Der Bundesrat veröffentlichte im November 2019 die Botschaft zur Änderung des ETH-Gesetzes. Ursprünglich war diese Vorlage als Totalrevision angekündigt worden. Nach vertieften Analysen durch das WBF und den ETH-Rat war jedoch festgestellt worden, dass der aktuelle Revisionsbedarf keiner Totalrevision entsprach. Die Anpassungen und Neuregelungen betrafen insbesondere die Umsetzung von Empfehlungen der EFK bezüglich der generellen Aufsichtskompetenzen des ETH-Rates und von zwei Corporate-Governance-Leitsätzen (Einschränkung des Stimmrechts und Ausstand für institutionelle Mitglieder des ETH-Rates). Weitere Anpassungen waren diverse personalpolitische Änderungen und die Schaffung gesetzlicher Grundlagen für den Verkauf von zum Eigengebrauch erzeugter oder gekaufter überschüssiger Energie, für Disziplinarmassnahmen sowie für Sicherheitsdienste und Videoüberwachung.
Die mit dieser Vorlage vorgeschlagenen Änderungen wurden vom 21. November 2018 bis zum 8. März 2019 in eine Vernehmlassung geschickt. 23 Kantone sowie vier politische Parteien, drei Dachverbände der Wirtschaft, fünf bildungs- und wissenschaftspolitische Organisationen sowie sechs nicht angeschriebene Organisationen haben insgesamt 41 Stellungnahmen eingereicht. Die Ergebnisse der Vernehmlassung zeigten, dass eine grosse Mehrheit der Teilnehmenden die generelle Stossrichtung des Gesetzesentwurfs begrüsste und damit einverstanden war. Einige Punkte wurden aber kontrovers diskutiert; entsprechend wurden vom Bundesrat im Anschluss an die Vernehmlassung Präzisierungen an der Gesetzesvorlage und den Erläuterungen vorgenommen.
Eine der aufgrund der Vernehmlassung vorgenommenen Änderungen betraf die Verlängerung der befristeten Arbeitsverträge mit Assistenzprofessorinnen und Assistenzprofessoren. Hier wurde neu vorgeschlagen, dass die ersten vier Anstellungsjahre fest vorgegeben seien und nur die Verlängerung um höchstens weitere vier Jahre flexibel ausgestaltet werden könne.
Ein weiterer Kritikpunkt betraf die Präzisierung der Aufsichtsfunktion des ETH-Rates und den Ausschluss der Beschwerdemöglichkeit gegen aufsichtsrechtliche Massnahmen des ETH-Rats. Grundsätzlich wurde nach der Vernehmlassung an den Bestimmungen festgehalten, da damit verbindliche Empfehlungen der EFK umgesetzt würden. Die Präzisierung der Aufsichtsaufgaben und der Ausschluss der Beschwerdemöglichkeit würden zudem beim ETH-Rat wie auch bei den Institutionen für mehr Rechtssicherheit sorgen, so der Bundesrat. Die Aufsichtskompetenz des ETH-Rates bestehe bereits im geltenden Gesetz. Sie müsse gemäss herrschender Lehre auch ein Weisungsrecht beinhalten. Insofern soll die bereits nach dem geltenden Recht bestehende Einschränkung der Autonomie der Institutionen des ETH-Bereichs mit der vorgeschlagenen Anpassung nicht ausgeweitet werden. Um den in der Vernehmlassung geäusserten Bedenken Rechnung zu tragen, wurde jedoch vorgeschlagen, ein zweistufiges System einzuführen: Damit der ETH-Rat als Ultima Ratio auch Massnahmen ergreifen könne, bedürfe es der vorgängigen Feststellung einer Rechtsverletzung.

In der Sommersession 2020 befasste sich der Nationalrat als Erstrat mit der bundesrätlichen Botschaft zur Änderung des ETH-Gesetzes. Die grosse Kammer folgte dabei in allen Punkten dem jeweiligen Antrag der Kommissionsmehrheit. Besonders zu reden gaben die Kompetenzen des ETH-Rates gegenüber den Institutionen des ETH-Bereichs (bspw. EPFL, PSI). Der Nationalrat definierte diese Kompetenzen noch etwas enger, als es der Bundesrat vorgesehen hatte. Er beschloss, dass der ETH-Rat den ETH-Institutionen erst nach deren Anhörung Empfehlungen abgeben, Aufträge erteilen oder gegen sie Massnahmen ergreifen kann, wenn eine Rechtsverletzung festgestellt worden ist. Zudem entschied der Nationalrat entgegen den Argumenten des Bundesrates, dass die ETH-Institutionen beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen Entscheide des ETH-Rats einreichen dürfen. Nebst einigen weiteren Änderungen beschloss der Nationalrat auch eine Neuregelung bei den Anstellungsverhältnissen. So sollen in Zukunft befristete Stellen von Personen im akademischen Mittelbau verlängert werden können, wenn die Angestellten der Arbeit längere Zeit fernbleiben mussten (z.B. wegen Mutterschaft). Schliesslich beschloss der Nationalrat auch Regelungen zur Videoüberwachung. Diese soll eingerichtet werden können, wenn dies zum Schutz von Personen, der Infrastruktur und des Betriebs erforderlich sei. Die grosse Kammer verbot es aber, jegliche Videoaufzeichnungen für Zwecke der Schulung oder Unfallverhütung weiterzuverwenden.

Der Ständerat behandelte in der Herbstsession 2020 die Änderung des ETH-Gesetzes und schuf dabei einige Differenzen zum Nationalrat, der das Geschäft im Sommer 2020 diskutiert hatte. Die kleine Kammer hiess die Revision des Gesetzes grundsätzlich gut, Eintreten wurde denn auch ohne Gegenantrag beschlossen und in der Gesamtabstimmung wurde das Gesetz einstimmig gutgeheissen.
Eine erste Differenz schuf der Ständerat bei der Beschwerdemöglichkeit gegen aufsichtsrechtliche Massnahmen des ETH-Rates vor dem Bundesverwaltungsgericht. Er entschied hier auf Linie Bundesrat und schloss diese Beschwerdemöglichkeit gegen verbindliche Weisungen des ETH-Rates aus. Eine Minderheit Baume-Schneider (sp, JU), welche dem Entscheid des Nationalrates folgen wollte, blieb chancenlos. Eine weitere Differenz schuf das Stöckli mit der Annahme eines Einzelantrags von Thomas Hefti (fdp, GL), gemäss welchem die ETH-Beschwerdekommission künftig vom Bundesrat und nicht vom ETH-Rat selber gewählt werden soll. Schliesslich entschied der Ständerat auch, dass die Aufnahmen, welche im Rahmen der Videoüberwachung entstehen, nicht nur in Verfahren, sondern anonymisiert auch zur Schulung und zur Unfallverhütung verwendet werden dürfen. Die grosse Kammer hatte diese weitere Nutzung aus der Vorlage gestrichen. Als nächstes wird sich wiederum der Nationalrat mit der Vorlage befassen.

In der Wintersession 2020 beugten sich sowohl National- als auch Ständerat je ein zweites Mal über die Änderung des ETH-Gesetzes. Die Räte konnten sich dabei im Bereich Videoüberwachung einigen. Es soll von nun an möglich sein, Videoaufnahmen nicht nur in Verfahren, sondern auch in anonymisierter Form zur Schulung und zur Unfallverhütung zu gebrauchen. Es bestehen jedoch weiterhin zwei Differenzen: Die Räte waren sich uneins, wer die Mitglieder der internen ETH-Beschwerdekommission wählen soll. Der Nationalrat und der Bundesrat sprachen sich für den ETH-Rat aus, der Ständerat präferierte den Bundesrat als Wahlbehörde. Bei der Frage des Beschwerderechts gegen Entscheide des ETH-Rates brachte Benedikt Würth (cvp, SG) im Ständerat erfolgreich einen Antrag ein, der dem Nationalrat entgegenkommen soll. Dieser Antrag sieht vor, dass in einigen Bereichen eine Beschwerde gegen Entscheide des ETH-Rates eingereicht werden kann, in anderen Gebieten, etwa beim Personalwesen, müsse der ETH-Rat aber endgültig entscheiden können. Als nächstes wird sich wieder der Nationalrat mit der Gesetzesrevision befassen.

National- und Ständerat einigten sich in der Frühjahressession 2021 auf die Änderung des ETH-Gesetzes. Dafür war eine Einigungskonferenz nötig geworden, da sich die beiden Kammern nach dem Differenzbereinigungsverfahren bei einigen wenigen Punkten noch immer nicht einig waren. Die Einigungskonferenz schloss sich bei allen offenen Punkten dem Vorschlag des Ständerates an. Sie schlug vor, dass den beiden ETH und den Forschungsanstalten in wichtigen Bereichen kein Beschwerderecht gegen Entscheide des ETH-Rates zustehen soll. Zudem soll der Bundesrat (und nicht der ETH-Rat) die Mitglieder der ETH-Beschwerdekommission wählen; auch soll es dem Bundesrat obliegen, die Geschäftsordnung der Beschwerdekommission zu erlassen. Dabei müssen aber mindestens vier Mitglieder der Kommission dem ETH-Bereich angehören. In den Schlussabstimmungen stimmten die beiden Räte dem Vorschlag der Einigungskonferenz jeweils einstimmig zu.