Réunies deux ans après le vote négatif sur l'EEE, cinq organisations proeuropéennes, dont le mouvement "Né le 7 décembre", ont décidé de lancer une nouvelle initiative intitulée "Oui à l'Europe" dans le but de réactiver le débat européen avant les élections fédérales de 1995. Plus ambitieuse que la première qui requérait un second vote sur l'EEE, celle-ci demande que la Suisse participe au processus d'intégration européenne et vise dans ce but l'adhésion à l'UE.

Concrétisant ce qu'elles avaient annoncé en décembre 1994, cinq organisations proeuropéennes, regroupées au sein d'un même comité, ont officiellement lancé l'initiative populaire "Oui à l'Europe". Celle-ci dispose que la Suisse participe au processus d'intégration européenne et charge, à cette fin, le Conseil fédéral d'engager sans délai des négociations avec l'UE en vue d'y adhérer. Le texte demande par ailleurs aux autorités fédérales de veiller à ce que les valeurs fondamentales de la démocratie et du fédéralisme ainsi que les acquis sociaux et environnementaux soient assurés par des mesures adéquates lors de ces négociations et de l'adaptation du droit suisse à celui de l'Union. La nouvelle initiative proeuropéenne n'a pas tardé à recevoir le soutien de multiples forces politiques dont l'USS, le PSS, le PLS et le PES ainsi que celui de nombreuses personnalités des mondes académique, du spectacle et du sport.

Munie de 106 442 signatures récoltées non sans mal, l'initiative "Oui à l'Europe" a été déposée dans le courant du mois de juillet à la Chancellerie fédérale. Rappelons que cette initiative demande que la Confédération engage sans délai des négociations avec l'UE en vue d'y adhérer; elle constitue pour l'heure la troisième initiative populaire pendante concernant les relations Suisse-UE.

Le Conseil fédéral a choisi de rejeter l’initiative «Oui à l’Europe», qui demande l’ouverture de négociations sans délai, et de lui opposer un contre-projet indirect non soumis au référendum sous la forme d’un arrêté fédéral simple. Ce texte stipule, dans les grandes lignes, que la Suisse participe au processus d’intégration européenne et vise dans ce but à adhérer à l’UE, mais que c’est le Conseil fédéral qui prépare les négociations et décide du moment de la réactivation de la demande d’adhésion. Fondamentalement d’accord avec l’idée d’une adhésion à l’UE – il en a fait son but stratégique à long terme – le gouvernement n’a pas voulu risquer un échec des négociations bilatérales et la possibilité d’un refus devant le peuple. Ce faisant, il a réaffirmé le caractère éminemment prioritaire de la conclusion des bilatérales et préféré garder le pouvoir de décider en temps voulu de la candidature de la Suisse à l’UE.

Le Conseil fédéral a transmis aux chambres son message relatif à l’initiative populaire « Oui à l’Europe ! » en leur recommandant de la rejeter. Bien que le gouvernement partage largement la vision des promoteurs de l’initiative, il ne désire pas entamer immédiatement des négociations d’adhésion avec l’UE et veut surtout éviter toute confusion avec le dossier des accords bilatéraux qu’il considère comme prioritaire (voir supra). Comme contre-projet indirect à ce texte, le gouvernement a élaboré un arrêté fédéral simple (non soumis au référendum) en reprenant plusieurs éléments de l’initiative, notamment le premier article qui stipule que « la Suisse participe au processus d’intégration européenne et vise dans ce but à adhérer à l’Union européenne ». Dans ce projet, le Conseil fédéral mentionne toutefois clairement qu’il souhaite se réserver la décision de la réactivation de la demande d’adhésion en fonction des débats sur le rapport d’intégration, de l’état des négociations bilatérales et sur la base des consultations. A la suite de la publication de ce message, le Nouveau mouvement européen suisse (NOMES) a annoncé qu’il ne retirerait pas son initiative tant que la procédure d’intégration ne serait pas entamée. Le parlement a jusqu’au 30 juillet 2000 pour se prononcer sur ce texte et au cas où il déposerait son propre contre-projet, le vote sur l’initiative pourrait être retardé d’un an et repoussé en 2002 ou 2003. Dans cet esprit, la discussion sur une motion Comby (prd, VS) demandant l’ouverture de négociations pour une adhésion à l’UE dès l’entrée en vigueur des accords bilatéraux a été combattue par le démocrate du centre Hanspeter Seiler (BE) et renvoyée par le Conseil national.

Le conseiller national Christoph Blocher (udc, ZH) a proposé un moratoire sur la question européenne jusqu’en 2005 si la Suisse accepte les accords bilatéraux. Ce délai permettrait de calmer le jeu entre les partis pour pouvoir ensuite reprendre sereinement le débat. Sur ce même thème, le Conseiller fédéral Pascal Couchepin a parlé lui d’un moratoire de fait rendant irréaliste un vote sur l’adhésion à l’UE avant 2008. Cette date correspond au début de la deuxième étape de l’accord sur la libre circulation des personnes contre laquelle un référendum sera possible. Le NOMES, par la bouche de son président Marc Suter (prd, BE), a réagi à ces déclarations et a affirmé pour sa part qu’il s’était fixé comme but une adhésion en 2006. Provenant même du parti radical, d’autres réactions furent émises les jours suivants pour regretter cette prise de position du ministre de l’économie.

Plusieurs sondages ayant trait à l’adhésion de la Suisse à l’Union européenne ont été publiés en 1999. Rendue publique à la fin de l’année par l’EPF Zurich, une enquête a mis en évidence que 79% des Suisses approuveraient l’adhésion si la votation était fixée en 2010. De janvier à août, les opinions favorables à une adhésion sont passées de 50% à 57%. Un autre sondage effectué dans les pays de l’UE a montré que la Suisse serait la bienvenue dans l’Union. Le septante pour-cent des personnes interrogées s'est prononcé positivement à l’égard d’une adhésion de la Suisse. Avec un score de 84%, les Danois et les Hollandais se sont montrés les plus favorables, alors que le Royaume-Uni (64%), l’Irlande (64%) et le Portugal (59%) ont été les plus sceptiques.