Après la conclusion des négociations entre la Suisse et la Commission européenne intervenue au niveau politique en décembre 1998 à Vienne, l’année 1999 a été encore riche en rebondissements. Dès la fin du mois de janvier, alors que la signature était initialement programmée au printemps, certains éléments ont laissé supposer un nouveau retard avec notamment le reproche de la France à la Commission européenne d’avoir interprété abusivement certaines dispositions de la législation communautaire dans le domaine de la libre circulation des personnes. En outre, un litige est survenu concernant la définition des marchandises légères pouvant être transportées par les poids lourds en Suisse. Du côté des autorités helvétiques, on a par contre plutôt tenté d’accélérer le processus. Au début du mois de février, les quatre partis gouvernementaux ont réaffirmé leur volonté d’achever la procédure de ratification avant la fin de la législature, quitte à organiser une session spéciale des chambres fédérales en août. Pour la majorité de la classe politique, le télescopage entre les débats parlementaires sur les bilatérales et ceux sur l’initiative « oui à l’Europe » devait être évité à tout prix. C’est à la fin du mois de février que les quelques 4000 pages des accords bilatéraux, annexes et autres déclarations ont été paraphés par les négociateurs des deux parties, sans d’ailleurs que le problème des marchandises légères soit réglé de façon définitive. A cette fin, un comité mixte a été chargé d’étudier le problème en détail et d’établir des critères à ce sujet. La Suisse contestait notamment le fait que les voitures soient considérées comme des marchandises légères. Quelques jours plus tard, une autre difficulté a fait son apparition. Suite à une erreur dans la version finale remarquée trop tardivement par l’administration suisse, les architectes ETS ont été privés de la reconnaissance de leur diplôme en Europe. Malgré le préavis favorable de la Commission européenne pour un arrangement à l’amiable, quatre pays (France, Espagne, Italie et Grèce) ont refusé de réouvrir le dossier, par crainte d’une concurrence extérieure renforcée. Ce n’est finalement qu’au mois de juin que les accords bilatéraux ont pu être signés par les deux parties au Luxembourg, après un retard supplémentaire causé par la nécessité de traduire le paquet dans les onze langues de l’UE. Il faut également noter que l’Allemagne, qui présidait l’UE lors du premier semestre 1999, a joué de son influence pour clore ce dossier avant de passer le témoin à la Finlande.

Lors de la procédure de consultation relative aux accords, toutes les organisations consultées se sont prononcées en faveur de la ratification des sept accords sectoriels, qu’elles ont globalement qualifiées de positifs. Par contre, des critiques ont émané de divers milieux en ce qui concerne les mesures d’accompagnement. Brandissant l’arme du référendum, les syndicats et la gauche ont demandé des mesures plus concrètes contre le dumping salarial que celles préconisées par le Conseil fédéral. A cette menace est venue s’ajouter celle des écologistes et des défenseurs des Alpes, désireux d’endiguer l’afflux prévisible et massif des poids lourds. Ces derniers ont entre autres réclamé une augmentation des contrôles, afin de limiter les abus, et davantage de subventions dédiées au trafic ferroviaire. Même les cantons, qui se sont exprimés favorablement sur les bilatérales par la voie de la Conférence des gouvernements cantonaux (CGC), ont fait part de leurs doutes sur le sujet du trafic de transit des poids lourds. Le gouvernement tessinois a également exprimé ses préoccupations quant à un risque de dumping salarial et social majeur pour son canton. Par ailleurs, le Conseil fédéral a commandé plusieurs études qui ont toutes relevé que du point de vue économique, les accords bilatéraux seraient positifs pour la Suisse. A terme, une augmentation de 2% du PIB et une diminution du chômage sont même prévisibles. Selon le Conseiller fédéral Pascal Couchepin, le montant à gagner annuellement en cas d’acceptation des bilatérales serait de quelques deux milliards de francs, alors que le coût annuel est estimé à un milliard, dont environ 600 millions à la charge de la Confédération.

Ce n’est finalement qu’à la fin du mois d’août lors d'une session extraordinaire que le parlement s’est saisi du dossier des accords sectoriels. Peu avant, un sondage réalisé par l’Institut GFS avait révélé qu’une large majorité des personnes interrogées (61%) voterait à ce stade oui aux bilatérales. Cette tendance était toutefois plus forte en Suisse romande (70%) qu’en Suisse alémanique (58%). Un autre sondage publié peu après a révélé les mêmes tendances mais avec un pourcentage d’opinions favorables moins élevé en moyenne suisse (55%). En outre, les sondés conditionnaient cette fois leur oui à des mesures d’accompagnement efficaces. Première chambre à traiter du sujet, le Conseil national se prononça, contre une proposition des Démocrates suisses, par 171 voix contre 3 pour l’entrée en matière. Lors du débat fleuve qui précéda cette décision, la quasi totalité des 75 orateurs salua la signature des accords bilatéraux. Le seul bémol à ce concert de louanges fut l’annonce, par le président des Démocrates suisses Rudolf Keller (BL), que son parti lancerait quoi qu’il advienne un référendum, principalement à cause des mesures sur la libre circulation des personnes. Lors de l’examen de détail, les députés rejetèrent (115 voix contre 57) une proposition de la gauche qui désirait lier la ratification des accords à l’adoption des mesures d’accompagnement et une proposition conjointe Maspoli (Lega, TI) et de la minorité UDC de la commission qui voulait instaurer le référendum obligatoire sur les accords. Par contre, la chambre du peuple se prononça favorablement à l’encontre de deux propositions minoritaires de la droite de la commission (UDC et PDL) allant dans le sens des intentions exprimées par le Conseil fédéral. La première, visant à ce que le parlement décide de la reconduction de l’accord sur la libre circulation des personnes au moyen d’un arrêté fédéral soumis au référendum, fut acceptée par 93 voix contre 71. La seconde, fixant que ce même accord n’était valable que pour les Quinze et pas pour d’éventuels nouveaux membres de l’UE, fut avalisée par 87 voix contre 81. A l’issue de cette première lecture, le conseil national se prononça sur l’ensemble du projet par 144 voix contre 3 (DS et Lega) et 28 abstentions (notamment UDC).

Devant le Conseil des Etats, l’entrée en matière fut cette fois décidée sans opposition. La discussion porta essentiellement sur les deux modifications introduites par le conseil national concernant la libre circulation. Jugeant que la formulation déterminée par celui-ci était équivoque, le Conseil fédéral présenta deux nouvelles propositions précisant qu’il s’agissait du référendum facultatif dont il fallait parler à propos de la reconduction de l’accord et de son extension à d’éventuels nouveaux membres de l’UE. Convaincu par cette version, la petite chambre y souscrivit sans opposition et se prononça à l’unanimité sur l’ensemble. En deuxième lecture, la chambre du peuple se rallia également à cette vision sans opposition. La possibilité que le peuple se prononce après une période d’essai était une des conditions de base pour que l’UDC ne lance pas un référendum. A l’occasion du vote final, le conseil national a accepté cet arrêté fédéral portant approbation des accords par 183 voix contre 11 (5 UDC, 2 PDL, 2 DS, 1 Lega et 1 PRD) et une abstention. Le Conseil des Etats a fait de même à l’unanimité.

Suite à l’adoption par le parlement des différentes mesures d’accompagnement rendant l’entrée en vigueur des accords bilatéraux plus acceptables pour certaines régions ou groupes sociaux, les partis de gauche et les syndicats, tout comme l’UDC, les défenseurs des Alpes et les écologistes, ont finalement renoncé à lancer un référendum. Malgré ce large consensus, les Démocrates suisses ont tenu parole et ont confirmé qu’ils commenceraient la récolte des signatures à la fin du mois d’octobre, comme le leur a autorisé le gouvernement en raccourcissant le délai légal. Parmi les partis politiques d’une certaine envergure, seule la Lega a décidé de soutenir cette action. Les deux formations de droite ont choisi d’attaquer uniquement les accords par voie de référendum et non pas les mesures d’accompagnement. A la fin de l’année, les deux partis avaient obtenu environ 30 000 signatures sur les cinquante mille nécessaires. Bien que Pascal Couchepin ait exprimé ses inquiétudes vis-à-vis d’un scrutin populaire, un nouveau sondage publié mi-septembre faisait toutefois état d’un large soutien des citoyens suisses, 65% des personnes interrogées s’étant déclaré « franchement pour » ou « plutôt pour » la ratification des bilatérales. Préoccupé par la proximité avec la Lombardie, le gouvernement du canton du Tessin a fait part de ses revendications aux Conseillers fédéraux Couchepin et Leuenberger lors d’une entrevue à Berne. L’exécutif du canton italophone espérait notamment obtenir la construction anticipée du tunnel de base du Monte Ceneri, mais cette demande aurait été reçue avec peu d’enthousiasme à Berne, tout comme celles ayant trait à l’augmentation du nombre de fonctionnaires fédéraux dans ce canton ou à la création d’un observatoire sur l’application des accords avec l’UE. Par contre, des garanties ont été données aux Tessinois concernant des contrôles supplémentaires sur l’autoroute A2 afin de parer au déferlement des 40 tonnes.

Publié deux jours après la signature des accords au Luxembourg, le message du Conseil fédéral (99.042) relatif à l’approbation des accords sectoriels entre la Suisse et l’UE a recommandé d’accepter les sept accords, présentés en bloc selon la volonté des Quinze. Adjoints à ceux-ci, on trouvait également un arrêté fédéral sur le financement suisse aux programmes européens de recherche pour les années 2001 et 2002 (non soumis au référendum), trois mesures d’accompagnement concernant l’agriculture, le transfert du trafic transalpin de la route au rail, et les conditions minimales de travail et de salaire applicables aux travailleurs détachés en Suisse, ainsi qu’une quatrième mesure d’accompagnement sous la forme d’un arrêté fédéral sur le plafond de dépenses pour la promotion du trafic combiné (non soumis au référendum). En sus, douze adaptations législatives dans le domaine de la libre circulation des personnes, deux dans le domaine des transports et une relative aux denrées alimentaires et objets usuels étaient présentées pour être soumises au parlement.