Der Bundesrat veröffentlichte im November 2019 die Botschaft zur Änderung des ETH-Gesetzes. Ursprünglich war diese Vorlage als Totalrevision angekündigt worden. Nach vertieften Analysen durch das WBF und den ETH-Rat war jedoch festgestellt worden, dass der aktuelle Revisionsbedarf keiner Totalrevision entsprach. Die Anpassungen und Neuregelungen betrafen insbesondere die Umsetzung von Empfehlungen der EFK bezüglich der generellen Aufsichtskompetenzen des ETH-Rates und von zwei Corporate-Governance-Leitsätzen (Einschränkung des Stimmrechts und Ausstand für institutionelle Mitglieder des ETH-Rates). Weitere Anpassungen waren diverse personalpolitische Änderungen und die Schaffung gesetzlicher Grundlagen für den Verkauf von zum Eigengebrauch erzeugter oder gekaufter überschüssiger Energie, für Disziplinarmassnahmen sowie für Sicherheitsdienste und Videoüberwachung.
Die mit dieser Vorlage vorgeschlagenen Änderungen wurden vom 21. November 2018 bis zum 8. März 2019 in eine Vernehmlassung geschickt. 23 Kantone sowie vier politische Parteien, drei Dachverbände der Wirtschaft, fünf bildungs- und wissenschaftspolitische Organisationen sowie sechs nicht angeschriebene Organisationen haben insgesamt 41 Stellungnahmen eingereicht. Die Ergebnisse der Vernehmlassung zeigten, dass eine grosse Mehrheit der Teilnehmenden die generelle Stossrichtung des Gesetzesentwurfs begrüsste und damit einverstanden war. Einige Punkte wurden aber kontrovers diskutiert; entsprechend wurden vom Bundesrat im Anschluss an die Vernehmlassung Präzisierungen an der Gesetzesvorlage und den Erläuterungen vorgenommen.
Eine der aufgrund der Vernehmlassung vorgenommenen Änderungen betraf die Verlängerung der befristeten Arbeitsverträge mit Assistenzprofessorinnen und Assistenzprofessoren. Hier wurde neu vorgeschlagen, dass die ersten vier Anstellungsjahre fest vorgegeben seien und nur die Verlängerung um höchstens weitere vier Jahre flexibel ausgestaltet werden könne.
Ein weiterer Kritikpunkt betraf die Präzisierung der Aufsichtsfunktion des ETH-Rates und den Ausschluss der Beschwerdemöglichkeit gegen aufsichtsrechtliche Massnahmen des ETH-Rats. Grundsätzlich wurde nach der Vernehmlassung an den Bestimmungen festgehalten, da damit verbindliche Empfehlungen der EFK umgesetzt würden. Die Präzisierung der Aufsichtsaufgaben und der Ausschluss der Beschwerdemöglichkeit würden zudem beim ETH-Rat wie auch bei den Institutionen für mehr Rechtssicherheit sorgen, so der Bundesrat. Die Aufsichtskompetenz des ETH-Rates bestehe bereits im geltenden Gesetz. Sie müsse gemäss herrschender Lehre auch ein Weisungsrecht beinhalten. Insofern soll die bereits nach dem geltenden Recht bestehende Einschränkung der Autonomie der Institutionen des ETH-Bereichs mit der vorgeschlagenen Anpassung nicht ausgeweitet werden. Um den in der Vernehmlassung geäusserten Bedenken Rechnung zu tragen, wurde jedoch vorgeschlagen, ein zweistufiges System einzuführen: Damit der ETH-Rat als Ultima Ratio auch Massnahmen ergreifen könne, bedürfe es der vorgängigen Feststellung einer Rechtsverletzung.