den Bestimmungen für die Lebendspende bei urteilsunfähigen Personen, ebenso die eingefügte Sicherstellung eines obligatorischen Versicherungsschutzes des Spenders. Lebhaft diskutiert wurde hingegen die bei der Organentnahme bei Verstorbenen wichtige Frage des Todeskriteriums. Eine Mehrheit folgte dem Bundesrat und definierte erstmals in einem Schweizer Gesetz den Tod. Demnach gilt ein Mensch als «tot, wenn die Funktionen seines Hirns einschliesslich des Hirnstamms irreversibel ausgefallen sind». Ebenfalls nicht unumstritten war der Antrag der Kommission, dass bei gleicher medizinischer Dringlichkeit Patientinnen und Patienten mit Wohnsitz in der Schweiz bei der Organzuteilung Vorrang vor im Ausland ansässigen Personen haben sollen. Trotz Opposition von Linken und Grünen wurde diese Bestimmung mit 80 zu 69 Stimmen angenommen. In der Gesamtabstimmung wurde das Gesetz mit 133 zu 5 Stimmen gutgeheissen.

Als Zweitrat befasste sich die kleine Kammer in der Sommersession mit dem Transplantationsgesetz. Ein Rückweisungsantrag Schmid (cvp, AI), der fand, das Gesetz baue eine unnötige Bürokratie auf und greife mit der Bestimmung, dass der Bund Transplantationszentren bestimmen kann, ungebührlich in die Kompetenz der Kantone ein, wurde mit 27 zu 10 Stimmen abgelehnt. In den zentralen Punkten der erweiterten Zustimmungslösung, der Todesdefinition, der Xenotransplantation und des Inländervorrangs folgte der Ständerat der grossen Kammer. Im Zweckartikel gab er dem Gesetz aber eine neue Richtung, indem er es nicht auf die Bekämpfung von Missbräuchen beschränkte, insbesondere die Vermeidung von Organhandel, sondern festschrieb, dass ein Ziel des Gesetzes auch die Förderung der Verfügbarkeit von Transplantaten sei. Die vom Nationalrat eingefügte Verpflichtung für den Bundesrat, ein zentrales Lebendspenderregister zu führen, um die gesundheitliche Nachsorge der Spender sicherzustellen, lehnte er ab, da er nicht eine weitere Bundesstelle schaffen wollte. Mit 22 zu 16 Stimmen und gegen den Willen von Bundesrat Couchepin, welcher die Auffassung vertrat, ein offizielles und deshalb vom Einzelnen nicht veränderbares Dokument sei nicht der richtige Ort dafür, beschloss er, dem Bundesrat die Kompetenz zu erteilen, einen Organspendervermerk im Fahrausweis vorzusehen. Ein Antrag Pfisterer (fdp, AG), bei der Zuteilung der Organe im Sinn der Reziprozität Personen zu bevorzugen, die einen Spenderausweis haben, wurde mit 23 zu 8 Stimmen abgelehnt, da damit die Freiwilligkeit der Spende eingeschränkt würde. Einstimmig wurde ein Minderheitsantrag angenommen, der für die Organzuteilung eine spezielle Rekursmöglichkeit schafft.

In der Herbstsession konnten die Differenzen bereinigt werden. In der Ausdehnung des Zweckartikels schloss sich der Nationalrat der kleinen Kammer an. Einen Organspendervermerk im Fahrausweis lehnte er hingegen als wesensfremd ab, worauf der Ständerat einer Formulierung zustimmte, wonach der Vermerk „auf einem geeigneten Dokument oder Datenträger“ angebracht werden kann, beispielsweise auf der geplanten Versichertenkarte. Auch in der Frage des Lebendspenderregisters setzte sich ein Kompromissvorschlag durch. Bei den Voraussetzungen, unter denen Kliniken die Erlaubnis erhalten, Transplantationen durchzuführen, wurden die Qualitätssicherungssysteme durch den Zusatz ergänzt, dass diese auch die Nachverfolgung des Gesundheitszustands der Spender sicherstellen müssen. Bei der vorerst von ihr bekämpften Bestimmung, wonach die Kontrollbehörde bei vermutetem Missbrauch zur Erfüllung ihrer Aufgaben auch Grundstücke, Betriebe, Räume und Fahrzeuge betreten, also Hausdurchsuchungen durchführen kann, schloss sich die kleine Kammer der grossen an. Das Gesetz wurde im Ständerat einstimmig und im Nationalrat mit 145 zu 10 Stimmen gutgeheissen. Die grüne Fraktion enthielt sich der Stimme, weil sie der Auffassung war, die erstmals in einem Gesetz verankerte Todesdefinition sei zu wenig vertieft diskutiert worden.

Das neue Transplantationsgesetz trat per 1. Juli 2007 in Kraft. Damit liegen für jeden Prozess von der Spende bis zur Transplantation einheitliche und klare Regelungen vor, die den Prinzipien der Gerechtigkeit und der Nichtdiskriminierung Rechnung tragen. In der Schweiz ist die Quote von verstorbenen Organspendern in den letzten Jahren gesunken. Pro Million Einwohner liegt sie bei 10,7 und damit weit unter dem europäischen Durchschnitt von 18,8. Hingegen nehmen die Lebendspenden vor allem innerhalb einer Familie ständig zu. Nach Meinung von Experten ist deshalb nicht der Spendewille verantwortlich für die vergleichsweise tiefen Quoten; vielmehr gelte es, verstorbene potenzielle Spender in den Spitälern zu erkennen. Mit Informationskampagnen, einer Verbesserung der Spender-Erkennung und der Betreuung von Angehörigen soll nun die Quote erhöht werden.