Der Bundesrat beschloss Ende Juni 2016 die Schaffung einer nationalen Menschenrechtsinstitution. Die neue Institution wird das 2011 als befristetes Pilotprojekt lancierte Schweizerische Kompetenzzentrum für Menschenrechte (SKMR) ablösen. Eine Evaluation des Pilotprojekts aus dem Jahr 2015 habe ergeben, dass ein Bedarf nach den Dienstleistungen des Kompetenzzentrums bestehe, so der Bundesrat in der entsprechenden Medienmitteilung. Wie das Pilotprojekt soll auch die neue Menschenrechtsinstitution universitär verankert werden und sowohl Empfehlungen an Behörden, die Zivilgesellschaft und den Privatsektor abgeben als auch eine Plattform zum Austausch für im Menschenrechtsbereich tätige Akteure bieten. Neben der freien Grundfinanzierung im Umfang von einer Million Franken jährlich aus der Bundeskasse – dieselben Mittel hatte der Bund bis anhin dem SKMR gewährt –, soll sich die Institution durch die Annahme von Dienstleistungsaufträgen finanzieren. Der Bundesrat beauftragte das EJPD und das EDA mit der Erarbeitung einer entsprechenden gesetzlichen Grundlage. Die Regierung kam damit einer seit langem erhobenen Forderung der UNO nach, eine unabhängige Institution für Menschenrechte zu etablieren. Die NZZ kommentierte denn auch, der Entschluss sei «zu einem Gutteil aussenpolitische Imagepflege», deren innenpolitischer Nutzen nicht über alle Zweifel erhaben sei.

Ende Juni 2017 eröffnete der Bundesrat die Vernehmlassung zum Vorentwurf des Bundesgesetzes über die Unterstützung der nationalen Menschenrechtsinstitution. Dieses bildet die gesetzliche Grundlage zur Ablösung des als Pilotprojekt konzipierten Schweizerischen Kompetenzzentrums für Menschenrechte (SKMR) durch eine dauerhafte nationale Menschenrechtsinstitution (NMRI). Das neue Gesetz stütze sich auf die positiven Erkenntnisse aus dem Pilotprojekt und behebe gleichzeitig die festgestellten Mängel, insbesondere bezüglich der Unabhängigkeit, wie sie in den «Pariser Prinzipien» genannten UNO-Standards für nationale Menschenrechtsinstitutionen gefordert werde, erläuterte der Bundesrat in einer Medienmitteilung. Die NMRI soll zu ihrer Finanzierung – im Gegensatz zum SKMR, bei dem der Bund bisher Leistungen im Umfang von rund einer Million Franken jährlich einkaufte – vom Bund Finanzhilfe im Sinne des Subventionsgesetzes im gleichen Umfang erhalten. Sie soll so unabhängig von den Bundesbehörden selbstständig Themen in ihrem Zuständigkeitsbereich aufgreifen und bearbeiten können.
In der Presse wurden zum Teil sehr kritische Töne angeschlagen, sowohl bezüglich der Kosten als auch des Nutzens der neuen Institution. Während die NZZ einmal mehr den Verdacht äusserte, die Schaffung der NMRI diene vor allem der aussenpolitischen Imagepflege, sahen die BaZ und «Weltwoche»-Herausgeber Roger Köppel (svp, ZH) darin «ein vom Bund finanziertes Propaganda-Instrument» für linke politische Anliegen. Der Tages-Anzeiger betonte hingegen die durch die Anbindung an die Universitäten vorwiegend wissenschaftliche Ausrichtung der Institution und ordnete die Schweizer NMRI angesichts ihrer bescheidenen Kompetenzen im internationalen Vergleich als «eher zahme Wächterin über die Menschenrechte» ein. Auch unter Experten herrschte Dissens bezüglich der Notwendigkeit einer solchen Institution, berichtete der Tages-Anzeiger weiter.

Rund zwei Jahre nach dem Beschluss des Bundesrates für die Schaffung einer nationalen Menschenrechtsinstitution (NMRI) und rund eineinhalb Jahre nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist zum entsprechenden Bundesgesetz fehlte von der neuen Institution «immer noch jede Spur», wie das St. Galler Tagblatt im Mai 2019 konstatierte. Schuld an der Verzögerung, so der einheitliche Tenor in der Presse, sei Aussenminister Ignazio Cassis, der das Projekt, das noch von seinem Vorgänger Didier Burkhalter aufgegleist worden war, nun «auf die lange Bank» schiebe, wie die NZZ titelte. Es wurde gemutmasst, der neue EDA-Vorsteher sei mit der in der Vernehmlassung vorgeschlagenen Version nicht zufrieden und plane die Entschlackung des Projekts, zumal nach den ablehnenden Stellungnahmen der SVP und der FDP die Chancen im Parlament nicht besonders gut stünden. Ausser Spekulationen blieben den beteiligten Akteuren mangels amtlicher Informationen allerdings nur wenige Möglichkeiten; das EDA liess gemäss St. Galler Tagblatt einzig verlauten, man arbeite an einer mit den Pariser Prinzipien konformen Institution, die voraussichtlich im Januar 2021 den Betrieb aufnehmen werde. «Man hält uns hin», beklagte sich Eugen David, Präsident des Beirats des Schweizerischen Kompetenzzentrums für Menschenrechte (SKMR) – immerhin des Pilotprojekts, das durch die NMRI abgelöst werden sollte – in der NZZ. Skepsis bezüglich der Fortführung des Projekts breitete sich allmählich nicht nur bei der SKMR und einigen Menschenrechtsorganisationen, sondern auch in parlamentarischen Kreisen aus. SP-Nationalrätin Yvonne Feri (sp, AG) fragte den Bundesrat mittels Interpellation (Ip. 19.3443), wie es um die Zukunft des SKMR stehe, dessen Pilotphase Ende 2020 ende, und wie die Regierung gedenke, einen bruchlosen Übergang zur neuen Institution sicherzustellen. Im Juni doppelte BDP-Ratskollegin Rosmarie Quadranti (bdp, ZH) mit einer Motion (Mo. 19.3610) nach und forderte den Bundesrat nachdrücklich auf, «die Gesetzesvorlage zur Schaffung einer nationalen Menschenrechtsinstitution (NMRI) dem Parlament rasch zu unterbreiten».

Gleichzeitig mit der Verabschiedung der Botschaft zur Schaffung einer nationalen Menschenrechtsinstitution (NMRI) durch den Bundesrat Mitte Dezember 2019 veröffentlichte das EDA die Vernehmlassungsergebnisse zum entsprechenden Vorentwurf. Alles in allem war das Vorhaben des Bundesrates bei den stellungnehmenden Kantonen, Parteien und Organisationen auf ein sehr positives Echo gestossen: 110 der insgesamt 116 Vernehmlasserinnen und Vernehmlasser hatten die Vorlage grundsätzlich befürwortet. Dahingegen hatten ihr der Kanton Schwyz, die FDP und die SVP sowie das Centre Patronal, der schweizerische Gewerbeverband und die Unabhängigkeitspartei Schweiz ablehnend gegenübergestanden; sie hatten die Errichtung einer NMRI nicht für notwendig gehalten. Nichtsdestotrotz hatten auch viele der befürwortenden Teilnehmenden «deutlichen Anpassungsbedarf» an der Vorlage gesehen, wie der Ergebnisbericht feststellte. Rund die Hälfte der Stellungnehmenden, darunter zahlreiche Organisationen aus dem humanitären Bereich, hatten ausdrücklich gefordert, dass die Schweizer NMRI die sogenannten Pariser Prinzipien der UNO umfassend verwirklichen müsse, sodass sie von der GANHRI mit der Bestnote A akkreditiert würde, denn alles andere würde weder dem menschenrechtlichen Selbstverständnis der Schweiz noch ihrem Image auf dem internationalen Parkett gerecht. Als problematisch war hierfür vor allem die vorgesehene universitäre Trägerschaft der NMRI gesehen worden. Ein Grossteil der Teilnehmenden hatte zur Sicherstellung der Unabhängigkeit der NMRI daher angeregt, ihr eine eigene Rechtspersönlichkeit, beispielsweise als Stiftung oder Verein, zukommen zu lassen.
Der Bundesrat nahm letztere Kritik aus der Vernehmlassung in seiner Botschaft auf, indem er darin die NMRI als öffentlich-rechtliche Körperschaft ausgestaltete. Die NMRI sollte ihre Tätigkeiten im Rahmen ihres Mandats selbst bestimmen. Der Bund und die Kantone sollten mit beratender Funktion, aber ohne Stimmrecht Einsitz nehmen und die NMRI finanziell unterstützen – der Bund mit Finanzhilfe im Umfang von einer Million Franken pro Jahr, die Kantone mit der Übernahme der Kosten für die Infrastruktur der NMRI. Die ursprünglich angedachte universitäre Verankerung sollte insofern beibehalten werden, als die NMRI an einer oder mehreren Universitäten situiert werde. Als Aufgaben der NMRI nannte die Botschaft die Information und Dokumentation, Forschung, Beratung, Menschenrechtsbildung, Sensibilisierung und den internationalen Austausch zur Förderung und zum Schutz der Menschenrechte sowohl im innerstaatlichen Bereich als auch in Bezug auf die innerstaatliche Umsetzung internationaler menschenrechtlicher Verpflichtungen. Dabei werde sie aber keine Verwaltungsaufgaben und keine Ombudsfunktion wahrnehmen, auch behandle sie keine Einzelfälle und spreche keine verbindlichen Empfehlungen aus, präzisierte der Bundesrat in der entsprechenden Medienmitteilung. Damit die Ablösung des Pilotprojekts SKMR, das Ende 2020 auslaufe, nahtlos erfolgen könne, sah der Bundesrat zudem die Verlängerung der Pilotphase um weitere zwei Jahre vor.

Die Aussenpolitische Kommission des Ständerates nahm im Oktober 2020 die Arbeiten zur Ergänzung des Bundesgesetzes über Massnahmen zur zivilen Friedensförderung und Stärkung der Menschenrechte auf, deren Ziel die Schaffung einer nationalen Menschenrechtsinstitution (NMRI) ist. Sie entschied zunächst, sich ein besseres Bild vom Verhältnis der neuen Institution zu den Kompetenzen der Kantone machen zu wollen. Zu diesem Zweck gab sie Anfang 2021 einen Mitbericht bei der Staatspolitischen Kommission in Auftrag, der aufzeigen soll, wie sich die neue Organisation in das Schweizer Staatssystem eingliedert. Ende März desselben Jahres kam die SPK-SR in ihrem Mitbericht zum Schluss, dass die NMRI, solange ihr keine Überwachungsfunktion zukomme, die kantonalen Zuständigkeiten nicht tangiere. Die APK-SR nahm daraufhin im April vom Mitbericht Kenntnis und teilte die Einschätzung der Staatspolitischen Kommission. Mit Betonung, dass die Kompetenzen der NMRI nicht überdehnt werden dürften, um die kantonalen Zuständigkeiten zu wahren, verabschiedete sie die in verschiedenen Punkten angepasste Vorlage mit 9 zu 1 Stimmen bei 2 Enthaltungen zuhanden ihres Rates.

In der Sommersession 2021 beriet der Ständerat als Erstrat die Verankerung der nationalen Menschenrechtsinstitution (NMRI) im Bundesgesetz über Massnahmen zur zivilen Friedensförderung und zum Schutz der Menschenrechte. Die NMRI soll als unabhängige, öffentlich-rechtliche Körperschaft das bislang als Pilotprojekt geführte SKMR ablösen. Gegenüber dem bundesrätlichen Entwurf beantragte die vorberatende APK-SR eine Präzisierung, die jegliche Verwaltungs-, Gerichts- und Ombudsfunktionen für die NMRI explizit ausschliesst. Damit trage sie einem Anliegen Rechnung, das die SPK-SR in ihrem Mitbericht angebracht hatte, erläuterte Kommissionssprecher Matthias Michel (fdp, ZG). Zudem ergänzte die Kommission, dass die Kantone vor dem jeweils vierjährigen Finanzierungsbeschluss angehört werden müssen und dass im Vorstand der NMRI auf eine ausgewogene Vertretung nicht nur der Geschlechter, sondern auch der Sprachregionen geachtet werden muss. Beide Änderungen hiess der Ständerat stillschweigend gut. Eine längere Diskussion führte die Kantonskammer darüber, ob die Aufgaben der NMRI im Gesetz abschliessend aufgelistet werden sollten wie vom Bundesrat vorgesehen oder ob die Aufgabenliste durch Einfügen von «insbesondere» offen gehalten werden soll, wie es eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) beantragte. Bundesrat Iganzio Cassis begründete die abgeschlossene Aufgabenliste mit der in den Pariser Prinzipien der UNO angelegten Forderung, dass die NMRI «ein klar festgelegtes Mandat» haben müsse. Durch die abschliessende Auflistung der Funktionen werde dies gewährleistet, eine offen gehaltene Liste schaffe dagegen Unsicherheit. Der Ständerat folgte dieser Argumentation mit 28 zu 15 Stimmen und blieb hier bei der Version des Bundesrats. In der Gesamtabstimmung nahm die kleine Kammer die Vorlage mit 34 zu 7 Stimmen bei 2 Enthaltungen an.