Wenig Verständnis zeigte Villiger hingegen gegenüber der ebenfalls erst jetzt bekannt gewordenen Tatsache, dass Werkpiloten des Bundesamtes für Militärflugplätze entgegen einer ausdrücklichen Weisung des damaligen EMD-Chefs Delamuraz auch nach 1985 weiterhin Pilatus-Flugzeuge im Auftrag der Herstellerfirma ins Ausland überflogen. Gegen zwei Werkpiloten des Bundesamtes wurden daraufhin disziplinarische Verweise ausgesprochen.